[R-br] arquivo netcdf

Quinta Junho 13 11:53:51 BRT 2013

Ha' rumores de que o ncdf para Windows nao esteja pronto para
OPeNDAP... e eles (os rumores) parecem se confirmar, conforme mostro
abaixo.

Note que estou usando a (pen)ultima versao do R (aconselho voce usar
sempre a ultima)... em Linux...

Se, com a mesma versao do R e ncdf, vc nao conseguir... entao e',
infelizmente, limitacao da versao Windows (o que eu sinceramente
esperava nao acontecer).

b

> library(ncdf)
> dataset <- open.ncdf('http://dap.marinexplore.org/dap/u/911215431c07/02841d66-d38e-11e2-8d83-22000a1c5967')
> dataset
[1] "file http://dap.marinexplore.org/dap/u/911215431c07/02841d66-d38e-11e2-8d83-22000a1c5967
has 4 dimensions:"
[1] "depth0   Size: 1"
[1] "lat0   Size: 90"
[1] "lon0   Size: 180"
[1] "time0   Size: 1"
[1] "------------------------"
[1] "file http://dap.marinexplore.org/dap/u/911215431c07/02841d66-d38e-11e2-8d83-22000a1c5967
has 1 variables:"
[1] "float g_sea_water_temperature_at_sea_surface_skin[lon0,lat0,depth0,time0]
 Longname:Surface Skin Temperature Missval:1e+30"
> sessionInfo()
R version 3.0.0 (2013-04-03)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=pt_BR.utf8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=pt_BR.utf8        LC_COLLATE=pt_BR.utf8
 [5] LC_MONETARY=pt_BR.utf8    LC_MESSAGES=pt_BR.utf8
 [7] LC_PAPER=C                LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C              LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=pt_BR.utf8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] ncdf_1.6.6

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tcltk_3.0.0 tools_3.0.0
>

Em 13 de junho de 2013 11:06, Heloíse Pavanato
<helopavanato em gmail.com> escreveu:
> Já tentei..não deu certo =/
>
>
> Em 13 de junho de 2013 11:00, Rodrigo Plei <rodrigo.plei em gmail.com>
> escreveu:
>
>> Tente usar uma versão mais antiga do R também.
>>
>> R.
>>
>>
>> Em 13 de junho de 2013 10:57, Heloíse Pavanato <helopavanato em gmail.com>
>> escreveu:
>>
>>> Obrigada por todas as ajudas!
>>>
>>> Eu baixei o ncdf4, mas não deu certo ler direto do link.
>>> Dai baixei o arquivo vinculado ao link opendap e então ele leu.
>>>
>>> Ou seja, é possível ler .nc com no windows, mas não  deu certo com o
>>> opendap.
>>> Outras pessoas tem lido do opendap com o pacote ncdf em Linux sem
>>> problemas..
>>>
>>> Obrigada!
>>>
>>> Att,
>>> Heloise
>>>
>>>
>>> Em 13 de junho de 2013 09:51, Tito Conte <tito.conte em gmail.com> escreveu:
>>>
>>>> Heloíse verifique os seus pacotes do windows para netcdf
>>>>
>>>> Tito Conte
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> 2013/6/13 Thiago V. dos Santos <thi_veloso em yahoo.com.br>
>>>>
>>>>> Heloíse,
>>>>>
>>>>> O pacote ncdf é antigo e deve ser descontinuado em breve. Instale o
>>>>> ncdf4 no lugar. Os binários para windows não existem no CRAN, mas estão
>>>>> disponíveis no site do autor: http://cirrus.ucsd.edu/~pierce/ncdf/. Esse
>>>>> pacote deve suportar o protocolo opendap.
>>>>>
>>>>> Caso ele não suporte, uma solução temporária é baixar o arquivo para
>>>>> testar localmente (download.file('url_to_file')), e em seguida escrever para
>>>>> os autores dos pacotes (incluindo o Robert Hijmans do raster) perguntando se
>>>>> eles têm algum plano de incluir o opendap em um futuro próximo.
>>>>>
>>>>> Alternativamente, existe uma opção mais complicada de compilar o pacote
>>>>> gdal com suporte a opendap. Porém, não sei se isso pode ser feito em
>>>>> Windows.
>>>>>
>>>>> Saudações,
>>>>> --
>>>>> Thiago V. dos Santos
>>>>> PhD student
>>>>> Land and Atmospheric Science
>>>>> University of Minnesota
>>>>>
>>>>> http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/index.htm
>>>>> Phone: (612) 323 9898
>>>>> ________________________________
>>>>> From: Heloíse Pavanato <helopavanato em gmail.com>
>>>>> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>>>> Sent: Wednesday, June 12, 2013 9:45 PM
>>>>> Subject: [R-br] arquivo netcdf
>>>>>
>>>>> Olá,
>>>>> Tenho tentado abrir um arquivo netcdf mas sem êxito.
>>>>> Tentei com o pacote ncdf para abrir um arquivo através de um link
>>>>> OPeNDAP
>>>>> dataset <-
>>>>> open.ncdf('http://dap.marinexplore.org/dap/u/911215431c07/02841d66-d38e-11e2-8d83-22000a1c5967')
>>>>> e através do RNetCDF
>>>>> dataset <-
>>>>> open.nc('http://dap.marinexplore.org/dap/u/911215431c07/02841d66-d38e-11e2-8d83-22000a1c5967')
>>>>> e sempre dá o Error in open.ncdf trying to open file.....
>>>>>
>>>>> Estou trabalhando em ambiente Windows. Isso seria um problema?
>>>>> Alguém tem alguma dica para me dar?
>>>>>
>>>>> Grata,
>>>>> Heloise
>>>>>
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>>
>> --
>> =8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->=8-->
>>
>> Rodrigo Silvestre Martins, PhD
>> Bolsista FAPESP Pós-Doutorado
>>
>> Laboratório de Ecossistemas Pesqueiros (LabPesq)
>> Universidade de São Paulo, Instituto Oceanográfico
>> Praça do Oceanográfico, 191. Cidade Universitaria (sala 107-A/B)
>> Butantã - São Paulo/SP, Brasil
>> 05508-900
>> Tel: +55 11 3091 6549
>> Email: rodrigo.plei em gmail.com ; ocersm em lycos.com; rsmartins em usp.br
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>> CV Lattes: http://lattes.cnpq.br/5350064124902777
>>
>> Google Scholar:
>> http://scholar.google.com.br/citations?user=zX_EezEAAAAJ&hl=pt-BR
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