[R-br] Digest R-br, volume 44, assunto 11

Domingo Agosto 10 22:17:14 BRT 2014

Obrigada Augusto Ribas!
Irei testar!

Em 10 de agosto de 2014 21:50, <r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:

> Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
>         r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
>         https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou
> corpo da mensagem para
>         r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo
> endereço
>         r-br-owner em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
> mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
>
>
> Tópicos de Hoje:
>
>    1. Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - ajuda
>       (Bianca Schindler)
>    2. Re: Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - ajuda
>       (Augusto Ribas)
>
>
> ----------------------------------------------------------------------
>
> Message: 1
> Date: Sun, 10 Aug 2014 20:42:47 -0300
> From: Bianca Schindler <bia.schindler em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: [R-br] Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - ajuda
> Message-ID:
>         <
> CALu7XvYEsVkHt+s2Er4LbB2w_y31MdBsfb733Mv-gooyAZBhMQ em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Olá pessoal!
>
> Meu nome é Bianca Schindler, sou mestranda em Engenharia Florestal pela
> UFSM.
> Estou tentando realizar uma PCA ou ACP (análise de componentes principais)
> com alguns dados da minha dissertação, porém no gráfico da ordenação os
> vetores que seriam os descritores estão muito aglomerados de forma que não
> é possível observá-los. Gostaria de expandir estes eixos para poder
> observar quais são os respectivos "descritores" dos "objetos". Neste caso,
> os dados que trabalho os descritores seriam constituintes químicos do óleo
> essencial e os objetos os órgãos vegetais de onde foram extraídos.
>
> O pacote utilizado é o "*stats*"
> O scrip utilizado segue abaixo:
>
> #Principal Components Analysis
> getwd()
> dir()
> dados=read.csv("dados.csv", h=T, row.names=1, sep=";")
> dados
> require(stats)
> prcomp(dados, scale = FALSE)
> plot(prcomp(dados))
> summary(prcomp(dados, scale = FALSE))
> biplot(prcomp(dados), col = c("black", "blue"), main="ACP - Análise de
> Componente Principais", xlab = "Componente 1(colocar a proporção da
> variância%)", ylab = "Componente 2 (colocar a proporção da variância%)")
>
> Em anexo segue a imagem da ordenação. Onde em azul são os vetores
> aglomerados (descritores), os quais quero expandir. As demais siglas são os
> objetos.
>
> Obs: Caso alguém precise dos dados, segue o link:
> http://www.datafilehost.com/d/29e3f3bc.
>
> Agradeço a atenção e qualquer ajuda.
>
> Atenciosamente,
>
> Bianca Schindler.
>
>
>
> --
> Bianca Schindler.
> Mestranda em Engenharia Florestal - UFSM.
> Laboratório de Extrativos Vegetais (LABEVE)
> Tel: (55) 9661-7429.
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140810/4e9646a6/attachment-0001.html
> >
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo não-texto foi limpo...
> Nome: Rplot.jpeg
> Tipo: image/jpeg
> Tamanho: 104234 bytes
> Descrição: não disponível
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140810/4e9646a6/attachment-0001.jpeg
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 2
> Date: Sun, 10 Aug 2014 20:50:28 -0400
> From: Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Fwd: Análise de componentes principais (PCA) -
>         ajuda
> Message-ID:
>         <
> CACMkfRwc8wrxvvyGg_sub-zt0wbuzJ2f9Ab2OCt0mW-hE7GgQQ em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Ola Bianca, uma possibilidade seria usar algum tipo de transformação para
> os dados.
> Por exemplo, o pacote vegan do R tem uma função chamada decostand que tem
> um número de possibilidades comuns para essas transformações, usadas em
>  comumente em ordenações. Segue dois exemplos que "desembolam" um pouco o
> seu gráfico.
>
> dados<-read.csv2("./Downloads/15C.csv",h=T, row.names=1,stringsAsFactors
> =F)
> dados<-apply(dados,2,as.numeric)
> str(dados)
> pca1<-princomp(dados)
> biplot(pca1)
>
> ##############################
> library(vegan)
> pca2<-princomp(decostand(dados,"normalize",2))
> biplot(pca2)
>
> ##################################
> pca3<-princomp(decostand(dados,"max",2))
> biplot(pca3)
>
>
> Mas seria importante dar uma boa olhada na literatura sobre transformações
>  para ordenações, ja que elas tem muitas vezes um impacto sobre o que
> estamos vendo, o que muitas vezes é o nosso interesse, ja que os pontos
> ficarem aglomerados pode ser devido a escalas em que as medidas são feitas,
> por exemplo. Bem talvez alguém ainda tenha sugestões melhores, mas essas
> transformações podem ser uma boa possibilidade.
>
>
> Em 10 de agosto de 2014 19:42, Bianca Schindler <bia.schindler em gmail.com>
> escreveu:
>
> > Olá pessoal!
> >
> > Meu nome é Bianca Schindler, sou mestranda em Engenharia Florestal pela
> > UFSM.
> > Estou tentando realizar uma PCA ou ACP (análise de componentes
> principais)
> > com alguns dados da minha dissertação, porém no gráfico da ordenação os
> > vetores que seriam os descritores estão muito aglomerados de forma que
> não
> > é possível observá-los. Gostaria de expandir estes eixos para poder
> > observar quais são os respectivos "descritores" dos "objetos". Neste
> caso,
> > os dados que trabalho os descritores seriam constituintes químicos do
> óleo
> > essencial e os objetos os órgãos vegetais de onde foram extraídos.
> >
> > O pacote utilizado é o "*stats*"
> > O scrip utilizado segue abaixo:
> >
> > #Principal Components Analysis
> > getwd()
> > dir()
> > dados=read.csv("dados.csv", h=T, row.names=1, sep=";")
> > dados
> > require(stats)
> > prcomp(dados, scale = FALSE)
> > plot(prcomp(dados))
> > summary(prcomp(dados, scale = FALSE))
> > biplot(prcomp(dados), col = c("black", "blue"), main="ACP - Análise de
> > Componente Principais", xlab = "Componente 1(colocar a proporção da
> > variância%)", ylab = "Componente 2 (colocar a proporção da variância%)")
> >
> > Em anexo segue a imagem da ordenação. Onde em azul são os vetores
> > aglomerados (descritores), os quais quero expandir. As demais siglas são
> os
> > objetos.
> >
> > Obs: Caso alguém precise dos dados, segue o link:
> > http://www.datafilehost.com/d/29e3f3bc.
> >
> > Agradeço a atenção e qualquer ajuda.
> >
> > Atenciosamente,
> >
> > Bianca Schindler.
> >
> >
> >
> > --
> > Bianca Schindler.
> > Mestranda em Engenharia Florestal - UFSM.
> > Laboratório de Extrativos Vegetais (LABEVE)
> > Tel: (55) 9661-7429.
> >
> > _______________________________________________
> > R-br mailing list
> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> > código mínimo reproduzível.
> >
>
>
>
> --
> Grato
> Augusto C. A. Ribas
>
> Site Pessoal: http://recologia.com.br/ <http://augustoribas.heliohost.org>
> Github: https://github.com/Squiercg
> Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140810/3e7b8fa3/attachment.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Subject: Legenda do Digest
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> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>
>
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>
> Fim da Digest R-br, volume 44, assunto 11
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