[R-br] Pacote drc

Tiago Souza Marçal tiagosouzamarcal em hotmail.com
Quarta Março 13 19:42:03 BRT 2013


Stephan qual função retorna a inclinação da curva no pacote drc? Att. Tiago.
 Date: Tue, 12 Mar 2013 08:19:58 -0300
From: smalfitano em uol.com.br
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Pacote drc


  
    
  
  
    

      Tiago,

      

      veja uma simulação sem a correção dos dados pela formula de Abbot:

      

      

      conc = c(0.15,0.25,0.41,0.67,1.11,1.83,3.03,5)

      ni = c(53,51,48,45,50,50,48,50)

      im = c(7,15,28,31,42,49,48,50)

      

      mod=drm(im/ni~conc,weight=ni,fct=LL.2(),type="binomial")

      modelFit(mod)

      ED(mod,c(50),interval="delta")

      

      tratVec = with(mod, seq(min(conc), max(conc), length.out=100))

Pred=predict(mod,newdata=data.frame(conc=tratVec,1),type="response",se.fit=TRUE)

      Li=Pred[,1]-2*Pred[,2]

      Ls=Pred[,1]+2*Pred[,2]

      

plot(mod,conName="0",axes=FALSE,type="average",xlim=c(0.15,5),ylim=c(0,1),log="x")

      axis(1,conc)

      y=seq(0,1,0.1)

      axis(2,y)

      

      lines(tratVec, Li, lty = 2)

      lines(tratVec, Ls, lty = 2)

      

      

      

      Stephan

      

      

      

      

      

      

      

      

      Em 11/03/2013 16:42, Tiago Souza Marçal escreveu:

    
    
      
       Se eu corrigir o meus dados pelo critério de
        Abbott qual o modelo você me aconcelha a utilizar (LL.2()) ? 

         

        CMR:

         

        dados<-structure(list(conc = c(0.15, 0.25, 0.41, 0.67, 1.11,
        1.83, 3.03, 

        5), lconc = c(-0.823908741, -0.602059991, -0.387216143,
        -0.173925197, 

        0.045322979, 0.26245109, 0.481442629, 0.698970004), ni = c(53L,
        

        51L, 48L, 45L, 50L, 50L, 48L, 50L), im = c(7L, 15L, 28L, 31L, 

        42L, 49L, 48L, 50L), m = c(0.132075472, 0.294117647,
        0.583333333, 

        0.688888889, 0.84, 0.98, 1, 1), mc = c(0.053686206, 0.215855573,
        

        0.505298273, 0.610936682, 0.762166405, 0.902276295, 0.922291994,
        

        0.922291994)), .Names = c("conc", "lconc", "ni", "im", "m", "mc"

        ), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))

         

        Onde:

         

        conc = concentrações

        lconc = logaritimo neperiano das concentrações.

        ni = número de individúos

        im = individúos mortos

        m = mortalidade

        mc = mortalidade corrigida

         

        Att.

         

        Tiago. 

        
          Date: Mon, 11 Mar 2013 13:38:30 -0300

          From: smalfitano em uol.com.br

          To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br

          Subject: Re: [R-br] Pacote drc

          

          

            Bom dia Tiago,

            

                O drc assume o controle como "dose zero", sem fazer
            nenhuma correção como proposto por Abbott.

            

                Além disso é preciso verificar qual tipo de distribuição
            (e parâmetros) que você está usando, pois existe uma grande
            diversidade no drc quando comparado por exemplo com o Polo.

            

                Att,

            

                Stephan

            

            

            Em 11/03/2013 13:26, Tiago Souza Marçal escreveu:

          
          
            
             Bom dia pessoal,

               

              gostaria de saber se alguem da lista utiliza o pacote
              drc para estimar a CL-50. Caso tenha gostaria que me
              esclarecesse as seguintes dúvidas:

               

              Ele calcula a mortalidade corrigida pelo critério de
              Abbott?

               

              Porque as estimativas geradas por este pacote são
              diferentes das geradas pelo SAS e o Polo?

               

              Att.

               

              Tiago.

            
            

            
            

            _______________________________________________
R-br mailing list
R-br em listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
          
          

          

          -- 


***************************************************

              STEPHAN M. CARVALHO


    "Chemical control and ecotoxicology"


     Universidade Federal de Uberlândia

       Instituto de Ciências Agrárias

       Avenida Amazonas s/n – Bloco 2E
	 Caixa Postal 593 - Umuarama

          38.400-902 Uberlândia/MG
 		  Brazil


        stephan.carvalho em iciag.ufu.br


+55 34 3218-2225 (university)
+55 34 3218-2225 (fax)
+55 35 9103-9822 (mobile)
+55 35 9949-0707 (mobile)


Antes de imprimir, pense no ambiente!
Before printing, think in the environment!
Avant d'imprimer, pensez à l'environnement!

***************************************************




 
          

          _______________________________________________ R-br mailing
          list R-br em listas.c3sl.ufpr.br
          https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
          Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia)
          e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
      
      

      
      

      _______________________________________________
R-br mailing list
R-br em listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
    
    

    

    -- 


***************************************************

              STEPHAN M. CARVALHO


    "Chemical control and ecotoxicology"


     Universidade Federal de Uberlândia
       Instituto de Ciências Agrárias

       Avenida Amazonas s/n – Bloco 2E
	 Caixa Postal 593 - Umuarama

          38.400-902 Uberlândia/MG
 		  Brazil


        stephan.carvalho em iciag.ufu.br


+55 34 3218-2225 (university)
+55 34 3218-2225 (fax)
+55 35 9103-9822 (mobile)
+55 35 9949-0707 (mobile)


Antes de imprimir, pense no ambiente!
Before printing, think in the environment!
Avant d'imprimer, pensez à l'environnement!

***************************************************




 
  


_______________________________________________
R-br mailing list
R-br em listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. 		 	   		  
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130314/75747c78/attachment-0001.html>


Mais detalhes sobre a lista de discussão R-br