[R-br] Transformação de dados no dataframe
fabrizzioconde em gmail.com
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Sexta Outubro 26 15:47:09 BRST 2012
Caro Augusto,
Na realidade, cada característica na tabela abaixo é um marcador genético e
estou analisando a variação desse marcador dentro da amostra de indivíduos.
Os números na terceira coluna da tabela abaixo são os alelos ( 0 = AA, 1 =
BB e 2 = AB). Os dados que tenham ESTão no formato abaixo:
Característica AIndivíduo 10
Característica BIndivíduo 11
Característica CIndivíduo 12
Característica AIndivíduo 22
Característica BIndivíduo 20
Característica CIndivíduo 21
Eu preciso mudar o posicionamento da tabela acima para o formato da tabela
abaixo: (para aplicar o modelo de regressão)
Característica ACaracterística BCaracterística C
Indivíduo 1012
Indivíduo 2201
Desta forma, a segunda tabela é de certa forma uma "transposição" da
primeira, mas não uma contagem do número de vezes que aparece o 0, 1 ou 2.
Preciso colocar as características nas colunas do dataframe, pois irei
aplicar uma regressão linear logística, sendo as características A, B e C as
variáveis explanatórias. Tenho os dados da variável dicotomica y em outro
arquivo como um vetor coluna.
Muito obrigado.
Abraços,
Fabrízzio
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From: r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br
Date: 10/26/12 14:43:29
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Digest R-br, volume 20, assunto 38
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1. Re: Coeficiente de Correlação Cofenética (T Branquinho)
2. Re: Transformação de dados no dataframe
(fabrizzioconde em gmail.com)
3. Re: Transformação de dados no dataframe (Augusto Ribas)
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Message: 1
Date: Fri, 26 Oct 2012 13:36:07 -0200
From: T Branquinho <tbranquinho1 em hotmail.com>
To: R <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Coeficiente de Correlação Cofenética
Message-ID: <BAY167-W1202591253BD2194857FEC6917E0 em phx.gbl>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Esse material pode lhe ajudarestá no pacote stat que já vem no R ao
instalá-lo.
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/cophenetic.html
Date: Fri, 26 Oct 2012 10:34:25 -0200
From: caetano.vidigal em gmail.com
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] Coeficiente de Correlação Cofenética
Bom dia,
alguém sabe se existe algum pacote no R que calcula o coeficiente de
correlação cofenética ao se fazer um agrupamento?Obrigado
--
Bruno C. Vidigal
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m?nimo reproduz?vel.
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Message: 2
Date: Fri, 26 Oct 2012 13:38:39 -0200 (Horário brasileiro de verão)
From: "fabrizzioconde em gmail.com" <fabrizzioconde em gmail.com>
To: <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe
Message-ID: <508AAE7F.000009.01192 em FABRIZZIO-PC>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Caro Augusto,
O comando table do R faz uma contagem em fatores, assim, esse comando não
solucionou o meu problema, pois o que preciso fazer é reposicionar os dados
na tabela abaixo:
Característica AIndivíduo 10
Característica BIndivíduo 11
Característica CIndivíduo 12
Característica AIndivíduo 22
Característica BIndivíduo 20
Característica CIndivíduo 21
Tentei usar o comando reshape com o seguinte código:
Wide <- reshape(dados, v.names = "col3", idvar = "col2", timevar = "col 1")
Mas esse comando está travando o R.
A tabela final que preciso é:
Característica ACaracterística BCaracterística C
Indivíduo 1012
Indivíduo 2201
Li o help do comando table, mas não consegui adaptá-lo para resolver esse
problema.
Será que terei que implementar uma função para realizar essa tarefa?
Abraços e muito obrigado pela ajuda e pela paciencia.
