[R-br] Fwd: ks.test e dados efeitos alelopáticos

Quinta Maio 30 14:56:39 BRT 2013

Para que alguem possa reproduzir o que vc quer dizer (se vc nao se
importar com confidencialidade dos dados), eu sugiro que vc poste o
resultado de:

dput(alelo)

Se nao quiser colocar seus dados aqui, crie um conjunto de dados de
exemplo (q "finja" ser os seus dados originais) e poste o resultado de
dput, conforme acima.

Definitivamente (pelo menos da forma q vc esta' utilizando),
Kolmogorov-Smirnov nao e' adequado... Se vc ler o manual do comando,
vera' que ele so' aceita 2 grupos por vez. E, apesar de vc nao dizer
explicitamente, eu imagino que vc queira testar as diferentes colunas
do data.frame alelo (control, ph5.7, v100, v200, etc).

Certamente, havera' pessoas interessadas em te dar sugestoes. Apesar
de eu nao recomendar um metodo em particular, acho valido vc olhar as
tecnicas que descrevi no meu email anterior. Para usa-las, voce
precisara' "melt" os dados (o exemplo abaixo e' o mais simples, para
casos nos quais vc nao tenha a variavel 'tempo', entao sera'
necessario estudar o funcionamento do "melt" para faze-lo funcionar
direitinho)...

library(reshape2)
novosDados = melt(alelo)

E, entao, usar 'novosDados' para a modelagem... Voce basicamente faria
um modelo parecido com:

germinados ~ hora + tratamento

ou ate'

germinados ~ hora * tratamento

Se vc estiver fazendo isso sozinha, e' definitivamente importante que
voce estude a teoria destes modelos (ao inves de simplesmente usar o
que postarem aqui, pois cada caso e' um caso). Se vc estiver fazendo
isso com o acompanhamento de um estatistico (recomendado!), consulte-o
a respeito das alternativas recomendadas por ele e suas implementacoes
em R. Mas os modelos que mencionei anteriormente (Poisson, Binomial
Negativa... e, possivelmente ambos com inflacao no zero) sao
estrategias comumente consideradas em casos similares.

b

b

Em 30 de maio de 2013 14:36, Polliana Zocche <farbby em gmail.com> escreveu:
> Olá, Benilton,
> Desculpe a falta de clareza. Vou tentar explicar com mais informações.
> Observei o efeito de 8 extratos aquosos de uma planta sobre a germinação de
> sementes de alface. Então a coleta dos dados foi a contagem do total de
> sementes germinadas em cada tratamento por dia.
> _______
> Exemplo do formato dos dados
>> alelo$time #variável X (tempo em horas)
>  [1]  24  48  72  96 120 144 168 192 216 240 264 288 312 336 360
> alelo$control #exemplo dos dados
> [1]  91  95  96  98  98  99  99  99  99  99 100 100 100 100 100
>> alelo$v200
>  [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>  alelo$s100
>  [1] 38 45 45 45 45 46 46 45 46 47 48 49 49 51 55 56 56 56 56 58
>> alelo$v200ph
>  [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 5 5 5 5
> .
> .
> .
> ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200,
>         alelo$v200ph, alelo$s100, alelo$s200, alelo$s200ph)
> _________
>
> Procuro um teste que seja apropriado para esses tipos de dados. Você sugere
> um GLM?
> Espero que tenha ficado mais claro agora.
> Obrigada pela ajuda.
> Polliana.
>
>
>
> Em 30 de maio de 2013 14:16, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho em gmail.com>
> escreveu:
>
>> Nem todo mundo entende que o que voce esta' olhando e' a influencia de
>> um organismo noutro e mensurando este efeito com o numero de
>> germinacoes por dia.
>>
>> Para que voce obtenha uma ajuda mais util, voce precisa descrever os
>> dados. Apresentar, pelo menos, uma amostra deles (mas nao envie
>> arquivos anexados para a lista) e explicar quais sao as comparacoes
>> que voce deseja fazer.
>>
>> Eu tenho la' minhas duvidas sobre a adequacidade de Kolmogorov-Smirnov
>> para isso... principalmente se vc tiver mais que 2 grupos. Talvez,
>> voce queira olhar a familia de GLM e suas extensoes para
>> "zero-inflated cases" (Poisson, Binomial Negativa, etc)... Mas sem a
>> apresentacao precisa dos seus dados (e tambem esquema de amostragem e
>> coleta), e' dificil alguem poder te ajudar.
>>
>> b
>>
>> Em 30 de maio de 2013 13:21, Polliana Zocche <farbby em gmail.com> escreveu:
>> > Olá,
>> >
>> > Eu estou procurando que teste seria apropriado para dados que contém
>> > zeros
>> > em seus vetores, vetores com valores repetidos e vetores com valores
>> > crescentes até 100.
>> >
>> > Eu usei o ks.test() para verificar as diferentes entre número de
>> > germinações/dia entre diferentes tratamentos avaliando alelopatia, mas o
>> > teste retorna um warning por causa dos valores repetidos (ties):
>> >
>> > "Mensagens de aviso perdidas:
>> > In ks.test(alelo$control, alelo$ph5.7, alelo$v100, alelo$v200,
>> > alelo$v200ph,
>> > :
>> >   cannot compute exact p-values with ties"
>> >
>> > Alguém tem uma sugestão de que teste seria apropriado para fazer
>> > comparações
>> > com dados dessa natureza?
>> > Muito obrigada!
>> >
>> > --
>> > Polliana Zocche de Souza
>> > Bióloga/Mestre em Ecologia
>> > Doutoranda em Ecologia
>> > Departamento de Biologia Vegetal, IB, UNICAMP
>> >
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