[R-br] Fwd: Análise de componentes principais (PCA) - ajuda

[Alisson Lucrécio]

Oi Bianca,

O script fica assim

require(stats)

dados=read.csv("Dados csv/15C.csv", h=T, row.names=1, sep=";")
dados

dados_sca <- scale(dados, center = FALSE)

pca <- prcomp(dados_sca, scale = TRUE)

plot(pca)

summary(pca)

prop_var <- round(100*(pca$sdev^2)/sum(pca$sdev^2), 1)[1L:2L]

suffix <- paste("(", prop_var, "%)", sep = "")
prefix = "Componente"
pcalab <- paste(prefix, 1:2, suffix, sep = " ")

xlab = pcalab[1L]
ylab = pcalab[2L]


biplot(pca, col = c("black", "blue"), main="ACP - Análise de Componente
Principais", xlab = xlab, ylab = ylab)

att.


2014-08-10 20:42 GMT-03:00 Bianca Schindler <bia.schindler em gmail.com>:

> Olá pessoal!
>
> Meu nome é Bianca Schindler, sou mestranda em Engenharia Florestal pela
> UFSM.
> Estou tentando realizar uma PCA ou ACP (análise de componentes principais)
> com alguns dados da minha dissertação, porém no gráfico da ordenação os
> vetores que seriam os descritores estão muito aglomerados de forma que não
> é possível observá-los. Gostaria de expandir estes eixos para poder
> observar quais são os respectivos "descritores" dos "objetos". Neste caso,
> os dados que trabalho os descritores seriam constituintes químicos do óleo
> essencial e os objetos os órgãos vegetais de onde foram extraídos.
>
> O pacote utilizado é o "*stats*"
> O scrip utilizado segue abaixo:
>
> #Principal Components Analysis
> getwd()
> dir()
> dados=read.csv("dados.csv", h=T, row.names=1, sep=";")
> dados
> require(stats)
> prcomp(dados, scale = FALSE)
> plot(prcomp(dados))
> summary(prcomp(dados, scale = FALSE))
> biplot(prcomp(dados), col = c("black", "blue"), main="ACP - Análise de
> Componente Principais", xlab = "Componente 1(colocar a proporção da
> variância%)", ylab = "Componente 2 (colocar a proporção da variância%)")
>
> Em anexo segue a imagem da ordenação. Onde em azul são os vetores
> aglomerados (descritores), os quais quero expandir. As demais siglas são os
> objetos.
>
> Obs: Caso alguém precise dos dados, segue o link:
> http://www.datafilehost.com/d/29e3f3bc.
>
> Agradeço a atenção e qualquer ajuda.
>
> Atenciosamente,
>
> Bianca Schindler.
>
>
>
> --
> Bianca Schindler.
> Mestranda em Engenharia Florestal - UFSM.
> Laboratório de Extrativos Vegetais (LABEVE)
> Tel: (55) 9661-7429.
>
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
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Alisson Lucrecio da Costa
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