Fabrízzio Condé de Oliveira
-------Original Message-------
From: r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br
Date: 10/24/12 12:00:14
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Digest R-br, volume 20, assunto 30
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Tópicos de Hoje:
1. Re: Transformação de dados no dataframe (Augusto Ribas)
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Message: 1
Date: Wed, 24 Oct 2012 09:50:12 -0300
From: Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe
Message-ID:
<CACMkfRyM6o+=mvtJ7GuQXn2xMiNYgGdo1Za0m0erZ6aw6Xc09g em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="windows-1252"
Vamos supor um exemplo de dados:
#dados de exemplo
dados<-data.frame(col1=round(runif(20,1,4)),col2=sample(c("A","B"),20
replace=T),col3=sample(c("A","B"),20,replace=T))
dados
#primeiro com o comando paste, vamos juntar a coluna 2 com a 3, criando os
AA AB e BB
dados$col4<-factor(paste(dados$col2,dados$col3,sep=""))
#Depois como os walmes nos ensinou aqui na lista, a gente usa o match()
#para recodificar nos valores que queremos, no caso como vc falou
levels(dados$col4)
recod<-c(0,1,1,2)
dados$col5<-recod[match(dados$col4,levels(dados$col4))]
dados
#agora que vc te todos os ingredientes, é so usar o comando table() para
fazer essa tabela
#eu fiz um exemplo de tabela com a coluna 5 e a coluna 5, mas pelo que vi
vc quer a coluna
#5 e os nomes das linhas, rownames(sua planilha), entao use os nomes da
linha na tabela
table(dados$col5,dados$col4)
Espero que ajude.
Abraços
Em 24 de outubro de 2012 09:16, fabrizzioconde em gmail.com <
fabrizzioconde em gmail.com> escreveu:
> Bom dia,
>
> Existe algum script que faça o seguinte:
>
> 1) Cria uma quinta coluna na matriz abaixo baseada na terceira e na quarta
> coluna DA seguinte forma: AA = 0, BB = 1 e AB = 2.
>
> AA1 1 A B AA2 1 A A AA3 1 B B AA4 1 B B AA1 2 A A AA2 2 A B AA3 2 A B
> AA4 2 A A AA1 3 B B AA2 3 B B AA3 3 A A AA4 3 A A AA1 4 B B AA2 4 A B AA3
> 4 A A AA4 4 A B
>
> Assim, a matriz se transformaria em:
>
> AA1 1 A B 2 AA2 1 A A 0 AA3 1 B B 1 AA4 1 B B 1 AA1 2 A A 0 AA2 2 A B 2
> AA3 2 A B 2 AA4 2 A A 0 AA1 3 B B 1 AA2 3 B B 1 AA3 3 A A 0 AA4 3 A A 0
> AA1 4 B B 1 AA2 4 A B 2 AA3 4 A A 1 AA4 4 A B 2
>
> 2) Após esse passo, tenho que eliminar as colunas 3 e 4 DA matriz acima
> (talvez em um novo dataframe) e redimensioná-la para o seguinte formato:
>
> AA1 AA2 AA3 AA4 1 2 0 1 1 2 0 2 2 0 3 1 1 0 0 4 1 2 1 2
>
> Ao final, preciso que cada coluna DA matriz acima seja encarada pelo R
> como uma variável (AA1, AA2, AA3, AA4), pois irei aplicar o pacote de
> regressão logística penalizada stepPlr e considerar essas variáveis
> preditoras.
>
> Muito obrigado.
> Fabrízzio
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
--
Grato
Augusto C. A. Ribas
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Message: 3
Date: Fri, 26 Oct 2012 13:43:13 -0300
From: Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe
Message-ID:
<CACMkfRxYhrSakx+OjZeB-_Drp44H=MpuYsnKRa-OaF8C5ZaDyA em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="windows-1252"
Eu não entendi perfeitamente o que é o que, desculpe.
Vc não consegue fazer um exemplo de dados semelhante ao que eu fiz, e
colocar o nome das colunas o que é Caracteristica e o que é Individuo?
Em 26 de outubro de 2012 12:38, fabrizzioconde em gmail.com <
fabrizzioconde em gmail.com> escreveu:
>
> Caro Augusto,
>
> O comando *table* do R faz uma contagem em fatores, assim, esse comando
> não solucionou o meu problema, pois o que preciso fazer é reposicionar os
> dados na tabela abaixo:
>
>
> Característica A******
>
> Indivíduo 1****
>
> 0****
>
> Característica B****
>
> Indivíduo 1****
>
> 1****
>
> Característica C****
>
> Indivíduo 1****
>
> 2****
>
> Característica A****
>
> Indivíduo 2****
>
> 2****
>
> Característica B****
>
> Indivíduo 2****
>
> 0****
>
> Característica C****
>
> Indivíduo 2****
>
> 1****
>
> Tentei usar o comando *reshape* com o seguinte código:
>
> Wide <- reshape(dados, v.names = "col3", idvar = "col2", timevar = "col 1
)
>
> Mas esse comando está travando o R.
