[R-br] Fwd: ks.test e dados efeitos alelopáticos

Polliana Zocche farbby em gmail.com
Quinta Maio 30 19:16:55 BRT 2013


Oi, Benilton,
Obrigada.
Já venho estudando sobre GLMs e continuarei buscando informações sobre
essas características dos meus dados para conseguir montar um modelo
apropriado.
Valeu pelas informações!
Polliana.


Em 30 de maio de 2013 14:56, Benilton Carvalho
<beniltoncarvalho em gmail.com>escreveu:

> Para que alguem possa reproduzir o que vc quer dizer (se vc nao se
> importar com confidencialidade dos dados), eu sugiro que vc poste o
> resultado de:
>
> dput(alelo)
>
> Se nao quiser colocar seus dados aqui, crie um conjunto de dados de
> exemplo (q "finja" ser os seus dados originais) e poste o resultado de
> dput, conforme acima.
>
> Definitivamente (pelo menos da forma q vc esta' utilizando),
> Kolmogorov-Smirnov nao e' adequado... Se vc ler o manual do comando,
> vera' que ele so' aceita 2 grupos por vez. E, apesar de vc nao dizer
> explicitamente, eu imagino que vc queira testar as diferentes colunas
> do data.frame alelo (control, ph5.7, v100, v200, etc).
>
> Certamente, havera' pessoas interessadas em te dar sugestoes. Apesar
> de eu nao recomendar um metodo em particular, acho valido vc olhar as
> tecnicas que descrevi no meu email anterior. Para usa-las, voce
> precisara' "melt" os dados (o exemplo abaixo e' o mais simples, para
> casos nos quais vc nao tenha a variavel 'tempo', entao sera'
> necessario estudar o funcionamento do "melt" para faze-lo funcionar
> direitinho)...
>
> library(reshape2)
> novosDados = melt(alelo)
>
>
> E, entao, usar 'novosDados' para a modelagem... Voce basicamente faria
> um modelo parecido com:
>
> germinados ~ hora + tratamento
>
> ou ate'
>
> germinados ~ hora * tratamento
>
> Se vc estiver fazendo isso sozinha, e' definitivamente importante que
> voce estude a teoria destes modelos (ao inves de simplesmente usar o
> que postarem aqui, pois cada caso e' um caso). Se vc estiver fazendo
> isso com o acompanhamento de um estatistico (recomendado!), consulte-o
> a respeito das alternativas recomendadas por ele e suas implementacoes
> em R. Mas os modelos que mencionei anteriormente (Poisson, Binomial
> Negativa... e, possivelmente ambos com inflacao no zero) sao
> estrategias comumente consideradas em casos similares.
>
> b
>
> b
>
>
>
>
> Em 30 de maio de 2013 14:36, Polliana Zocche <farbby em gmail.com> escreveu:
> > Olá, Benilton,
> > Desculpe a falta de clareza. Vou tentar explicar com mais informações.
> > Observei o efeito de 8 extratos aquosos de uma planta sobre a germinação
> de
> > sementes de alface. Então a coleta dos dados foi a contagem do total de
> > sementes germinadas em cada tratamento por dia.
> > _______
> > Exemplo do formato dos dados
> >> alelo$time #variável X (tempo em horas)
> >  [1]  24  48  72  96 120 144 168 192 216 240 264 288 312 336 360
> > alelo$control #exemplo dos dados
> > [1]  91  95  96  98  98  99  99  99  99  99 100 100 100 100 100
> >> alelo$v200
> >  [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> >  alelo$s100
> >  [1] 38 45 45 45 45 46 46 45 46 47 48 49 49 51 55 56 56 56 56 58
> >> alelo$v200ph
> >  [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 5 5 5 5
> > .
> > .
> > .
> > ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200,
> >         alelo$v200ph, alelo$s100, alelo$s200, alelo$s200ph)
> > _________
> >
> > Procuro um teste que seja apropriado para esses tipos de dados. Você
> sugere
> > um GLM?
> > Espero que tenha ficado mais claro agora.
> > Obrigada pela ajuda.
> > Polliana.
> >
> >
> >
> > Em 30 de maio de 2013 14:16, Benilton Carvalho <
> beniltoncarvalho em gmail.com>
> > escreveu:
> >
> >> Nem todo mundo entende que o que voce esta' olhando e' a influencia de
> >> um organismo noutro e mensurando este efeito com o numero de
> >> germinacoes por dia.
> >>
> >> Para que voce obtenha uma ajuda mais util, voce precisa descrever os
> >> dados. Apresentar, pelo menos, uma amostra deles (mas nao envie
> >> arquivos anexados para a lista) e explicar quais sao as comparacoes
> >> que voce deseja fazer.
> >>
> >> Eu tenho la' minhas duvidas sobre a adequacidade de Kolmogorov-Smirnov
> >> para isso... principalmente se vc tiver mais que 2 grupos. Talvez,
> >> voce queira olhar a familia de GLM e suas extensoes para
> >> "zero-inflated cases" (Poisson, Binomial Negativa, etc)... Mas sem a
> >> apresentacao precisa dos seus dados (e tambem esquema de amostragem e
> >> coleta), e' dificil alguem poder te ajudar.
> >>
> >> b
> >>
> >> Em 30 de maio de 2013 13:21, Polliana Zocche <farbby em gmail.com>
> escreveu:
> >> > Olá,
> >> >
> >> > Eu estou procurando que teste seria apropriado para dados que contém
> >> > zeros
> >> > em seus vetores, vetores com valores repetidos e vetores com valores
> >> > crescentes até 100.
> >> >
> >> > Eu usei o ks.test() para verificar as diferentes entre número de
> >> > germinações/dia entre diferentes tratamentos avaliando alelopatia,
> mas o
> >> > teste retorna um warning por causa dos valores repetidos (ties):
> >> >
> >> > "Mensagens de aviso perdidas:
> >> > In ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200,
> >> > alelo$v200ph,
> >> > :
> >> >   cannot compute exact p-values with ties"
> >> >
> >> > Alguém tem uma sugestão de que teste seria apropriado para fazer
> >> > comparações
> >> > com dados dessa natureza?
> >> > Muito obrigada!
> >> >
> >> > --
> >> > Polliana Zocche de Souza
> >> > Bióloga/Mestre em Ecologia
> >> > Doutoranda em Ecologia
> >> > Departamento de Biologia Vegetal, IB, UNICAMP
> >> >
> >> > _______________________________________________
> >> > R-br mailing list
> >> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> >> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> >> > código
> >> > mínimo reproduzível.
> >> _______________________________________________
> >> R-br mailing list
> >> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> >> código mínimo reproduzível.
> >
> >
> >
> >
> > --
> > Polliana Zocche de Souza
> > Bióloga/Mestre em Ecologia
> > Doutoranda em Ecologia
> > Departamento de Biologia Vegetal, IB, UNICAMP
> >
> > _______________________________________________
> > R-br mailing list
> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código
> > mínimo reproduzível.
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130530/e06a8672/attachment.html>


Mais detalhes sobre a lista de discussão R-br