[R-br] Como produzir gráficos com diferente símbolos e cores in PCA?

Jackson Rodrigues jacksonmrodrigues em gmail.com
Sábado Dezembro 28 16:05:27 BRST 2013


Olá pessoal meu nome é Jackson Rodrigues e estou utilizando o pacote vegan
para fazer análise multivariada, PCA 'Principal Component Analysis"para ser
mais preciso.

Direto ao ponto.

Tenho um conjunto de dados polínicos com 54 linhas (representando os sites)
e 145 colunas (representando os táxons).
Eu quero plotar os 2 primeiros PC´s sendo de maneira que seja um grupo com
27 sites com um único símbolo e cores diferentes e os outro grupo com 27
sites utilizando outro símbolo repetindo as mesmas cores anteriores.

Alguém pode me indicar como fazê-lo.

Estou usando o script abaixo, no entanto não sei como utilizar símbolos
para cada grupo.

Pre_euro_veg.Pollen<-read.csv("E:/Modern data/Vegetation changes/Veg chang
1/sem Pinus/pca test.csv", header=TRUE)#Apenas trees/shrubs e herbs
rownames(Pre_euro_veg.Pollen) <- c("Conf",  "Pires",  "Silv",  "Capa",
 "SDO",  "SDB", "Ita", "Botu", "SCG", "Arac", "VoVe_1", "PoGd", "Misi",
"SBV", "Ciama", "Tabu", "MDI", "CaPu", "Mate", "SJdA", "CDS", "Pint",
"SMar", "RdCa", "SFA", "Sant", "StMon", "Conf1",  " Pires1", "Silv1", "
Capa1", " SDO1", "  SDB1", "Ita1", "Botu1", "SCG1", "Arac1", "VoVe_11",
"PoGd1", "Misi1", "SBV1", "Ciama1", "Tabu1", "MDI1", "CaPu1", "Mate1",
"SJdA1", "CDS1", "Pint1", "SMar1", "RdCa1", "SFA1", "Sant1", "StMon1")


colvec <- c("antiquewhite",  "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4",
"bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood",
"chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1",
"darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4",
"lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink",
"navyblue",
            "antiquewhite",  "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4",
"bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood",
"chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1",
"darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4",
"lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink",
"navyblue")

Pre_euro.colour.pca<-plot(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", type =
"t")
with(Veg_chng_clim, points(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", col =
colvec[Sites], scaling = 2, pch = 21, bg = colvec[Sites]))
head(with(Veg_chng_clim, colvec[Sites]))
with(Veg_chng_clim, legend("bottomleft", legend = levels(Sites), bty = "o",
col = colvec, pch = 21, pt.bg = colvec))
title("PCA of All sites")

Se não fui claro o suficiente, por favor pergunte.

Obrigado.

Jackson

-- 

Jackson M. Rodrigues
Department of Palynology and Climate Dynamics
Albrecht-von-Haller-Institute for Plant Sciences
Georg-August-University Göttingen
Untere Karspuele 2
37073 Göttingen/Germany
Tel.:   0049 (0) 176 6133 1991
Web: http://www.uni-goettingen.de/en/306700.html
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