[R-br] Pacote drc

Terça Março 12 08:19:58 BRT 2013

Tiago,

veja uma simulação sem a correção dos dados pela formula de Abbot:

conc = c(0.15,0.25,0.41,0.67,1.11,1.83,3.03,5)
ni = c(53,51,48,45,50,50,48,50)
im = c(7,15,28,31,42,49,48,50)

mod=drm(im/ni~conc,weight=ni,fct=LL.2(),type="binomial")
modelFit(mod)
ED(mod,c(50),interval="delta")

tratVec = with(mod, seq(min(conc), max(conc), length.out=100))
Pred=predict(mod,newdata=data.frame(conc=tratVec,1),type="response",se.fit=TRUE)
Li=Pred[,1]-2*Pred[,2]
Ls=Pred[,1]+2*Pred[,2]

plot(mod,conName="0",axes=FALSE,type="average",xlim=c(0.15,5),ylim=c(0,1),log="x")
axis(1,conc)
y=seq(0,1,0.1)
axis(2,y)

lines(tratVec, Li, lty = 2)
lines(tratVec, Ls, lty = 2)

Stephan

Em 11/03/2013 16:42, Tiago Souza Marçal escreveu:
> Se eu corrigir o meus dados pelo critério de Abbott qual o modelo você 
> me aconcelha a utilizar (LL.2()) ?
>
> CMR:
>
> dados<-structure(list(conc = c(0.15, 0.25, 0.41, 0.67, 1.11, 1.83, 3.03,
> 5), lconc = c(-0.823908741, -0.602059991, -0.387216143, -0.173925197,
> 0.045322979, 0.26245109, 0.481442629, 0.698970004), ni = c(53L,
> 51L, 48L, 45L, 50L, 50L, 48L, 50L), im = c(7L, 15L, 28L, 31L,
> 42L, 49L, 48L, 50L), m = c(0.132075472, 0.294117647, 0.583333333,
> 0.688888889, 0.84, 0.98, 1, 1), mc = c(0.053686206, 0.215855573,
> 0.505298273, 0.610936682, 0.762166405, 0.902276295, 0.922291994,
> 0.922291994)), .Names = c("conc", "lconc", "ni", "im", "m", "mc"
> ), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))
>
> Onde:
>
> conc = concentrações
> lconc = logaritimo neperiano das concentrações.
> ni = número de individúos
> im = individúos mortos
> m = mortalidade
> mc = mortalidade corrigida
>
> Att.
>
> Tiago.
> ------------------------------------------------------------------------
> Date: Mon, 11 Mar 2013 13:38:30 -0300
> From: smalfitano em uol.com.br
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Pacote drc
>
>
> Bom dia Tiago,
>
>     O drc assume o controle como "dose zero", sem fazer nenhuma 
> correção como proposto por Abbott.
>
>     Além disso é preciso verificar qual tipo de distribuição (e 
> parâmetros) que você está usando, pois existe uma grande diversidade 
> no drc quando comparado por exemplo com o Polo.
>
>     Att,
>
>     Stephan
>
>
> Em 11/03/2013 13:26, Tiago Souza Marçal escreveu:
>
>     Bom dia pessoal,
>
>     gostaria de saber se alguem da lista utiliza o pacote drc para
>     estimar a CL-50. Caso tenha gostaria que me esclarecesse as
>     seguintes dúvidas:
>
>     Ele calcula a mortalidade corrigida pelo critério de Abbott?
>
>     Porque as estimativas geradas por este pacote são diferentes das
>     geradas pelo SAS e o Polo?
>
>     Att.
>
>     Tiago.
>
>
>     _______________________________________________
>     R-br mailing list
>     R-br em listas.c3sl.ufpr.br  <mailto:R-br em listas.c3sl.ufpr.br>
>     https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>     Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>
>
>
> -- 
>
>
> ***************************************************
>
>                STEPHAN M. CARVALHO
>
>
>      "Chemical control and ecotoxicology"
>
>
>       Universidade Federal de Uberlândia
>         Instituto de Ciências Agrárias
>
>         Avenida Amazonas s/n -- Bloco 2E
> 	 Caixa Postal 593 - Umuarama
>
>            38.400-902 Uberlândia/MG
>   		  Brazil
>
>
>          stephan.carvalho em iciag.ufu.br  <mailto:stephan.carvalho em iciag.ufu.br>
>
>
> +55 34 3218-2225 (university)
> +55 34 3218-2225 (fax)
> +55 35 9103-9822 (mobile)
> +55 35 9949-0707 (mobile)
>
>
> Antes de imprimir, pense no ambiente!
> Before printing, think in the environment!
> Avant d'imprimer, pensez à l'environnement!
>
> ***************************************************
>
>
>
>
>   
>
> _______________________________________________ R-br mailing list 
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br 
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia 
> de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne?a c?digo m?nimo 
> reproduz?vel.
>
>
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

-- 

***************************************************

               STEPHAN M. CARVALHO

     "Chemical control and ecotoxicology"

      Universidade Federal de Uberlândia
        Instituto de Ciências Agrárias

        Avenida Amazonas s/n -- Bloco 2E
	 Caixa Postal 593 - Umuarama

           38.400-902 Uberlândia/MG
  		  Brazil

         stephan.carvalho em iciag.ufu.br

+55 34 3218-2225 (university)
+55 34 3218-2225 (fax)
+55 35 9103-9822 (mobile)
+55 35 9949-0707 (mobile)

Antes de imprimir, pense no ambiente!
Before printing, think in the environment!
Avant d'imprimer, pensez à l'environnement!

***************************************************

-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130312/0fcaa7fa/attachment.html>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo não-texto foi limpo...
Nome: smalfitano.vcf
Tipo: text/x-vcard
Tamanho: 115 bytes
Descrição: não disponível
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130312/0fcaa7fa/attachment.vcf>