>
> A tabela final que preciso é:
>
>
> ** **
>
> Característica A****
>
> Característica B****
>
> Característica C****
>
> Indivíduo 1****
>
> 0****
>
> 1****
>
> 2****
>
> Indivíduo 2****
>
> 2****
>
> 0****
>
> 1****
>
> Li o help do comando table, mas não consegui adaptá-lo para resolver esse
> problema.
>
> Será que terei que implementar uma função para realizar essa tarefa?
>
> Abraços e muito obrigado pela ajuda e pela paciencia.
>
> Fabrízzio Condé de Oliveira
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> 1. Re: Transformação de dados no dataframe (Augusto Ribas)
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> Message: 1
> Date: Wed, 24 Oct 2012 09:50:12 -0300
> From: Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>
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> Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe
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>
> Vamos supor um exemplo de dados:
>
> #dados de exemplo
>
> dados<-data.frame(col1=round(runif(20,1,4)),col2=sample(c("A","B"),20
replace=T),col3=sample(c("A","B"),20,replace=T))
> dados
>
>
> #primeiro com o comando paste, vamos juntar a coluna 2 com a 3, criando os
> AA AB e BB
> dados$col4<-factor(paste(dados$col2,dados$col3,sep=""))
>
> #Depois como os walmes nos ensinou aqui na lista, a gente usa o match()
> #para recodificar nos valores que queremos, no caso como vc falou
>
> levels(dados$col4)
> recod<-c(0,1,1,2)
> dados$col5<-recod[match(dados$col4,levels(dados$col4))]
> dados
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> #agora que vc te todos os ingredientes, é so usar o comando table() para
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> #eu fiz um exemplo de tabela com a coluna 5 e a coluna 5, mas pelo que vi
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> Abraços
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> Em 24 de outubro de 2012 09:16, fabrizzioconde em gmail.com <
> fabrizzioconde em gmail.com> escreveu:
>
> > Bom dia,
> >
> > Existe algum script que faça o seguinte:
> >
> > 1) Cria uma quinta coluna na matriz abaixo baseada na terceira e na
> quarta
> > coluna DA seguinte forma: AA = 0, BB = 1 e AB = 2.
> >
> > AA1 1 A B AA2 1 A A AA3 1 B B AA4 1 B B AA1 2 A A AA2 2 A B AA3 2 A B
> > AA4 2 A A AA1 3 B B AA2 3 B B AA3 3 A A AA4 3 A A AA1 4 B B AA2 4 A B
AA3
> > 4 A A AA4 4 A B
> >
> > Assim, a matriz se transformaria em:
> >
> > AA1 1 A B 2 AA2 1 A A 0 AA3 1 B B 1 AA4 1 B B 1 AA1 2 A A 0 AA2 2 A B
> 2
> > AA3 2 A B 2 AA4 2 A A 0 AA1 3 B B 1 AA2 3 B B 1 AA3 3 A A 0 AA4 3 A A 0
> > AA1 4 B B 1 AA2 4 A B 2 AA3 4 A A 1 AA4 4 A B 2
> >
> > 2) Após esse passo, tenho que eliminar as colunas 3 e 4 DA matriz acima
> > (talvez em um novo dataframe) e redimensioná-la para o seguinte formato:
> >
> > AA1 AA2 AA3 AA4 1 2 0 1 1 2 0 2 2 0 3 1 1 0 0 4 1 2 1 2
> >
> > Ao final, preciso que cada coluna DA matriz acima seja encarada pelo R
> > como uma variável (AA1, AA2, AA3, AA4), pois irei aplicar o pacote de
> > regressão logística penalizada stepPlr e considerar essas variáveis
> > preditoras.
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> > Muito obrigado.
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