[R-br] arquivo netcdf

Heloíse Pavanato helopavanato em gmail.com
Quinta Junho 13 15:53:04 BRT 2013 

Oi Benilton,

Não funciona...acho que o problema é o Windows mesmo.
Vou ter que baixar os arquivos para ler.

Obrigada,
Heloise


Em 13 de junho de 2013 11:53, Benilton Carvalho
<beniltoncarvalho em gmail.com>escreveu:

> Ha' rumores de que o ncdf para Windows nao esteja pronto para
> OPeNDAP... e eles (os rumores) parecem se confirmar, conforme mostro
> abaixo.
>
> Note que estou usando a (pen)ultima versao do R (aconselho voce usar
> sempre a ultima)... em Linux...
>
> Se, com a mesma versao do R e ncdf, vc nao conseguir... entao e',
> infelizmente, limitacao da versao Windows (o que eu sinceramente
> esperava nao acontecer).
>
> b
>
> > library(ncdf)
> > dataset <- open.ncdf('
> http://dap.marinexplore.org/dap/u/911215431c07/02841d66-d38e-11e2-8d83-22000a1c5967
> ')
> > dataset
> [1] "file
> http://dap.marinexplore.org/dap/u/911215431c07/02841d66-d38e-11e2-8d83-22000a1c5967
> has 4 dimensions:"
> [1] "depth0   Size: 1"
> [1] "lat0   Size: 90"
> [1] "lon0   Size: 180"
> [1] "time0   Size: 1"
> [1] "------------------------"
> [1] "file
> http://dap.marinexplore.org/dap/u/911215431c07/02841d66-d38e-11e2-8d83-22000a1c5967
> has 1 variables:"
> [1] "float
> g_sea_water_temperature_at_sea_surface_skin[lon0,lat0,depth0,time0]
>  Longname:Surface Skin Temperature Missval:1e+30"
> > sessionInfo()
> R version 3.0.0 (2013-04-03)
> Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
>
> locale:
>  [1] LC_CTYPE=pt_BR.utf8       LC_NUMERIC=C
>  [3] LC_TIME=pt_BR.utf8        LC_COLLATE=pt_BR.utf8
>  [5] LC_MONETARY=pt_BR.utf8    LC_MESSAGES=pt_BR.utf8
>  [7] LC_PAPER=C                LC_NAME=C
>  [9] LC_ADDRESS=C              LC_TELEPHONE=C
> [11] LC_MEASUREMENT=pt_BR.utf8 LC_IDENTIFICATION=C
>
> attached base packages:
> [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
>
> other attached packages:
> [1] ncdf_1.6.6
>
> loaded via a namespace (and not attached):
> [1] tcltk_3.0.0 tools_3.0.0
> >
>
> Em 13 de junho de 2013 11:06, Heloíse Pavanato
> <helopavanato em gmail.com> escreveu:
> > Já tentei..não deu certo =/
> >
> >
> > Em 13 de junho de 2013 11:00, Rodrigo Plei <rodrigo.plei em gmail.com>
> > escreveu:
> >
> >> Tente usar uma versão mais antiga do R também.
> >>
> >> R.
> >>
> >>
> >> Em 13 de junho de 2013 10:57, Heloíse Pavanato <helopavanato em gmail.com>
> >> escreveu:
> >>
> >>> Obrigada por todas as ajudas!
> >>>
> >>> Eu baixei o ncdf4, mas não deu certo ler direto do link.
> >>> Dai baixei o arquivo vinculado ao link opendap e então ele leu.
> >>>
> >>> Ou seja, é possível ler .nc com no windows, mas não  deu certo com o
> >>> opendap.
> >>> Outras pessoas tem lido do opendap com o pacote ncdf em Linux sem
> >>> problemas..
> >>>
> >>> Obrigada!
> >>>
> >>> Att,
> >>> Heloise
> >>>
> >>>
> >>> Em 13 de junho de 2013 09:51, Tito Conte <tito.conte em gmail.com>
> escreveu:
> >>>
> >>>> Heloíse verifique os seus pacotes do windows para netcdf
> >>>>
> >>>> Tito Conte
> >>>>
> >>>>
> >>>>
> >>>> 2013/6/13 Thiago V. dos Santos <thi_veloso em yahoo.com.br>
> >>>>
> >>>>> Heloíse,
> >>>>>
> >>>>> O pacote ncdf é antigo e deve ser descontinuado em breve. Instale o
> >>>>> ncdf4 no lugar. Os binários para windows não existem no CRAN, mas
> estão
> >>>>> disponíveis no site do autor: http://cirrus.ucsd.edu/~pierce/ncdf/.
> Esse
> >>>>> pacote deve suportar o protocolo opendap.
> >>>>>
> >>>>> Caso ele não suporte, uma solução temporária é baixar o arquivo para
> >>>>> testar localmente (download.file('url_to_file')), e em seguida
> escrever para
> >>>>> os autores dos pacotes (incluindo o Robert Hijmans do raster)
> perguntando se
> >>>>> eles têm algum plano de incluir o opendap em um futuro próximo.
> >>>>>
> >>>>> Alternativamente, existe uma opção mais complicada de compilar o
> pacote
> >>>>> gdal com suporte a opendap. Porém, não sei se isso pode ser feito em
> >>>>> Windows.
> >>>>>
> >>>>> Saudações,
> >>>>> --
> >>>>> Thiago V. dos Santos
> >>>>> PhD student
> >>>>> Land and Atmospheric Science
> >>>>> University of Minnesota
> >>>>>
> >>>>>
> http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/index.htm
> >>>>> Phone: (612) 323 9898
> >>>>> ________________________________
> >>>>> From: Heloíse Pavanato <helopavanato em gmail.com>
> >>>>> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> >>>>> Sent: Wednesday, June 12, 2013 9:45 PM
> >>>>> Subject: [R-br] arquivo netcdf
> >>>>>
> >>>>> Olá,
> >>>>> Tenho tentado abrir um arquivo netcdf mas sem êxito.
> >>>>> Tentei com o pacote ncdf para abrir um arquivo através de um link
> >>>>> OPeNDAP
> >>>>> dataset <-
> >>>>> open.ncdf('
> http://dap.marinexplore.org/dap/u/911215431c07/02841d66-d38e-11e2-8d83-22000a1c5967
> ')
> >>>>> e através do RNetCDF
> >>>>> dataset <-
> >>>>> open.nc('
> http://dap.marinexplore.org/dap/u/911215431c07/02841d66-d38e-11e2-8d83-22000a1c5967
> ')
> >>>>> e sempre dá o Error in open.ncdf trying to open file.....
> >>>>>
> >>>>> Estou trabalhando em ambiente Windows. Isso seria um problema?
> >>>>> Alguém tem alguma dica para me dar?
> >>>>>
> >>>>> Grata,
> >>>>> Heloise
> >>>>>
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> >>>>> código mínimo reproduzível.
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> >>
> >>
> >>
> >> --
> >> =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->
> >>
> >> Rodrigo Silvestre Martins, PhD
> >> Bolsista FAPESP Pós-Doutorado
> >>
> >> Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq)
> >> Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico
> >> Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B)
> >> Butantã - São Paulo/SP, Brasil
> >> 05508-900
> >> Tel: +55 11 3091 6549
> >> Email: rodrigo.plei em gmail.com ; ocersm em lycos.com; rsmartins em usp.br
> >>
> >> CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777
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> >> Google Scholar:
> >> http://scholar.google.com.br/citations?user=zX_EezEAAAAJ&hl=pt-BR
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