<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body dir="auto"><div>Diogo, a Lista tem regra de não anexar arquivos no email para evitar vírus, dentre outros problemas, poste seus arquivos por exemplo, no Datafile Host ou outro e indique o link.<br><br><div>[. ]'s.</div>Edson Lira<div>Estatístico</div><div>Ma-Am</div></div><div><br>Em 17/05/2013, às 10:54, "Diogo B. Provete" <<a href="mailto:dbprovete@gmail.com">dbprovete@gmail.com</a>> escreveu:<br><br></div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr">Caros,<br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div><br><span style="font-size:13px;font-family:arial,sans-serif">Tenho um problema com a análise de um experimento sobre o efeito da diversidade no funcionamento de ecossitemas aquáticos</span><br>
<div class="gmail_quote"><div dir="ltr">
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><div class="im"><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">O experimento manipulou 3 níveis de riqueza de espécies e analisou o seu efeito em 3 propriedades do funcionamento do ecossistema (productivity, decomposition, respiration). </div>
</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Para evitar o confundimento entre o efeito da riqueza e composição de espécies (efeito de amostragem), a autora aninhou 7 diferentes composições de espécie em cada tratamento. Cada uma dessas composições de espécies foi replicada 2 x (as linhas de poças na <a href="https://dl.dropboxusercontent.com/u/17547582/Desenho%20experimental.jpg">fig</a>), tomando aleatoriamente spp de um pool total de 21 espécies. </div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Meu objetivo é usar a diversidade filogenética (PD) como um preditor de cada uma das propriedades do ecossistema. Como a PD é uma medida contínua que diz respeito à composição de espécies e suas relações evolutivas, cada uma dessas 7 composições ≠ terá um PD diferente. O problema é que pra cada tratamento eu terei 7 PD's ≠ aninhados. Além disso, ela tomou 6 medidas ao longo do tempo de cada uma das propriedades. </div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Eu tentei rodar um modelo misto especificando o desenho aninhado para o efeito aleatório (PD e composição de spp) no lme4, mas tá dando erro (veja o m1 no script). </div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div><font face="arial, sans-serif">dados <- read.csv2("dados1.csv", header = T)</font><br>
</div><div><font face="arial, sans-serif">attach(dados)<br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">m1 <- lmer(prod ~ factor(div)*factor(time) + factor(div)+ factor(time) + (1|comp) + (factor(PD)/factor(tank)/factor(time)), data = dados)</font><br>
</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Então, o gde problema é conseguir fazer com que o efeito aleatório seja aninhado e ainda adicionar as medidas repetidas, ou seja, indicar que foram feitas várias medidas numa mesma unidade amostral (tank, na tabela abaixo) e que o PD é um efeito aleatório, junto com a composição, e está aninhado no efeito fixo (=tratamento) que são os 3 níveis de riqueza. </div>
</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Meus dados são assim:</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div><b> tank</b> <b>treat</b> <b>comp</b> <b>PD</b> <b>div</b> time <b>prod</b> </div>
<div>1 18 <a href="tel:1%20%C2%A0%20%C2%A01%20%C2%A02141.15%20%C2%A0%20%C2%A01%20%C2%A0%20%C2%A01" value="+551121411511" target="_blank">1 1 2141.15 1 1</a> 0.259 </div><div>2 60 <a href="tel:1%20%C2%A0%20%C2%A01%20%C2%A02141.15%20%C2%A0%20%C2%A01%20%C2%A0%20%C2%A01" value="+551121411511" target="_blank">1 1 2141.15 1 1</a> 0.269 </div>
<div>3 20 <a href="tel:4%20%C2%A0%20%C2%A01%20%C2%A02141.15%20%C2%A0%20%C2%A01%20%C2%A0%20%C2%A01" value="+554121411511" target="_blank">4 1 2141.15 1 1</a> 0.299 </div><div>4 58 <a href="tel:4%20%C2%A0%20%C2%A01%20%C2%A02141.15%20%C2%A0%20%C2%A01%20%C2%A0%20%C2%A01" value="+554121411511" target="_blank">4 1 2141.15 1 1</a> 0.294 </div>
<div>5 18 <a href="tel:1%20%C2%A0%20%C2%A01%20%C2%A02141.15%20%C2%A0%20%C2%A01%20%C2%A0%20%C2%A02" value="+551121411512" target="_blank">1 1 2141.15 1 2</a> 0.244 </div><div>6 60 <a href="tel:1%20%C2%A0%20%C2%A01%20%C2%A02141.15%20%C2%A0%20%C2%A01%20%C2%A0%20%C2%A02" value="+551121411512" target="_blank">1 1 2141.15 1 2</a> 0.295 </div>
</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Envio em anexo os dados completos e tb o script do R, caso possam me ajudar. O artigo do qual eu extrai esses dados é <a href="http://www.nature.com/nature/journal/v416/n6883/abs/416837a.html" target="_blank">este</a>.</div>
<div class="im">
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Obrigado desde já</div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><font color="#666666">Atenciosamente</font>,<br>
<b>Diogo Borges Provete</b><br><br>==============================<br>Biólogo<br>Mestre em Biologia Animal (<a href="http://www.ibilce.unesp.br" target="_blank">UNESP</a>)<br><a href="http://www.ecoevol.ufg.br" target="_blank">Doutorando PPG Ecologia e Evolução</a><br>
Laboratório de Ecologia de Insetos (sl. 222)<br><div><a href="http://www.icb.ufg.br/pages/18570" target="_blank">Departamento de Ecologia</a><br><a href="http://www.icb.ufg.br" target="_blank">Instituto de Ciências Biológicas</a> - ICB 1<br>
<a href="http://www.ufg.br" target="_blank">Universidade Federal de Goiás</a>, campus II<br>Goiânia-GO<br>74001-970</div><div>Brazil<br><br></div><div>Tel. Lab. <a href="tel:%2B55%2062%203521-1732" value="+556235211732" target="_blank">+55 62 3521-1732</a></div>
<div><b><span style="font-weight:normal">Cel. +55 </span></b><span style="font-family:Arial"><a href="tel:62%208231-5775" value="+556282315775" target="_blank">62 8231-5775</a></span></div>
<div><b><span style="font-weight:normal"><br></span></b><img src="http://download.skype.com/share/emoticons/0142-skype.png">: diogoprovete<br><br><div><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:medium"><div style="margin-right:165px">
<span style="font-size:small"><b><a href="http://diogoprovete.weebly.com" target="_blank">Personal web page</a></b></span></div></span></div><div style="text-align:center"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif"><div style="font-size:medium;text-align:left;margin-right:165px">
<span style="font-size:small"><br></span></div><div style="text-align:left;margin-right:165px"><font>Editor <a href="http://www.herpetologynotes.seh-herpetology.org/index.html" target="_blank">Herpetology Notes</a> </font></div>
<div style="text-align:left;margin-right:165px"><font><a href="http://biozoojournals.3x.ro/nwjz/index.html" target="_blank">NorthWestern Journal of Zoology</a></font></div></span><div style="text-align:left;margin-right:165px">
==============================</div></div></div></div>
</div></div>
</div><br><br>
</div></div>
</div><br><br>
</div>
</div></blockquote><blockquote type="cite"><div><dados.R></div></blockquote><blockquote type="cite"><div><dados1.csv></div></blockquote><blockquote type="cite"><div><span>_______________________________________________</span><br><span>R-br mailing list</span><br><span><a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a></span><br><span><a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a></span><br><span>Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.</span></div></blockquote></body></html>