[R-br] Pacote drc

Terça Março 12 18:14:46 BRT 2013

Muito obrigado pela ajuda Stephan. Att. Tiago.
 Date: Tue, 12 Mar 2013 08:19:58 -0300
From: smalfitano em uol.com.br
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Pacote drc

      Tiago,

      veja uma simulação sem a correção dos dados pela formula de Abbot:

      conc = c(0.15,0.25,0.41,0.67,1.11,1.83,3.03,5)

      ni = c(53,51,48,45,50,50,48,50)

      im = c(7,15,28,31,42,49,48,50)

      mod=drm(im/ni~conc,weight=ni,fct=LL.2(),type="binomial")

      modelFit(mod)

      ED(mod,c(50),interval="delta")

      tratVec = with(mod, seq(min(conc), max(conc), length.out=100))

Pred=predict(mod,newdata=data.frame(conc=tratVec,1),type="response",se.fit=TRUE)

      Li=Pred[,1]-2*Pred[,2]

      Ls=Pred[,1]+2*Pred[,2]

plot(mod,conName="0",axes=FALSE,type="average",xlim=c(0.15,5),ylim=c(0,1),log="x")

      axis(1,conc)

      y=seq(0,1,0.1)

      axis(2,y)

      lines(tratVec, Li, lty = 2)

      lines(tratVec, Ls, lty = 2)

      Stephan

      Em 11/03/2013 16:42, Tiago Souza Marçal escreveu:

       Se eu corrigir o meus dados pelo critério de
        Abbott qual o modelo você me aconcelha a utilizar (LL.2()) ? 

        CMR:

        dados<-structure(list(conc = c(0.15, 0.25, 0.41, 0.67, 1.11,
        1.83, 3.03, 

        5), lconc = c(-0.823908741, -0.602059991, -0.387216143,
        -0.173925197, 

        0.045322979, 0.26245109, 0.481442629, 0.698970004), ni = c(53L,

        51L, 48L, 45L, 50L, 50L, 48L, 50L), im = c(7L, 15L, 28L, 31L, 

        42L, 49L, 48L, 50L), m = c(0.132075472, 0.294117647,
        0.583333333, 

        0.688888889, 0.84, 0.98, 1, 1), mc = c(0.053686206, 0.215855573,

        0.505298273, 0.610936682, 0.762166405, 0.902276295, 0.922291994,

        0.922291994)), .Names = c("conc", "lconc", "ni", "im", "m", "mc"

        ), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))

        Onde:

        conc = concentrações

        lconc = logaritimo neperiano das concentrações.

        ni = número de individúos

        im = individúos mortos

        m = mortalidade

        mc = mortalidade corrigida

        Att.

        Tiago. 

          Date: Mon, 11 Mar 2013 13:38:30 -0300

          From: smalfitano em uol.com.br

          To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br

          Subject: Re: [R-br] Pacote drc

            Bom dia Tiago,

                O drc assume o controle como "dose zero", sem fazer
            nenhuma correção como proposto por Abbott.

                Além disso é preciso verificar qual tipo de distribuição
            (e parâmetros) que você está usando, pois existe uma grande
            diversidade no drc quando comparado por exemplo com o Polo.

                Att,

                Stephan

            Em 11/03/2013 13:26, Tiago Souza Marçal escreveu:

             Bom dia pessoal,

              gostaria de saber se alguem da lista utiliza o pacote
              drc para estimar a CL-50. Caso tenha gostaria que me
              esclarecesse as seguintes dúvidas:

              Ele calcula a mortalidade corrigida pelo critério de
              Abbott?

              Porque as estimativas geradas por este pacote são
              diferentes das geradas pelo SAS e o Polo?

              Att.

              Tiago.

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