[R-br] Como produzir gráficos com diferente símbolos e cores in PCA?

[Éder Comunello]

Jackson, bom dia!

A julgar pela organização dos rownames, tente alterar o argumento "pch=21"
por algo como "pch=c(rep(20,27),rep(21,27))". Para uma sugestão mais
precisa (ou exata :-) ) será necessário o dataset. Para alterar os símbolos
mude os valores 20 e 21.


Em sábado, 28 de dezembro de 2013, Jose Claudio Faria<
joseclaudio.faria em gmail.com> escreveu:
> Jakson,
>
> Seria bom você disponibilizar esse dados em algum site de
> compartilhamento (Copy ou Dropbox) ou dar um dput(Pre_euro_veg.Pollen)
> no R e postar aqui para que possa tentar te ajudar. Sem os dados teria
> que simular algo...
>
> Dê uma olhada no pacote bpca, ele pode te ajudar.
>
> Ab,
>
> 2013/12/28 Jackson Rodrigues <jacksonmrodrigues em gmail.com>:
>> Olá pessoal meu nome é Jackson Rodrigues e estou utilizando o pacote
vegan
>> para fazer análise multivariada, PCA 'Principal Component Analysis"para
ser
>> mais preciso.
>>
>> Direto ao ponto.
>>
>> Tenho um conjunto de dados polínicos com 54 linhas (representando os
sites)
>> e 145 colunas (representando os táxons).
>> Eu quero plotar os 2 primeiros PC´s sendo de maneira que seja um grupo
com
>> 27 sites com um único símbolo e cores diferentes e os outro grupo com 27
>> sites utilizando outro símbolo repetindo as mesmas cores anteriores.
>>
>> Alguém pode me indicar como fazê-lo.
>>
>> Estou usando o script abaixo, no entanto não sei como utilizar símbolos
para
>> cada grupo.
>>
>> Pre_euro_veg.Pollen<-read.csv("E:/Modern data/Vegetation changes/Veg
chang
>> 1/sem Pinus/pca test.csv", header=TRUE)#Apenas trees/shrubs e herbs
>> rownames(Pre_euro_veg.Pollen) <- c("Conf",  "Pires",  "Silv",  "Capa",
>> "SDO",  "SDB", "Ita", "Botu", "SCG", "Arac", "VoVe_1", "PoGd", "Misi",
>> "SBV", "Ciama", "Tabu", "MDI", "CaPu", "Mate", "SJdA", "CDS", "Pint",
>> "SMar", "RdCa", "SFA", "Sant", "StMon", "Conf1",  " Pires1", "Silv1", "
>> Capa1", " SDO1", "  SDB1", "Ita1", "Botu1", "SCG1", "Arac1", "VoVe_11",
>> "PoGd1", "Misi1", "SBV1", "Ciama1", "Tabu1", "MDI1", "CaPu1", "Mate1",
>> "SJdA1", "CDS1", "Pint1", "SMar1", "RdCa1", "SFA1", "Sant1", "StMon1")
>>
>>
>> colvec <- c("antiquewhite",  "antiquewhite4", "aquamarine",
"aquamarine4",
>> "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown",
"burlywood",
>> "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk",
"darkgoldenrod1",
>> "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4",
>> "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue",
"lightpink",
>> "navyblue",
>>             "antiquewhite",  "antiquewhite4", "aquamarine",
"aquamarine4",
>> "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown",
"burlywood",
>> "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk",
"darkgoldenrod1",
>> "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4",
>> "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue",
"lightpink",
>> "navyblue")
>>
>> Pre_euro.colour.pca<-plot(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites",
type =
>> "t")
>> with(Veg_chng_clim, points(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites",
col =
>> colvec[Sites], scaling = 2, pch = 21, bg = colvec[Sites]))
>> head(with(Veg_chng_clim, colvec[Sites]))
>> with(Veg_chng_clim, legend("bottomleft", legend = levels(Sites), bty =
"o",
>> col = colvec, pch = 21, pt.bg = colvec))
>> title("PCA of All sites")
>>
>> Se não fui claro o suficiente, por favor pergunte.
>>
>> Obrigado.
>>
>> Jackson
>>
>> --
>>
>> Jackson M. Rodrigues
>> Department of Palynology and Climate Dynamics
>> Albrecht-von-Haller-Institute for Plant Sciences
>> Georg-August-University Göttingen
>> Untere Karspuele 2
>> 37073 Göttingen/Germany
>> Tel.:   0049 (0) 176 6133 1991
>> Web: http://www.uni-goettingen.de/en/306700.html
>>
>>
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
código
>> mínimo reproduzível.
>
>
>
> --
> ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\
> Jose Claudio Faria
> Estatistica
> UESC/DCET/Brasil
> joseclaudio.faria at gmail.com
> Telefones:
> 55(73)3680.5545 - UESC
> 55(73)9100.7351 - TIM
> 55(73)8817.6159 - OI
> ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
código mínimo reproduzível.
>

-- 
Éder Comunello <c <comunello.eder em gmail.com>omunello.eder em gmail.com>
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20131229/c0025954/attachment.html>