[R-br] Como produzir gráficos com diferente símbolos e cores in PCA?

[Jose Claudio Faria]

Jakson,

Seria bom você disponibilizar esse dados em algum site de
compartilhamento (Copy ou Dropbox) ou dar um dput(Pre_euro_veg.Pollen)
no R e postar aqui para que possa tentar te ajudar. Sem os dados teria
que simular algo...

Dê uma olhada no pacote bpca, ele pode te ajudar.

Ab,

2013/12/28 Jackson Rodrigues <jacksonmrodrigues em gmail.com>:
> Olá pessoal meu nome é Jackson Rodrigues e estou utilizando o pacote vegan
> para fazer análise multivariada, PCA 'Principal Component Analysis"para ser
> mais preciso.
>
> Direto ao ponto.
>
> Tenho um conjunto de dados polínicos com 54 linhas (representando os sites)
> e 145 colunas (representando os táxons).
> Eu quero plotar os 2 primeiros PC´s sendo de maneira que seja um grupo com
> 27 sites com um único símbolo e cores diferentes e os outro grupo com 27
> sites utilizando outro símbolo repetindo as mesmas cores anteriores.
>
> Alguém pode me indicar como fazê-lo.
>
> Estou usando o script abaixo, no entanto não sei como utilizar símbolos para
> cada grupo.
>
> Pre_euro_veg.Pollen<-read.csv("E:/Modern data/Vegetation changes/Veg chang
> 1/sem Pinus/pca test.csv", header=TRUE)#Apenas trees/shrubs e herbs
> rownames(Pre_euro_veg.Pollen) <- c("Conf",  "Pires",  "Silv",  "Capa",
> "SDO",  "SDB", "Ita", "Botu", "SCG", "Arac", "VoVe_1", "PoGd", "Misi",
> "SBV", "Ciama", "Tabu", "MDI", "CaPu", "Mate", "SJdA", "CDS", "Pint",
> "SMar", "RdCa", "SFA", "Sant", "StMon", "Conf1",  " Pires1", "Silv1", "
> Capa1", " SDO1", "  SDB1", "Ita1", "Botu1", "SCG1", "Arac1", "VoVe_11",
> "PoGd1", "Misi1", "SBV1", "Ciama1", "Tabu1", "MDI1", "CaPu1", "Mate1",
> "SJdA1", "CDS1", "Pint1", "SMar1", "RdCa1", "SFA1", "Sant1", "StMon1")
>
>
> colvec <- c("antiquewhite",  "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4",
> "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood",
> "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1",
> "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4",
> "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink",
> "navyblue",
>             "antiquewhite",  "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4",
> "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood",
> "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1",
> "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4",
> "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink",
> "navyblue")
>
> Pre_euro.colour.pca<-plot(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", type =
> "t")
> with(Veg_chng_clim, points(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", col =
> colvec[Sites], scaling = 2, pch = 21, bg = colvec[Sites]))
> head(with(Veg_chng_clim, colvec[Sites]))
> with(Veg_chng_clim, legend("bottomleft", legend = levels(Sites), bty = "o",
> col = colvec, pch = 21, pt.bg = colvec))
> title("PCA of All sites")
>
> Se não fui claro o suficiente, por favor pergunte.
>
> Obrigado.
>
> Jackson
>
> --
>
> Jackson M. Rodrigues
> Department of Palynology and Climate Dynamics
> Albrecht-von-Haller-Institute for Plant Sciences
> Georg-August-University Göttingen
> Untere Karspuele 2
> 37073 Göttingen/Germany
> Tel.:   0049 (0) 176 6133 1991
> Web: http://www.uni-goettingen.de/en/306700.html
>
>
>
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código
> mínimo reproduzível.



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Jose Claudio Faria
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