[R-br] Fwd: Ajuda com modelo misto

[Edson Lira]

Diogo, a Lista tem regra de não anexar arquivos no email para evitar vírus, dentre outros problemas, poste seus arquivos por exemplo, no Datafile Host ou outro e indique o link.

[. ]'s.
Edson Lira
Estatístico
Ma-Am

Em 17/05/2013, às 10:54, "Diogo B. Provete" <dbprovete em gmail.com> escreveu:

> Caros,
> 
> Tenho um problema com a análise de um experimento sobre o efeito da diversidade no funcionamento de ecossitemas aquáticos
> 
> O experimento manipulou 3 níveis de riqueza de espécies e analisou o seu efeito em 3 propriedades do funcionamento do ecossistema (productivity, decomposition, respiration). 
> Para evitar o confundimento entre o efeito da riqueza e composição de espécies (efeito de amostragem), a autora aninhou 7 diferentes composições de espécie em cada tratamento. Cada uma dessas composições de espécies foi replicada 2 x (as linhas de poças na fig), tomando aleatoriamente spp de um pool total de 21 espécies. 
> Meu objetivo é usar a diversidade filogenética (PD) como um preditor de cada uma das propriedades do ecossistema. Como a PD é uma medida contínua que diz respeito à composição de espécies e suas relações evolutivas, cada uma dessas 7 composições ≠ terá um PD diferente. O problema é que pra cada tratamento eu terei 7 PD's ≠ aninhados. Além disso, ela tomou 6 medidas ao longo do tempo de cada uma das propriedades. 
> 
> Eu tentei rodar um modelo misto especificando o desenho aninhado para o efeito aleatório (PD e composição de spp) no lme4, mas tá dando erro (veja o m1 no script). 
> 
> 
> dados <- read.csv2("dados1.csv", header = T)
> attach(dados)
> m1 <- lmer(prod ~ factor(div)*factor(time) + factor(div)+ factor(time) + (1|comp) + (factor(PD)/factor(tank)/factor(time)), data = dados)
> 
> Então, o gde problema é conseguir fazer com que o efeito aleatório seja aninhado e ainda adicionar as medidas repetidas, ou seja, indicar que foram feitas várias medidas numa mesma unidade amostral (tank, na tabela abaixo) e que o PD é um efeito aleatório, junto com a composição, e está aninhado no efeito fixo (=tratamento) que são os 3 níveis de riqueza. 
> 
> Meus dados são assim:
>   tank treat comp    PD  div time prod  
> 1   18     1    1  2141.15    1    1  0.259 
> 2   60     1    1  2141.15    1    1  0.269  
> 3   20     4    1  2141.15    1    1  0.299  
> 4   58     4    1  2141.15    1    1  0.294  
> 5   18     1    1  2141.15    1    2  0.244  
> 6   60     1    1  2141.15    1    2  0.295 
> 
> 
> Envio em anexo os dados completos e tb o script do R, caso possam me ajudar. O artigo do qual eu extrai esses dados é este.
> 
> Obrigado desde já
> 
> -- 
> Atenciosamente,
> Diogo Borges Provete
> 
> ==============================
> Biólogo
> Mestre em Biologia Animal (UNESP)
> Doutorando PPG Ecologia e Evolução
> Laboratório de Ecologia de Insetos (sl. 222)
> Departamento de Ecologia
> Instituto de Ciências Biológicas - ICB 1
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> NorthWestern Journal of Zoology
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> <dados.R>
> <dados1.csv>
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