[R-br] Fwd: ks.test e dados efeitos alelopáticos

Quinta Maio 30 21:49:38 BRT 2013

Mas nao hesite em enviar mais detalhes ou esperar um "dia util" (ja
que estamos num feriado)... Estou certo que boas sugestoes aparecerao
por aqui....

Em 30 de maio de 2013 19:16, Polliana Zocche <farbby em gmail.com> escreveu:
> Oi, Benilton,
> Obrigada.
> Já venho estudando sobre GLMs e continuarei buscando informações sobre essas
> características dos meus dados para conseguir montar um modelo apropriado.
> Valeu pelas informações!
> Polliana.
>
>
> Em 30 de maio de 2013 14:56, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho em gmail.com>
> escreveu:
>
>> Para que alguem possa reproduzir o que vc quer dizer (se vc nao se
>> importar com confidencialidade dos dados), eu sugiro que vc poste o
>> resultado de:
>>
>> dput(alelo)
>>
>> Se nao quiser colocar seus dados aqui, crie um conjunto de dados de
>> exemplo (q "finja" ser os seus dados originais) e poste o resultado de
>> dput, conforme acima.
>>
>> Definitivamente (pelo menos da forma q vc esta' utilizando),
>> Kolmogorov-Smirnov nao e' adequado... Se vc ler o manual do comando,
>> vera' que ele so' aceita 2 grupos por vez. E, apesar de vc nao dizer
>> explicitamente, eu imagino que vc queira testar as diferentes colunas
>> do data.frame alelo (control, ph5.7, v100, v200, etc).
>>
>> Certamente, havera' pessoas interessadas em te dar sugestoes. Apesar
>> de eu nao recomendar um metodo em particular, acho valido vc olhar as
>> tecnicas que descrevi no meu email anterior. Para usa-las, voce
>> precisara' "melt" os dados (o exemplo abaixo e' o mais simples, para
>> casos nos quais vc nao tenha a variavel 'tempo', entao sera'
>> necessario estudar o funcionamento do "melt" para faze-lo funcionar
>> direitinho)...
>>
>> library(reshape2)
>> novosDados = melt(alelo)
>>
>>
>> E, entao, usar 'novosDados' para a modelagem... Voce basicamente faria
>> um modelo parecido com:
>>
>> germinados ~ hora + tratamento
>>
>> ou ate'
>>
>> germinados ~ hora * tratamento
>>
>> Se vc estiver fazendo isso sozinha, e' definitivamente importante que
>> voce estude a teoria destes modelos (ao inves de simplesmente usar o
>> que postarem aqui, pois cada caso e' um caso). Se vc estiver fazendo
>> isso com o acompanhamento de um estatistico (recomendado!), consulte-o
>> a respeito das alternativas recomendadas por ele e suas implementacoes
>> em R. Mas os modelos que mencionei anteriormente (Poisson, Binomial
>> Negativa... e, possivelmente ambos com inflacao no zero) sao
>> estrategias comumente consideradas em casos similares.
>>
>> b
>>
>> b
>>
>>
>>
>>
>> Em 30 de maio de 2013 14:36, Polliana Zocche <farbby em gmail.com> escreveu:
>> > Olá, Benilton,
>> > Desculpe a falta de clareza. Vou tentar explicar com mais informações.
>> > Observei o efeito de 8 extratos aquosos de uma planta sobre a germinação
>> > de
>> > sementes de alface. Então a coleta dos dados foi a contagem do total de
>> > sementes germinadas em cada tratamento por dia.
>> > _______
>> > Exemplo do formato dos dados
>> >> alelo$time #variável X (tempo em horas)
>> >  [1]  24  48  72  96 120 144 168 192 216 240 264 288 312 336 360
>> > alelo$control #exemplo dos dados
>> > [1]  91  95  96  98  98  99  99  99  99  99 100 100 100 100 100
>> >> alelo$v200
>> >  [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>> >  alelo$s100
>> >  [1] 38 45 45 45 45 46 46 45 46 47 48 49 49 51 55 56 56 56 56 58
>> >> alelo$v200ph
>> >  [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 5 5 5 5
>> > .
>> > .
>> > .
>> > ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200,
>> >         alelo$v200ph, alelo$s100, alelo$s200, alelo$s200ph)
>> > _________
>> >
>> > Procuro um teste que seja apropriado para esses tipos de dados. Você
>> > sugere
>> > um GLM?
>> > Espero que tenha ficado mais claro agora.
>> > Obrigada pela ajuda.
>> > Polliana.
>> >
>> >
>> >
>> > Em 30 de maio de 2013 14:16, Benilton Carvalho
>> > <beniltoncarvalho em gmail.com>
>> > escreveu:
>> >
>> >> Nem todo mundo entende que o que voce esta' olhando e' a influencia de
>> >> um organismo noutro e mensurando este efeito com o numero de
>> >> germinacoes por dia.
>> >>
>> >> Para que voce obtenha uma ajuda mais util, voce precisa descrever os
>> >> dados. Apresentar, pelo menos, uma amostra deles (mas nao envie
>> >> arquivos anexados para a lista) e explicar quais sao as comparacoes
>> >> que voce deseja fazer.
>> >>
>> >> Eu tenho la' minhas duvidas sobre a adequacidade de Kolmogorov-Smirnov
>> >> para isso... principalmente se vc tiver mais que 2 grupos. Talvez,
>> >> voce queira olhar a familia de GLM e suas extensoes para
>> >> "zero-inflated cases" (Poisson, Binomial Negativa, etc)... Mas sem a
>> >> apresentacao precisa dos seus dados (e tambem esquema de amostragem e
>> >> coleta), e' dificil alguem poder te ajudar.
>> >>
>> >> b
>> >>
>> >> Em 30 de maio de 2013 13:21, Polliana Zocche <farbby em gmail.com>
>> >> escreveu:
>> >> > Olá,
>> >> >
>> >> > Eu estou procurando que teste seria apropriado para dados que contém
>> >> > zeros
>> >> > em seus vetores, vetores com valores repetidos e vetores com valores
>> >> > crescentes até 100.
>> >> >
>> >> > Eu usei o ks.test() para verificar as diferentes entre número de
>> >> > germinações/dia entre diferentes tratamentos avaliando alelopatia,
>> >> > mas o
>> >> > teste retorna um warning por causa dos valores repetidos (ties):
>> >> >
>> >> > "Mensagens de aviso perdidas:
>> >> > In ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200,
>> >> > alelo$v200ph,
>> >> > :
>> >> >   cannot compute exact p-values with ties"
>> >> >
>> >> > Alguém tem uma sugestão de que teste seria apropriado para fazer
>> >> > comparações
>> >> > com dados dessa natureza?
>> >> > Muito obrigada!
>> >> >
>> >> > --
>> >> > Polliana Zocche de Souza
>> >> > Bióloga/Mestre em Ecologia
>> >> > Doutoranda em Ecologia
>> >> > Departamento de Biologia Vegetal, IB, UNICAMP
>> >> >
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