[R-br] Transformação de dados no dataframe
Rodrigo Coster
rcoster em gmail.com
Sexta Outubro 26 16:16:18 BRST 2012
Tenta com o reshape()
> dados
V1 V2 V3
1 Característica A Indivíduo 1 0
2 Característica B Indivíduo 1 1
3 Característica C Indivíduo 1 2
4 Característica A Indivíduo 2 2
5 Característica B Indivíduo 2 0
6 Característica C Indivíduo 2 1
> reshape(dados, idvar='V2', timevar='V1',direction='wide')
V2 V3.Característica A V3.Característica B V3.Característica C
1 Indivíduo 1 0 1 2
4 Indivíduo 2 2 0 1
[]'s
2012/10/26 fabrizzioconde em gmail.com <fabrizzioconde em gmail.com>
> Caro Augusto,
>
>
> Na realidade, cada característica na tabela abaixo é um marcador genético
> e estou analisando a variação desse marcador dentro da amostra de
> indivíduos. Os números na terceira coluna da tabela abaixo são os alelos (
> 0 = AA, 1 = BB e 2 = AB). Os dados que tenham ESTão no formato abaixo:
>
>
> Característica A******
>
> Indivíduo 1****
>
> 0****
>
> Característica B****
>
> Indivíduo 1****
>
> 1****
>
> Característica C****
>
> Indivíduo 1****
>
> 2****
>
> Característica A****
>
> Indivíduo 2****
>
> 2****
>
> Característica B****
>
> Indivíduo 2****
>
> 0****
>
> Característica C****
>
> Indivíduo 2****
>
> 1****
>
> Eu preciso mudar o posicionamento da tabela acima para o formato da tabela
> abaixo: (para aplicar o modelo de regressão)
>
>
> ** **
>
> Característica A****
>
> Característica B****
>
> Característica C****
>
> Indivíduo 1****
>
> 0****
>
> 1****
>
> 2****
>
> Indivíduo 2****
>
> 2****
>
> 0****
>
> 1****
>
>
> Desta forma, a segunda tabela é de certa forma uma "transposição" da
> primeira, mas não uma contagem do número de vezes que aparece o 0, 1 ou 2.
>
> Preciso colocar as características nas colunas do dataframe, pois irei
> aplicar uma regressão linear logística, sendo as características A, B e C
> as variáveis explanatórias. Tenho os dados da variável dicotomica y em
> outro arquivo como um vetor coluna.
>
> Muito obrigado.
>
> Abraços,
> Fabrízzio
>
>
>
>
>
>
>
> *-------Original Message-------*
>
> *From:* r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br
> *Date:* 10/26/12 14:43:29
> *To:* r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> *Subject:* Digest R-br, volume 20, assunto 38
>
> Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
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> corpo da mensagem para
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>
> Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo
> endereço
> r-br-owner em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
> mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
>
>
> Tópicos de Hoje:
>
> 1. Re: Coeficiente de Correlação Cofenética (T Branquinho)
> 2. Re: Transformação de dados no dataframe
> (fabrizzioconde em gmail.com)
> 3. Re: Transformação de dados no dataframe (Augusto Ribas)
>
>
> ----------------------------------------------------------------------
>
> Message: 1
> Date: Fri, 26 Oct 2012 13:36:07 -0200
> From: T Branquinho <tbranquinho1 em hotmail.com>
> To: R <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Coeficiente de Correlação Cofenética
> Message-ID: <BAY167-W1202591253BD2194857FEC6917E0 em phx.gbl>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
>
> Esse material pode lhe ajudarestá no pacote stat que já vem no R ao
> instalá-lo.
> http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/cophenetic.html
>
> Date: Fri, 26 Oct 2012 10:34:25 -0200
> From: caetano.vidigal em gmail.com
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: [R-br] Coeficiente de Correlação Cofenética
>
> Bom dia,
> alguém sabe se existe algum pacote no R que calcula o coeficiente de
> correlação cofenética ao se fazer um agrupamento?Obrigado
> --
> Bruno C. Vidigal
>
>
>
>
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> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne?a
> c?digo m?nimo reproduz?vel.
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20121026/ecdb53b6/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 2
> Date: Fri, 26 Oct 2012 13:38:39 -0200 (Horário brasileiro de verão)
> From: "fabrizzioconde em gmail.com" <fabrizzioconde em gmail.com>
> To: <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe
> Message-ID: <508AAE7F.000009.01192 em FABRIZZIO-PC>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
>
> Caro Augusto,
>
> O comando table do R faz uma contagem em fatores, assim, esse comando não
> solucionou o meu problema, pois o que preciso fazer é reposicionar os dados
> na tabela abaixo:
>
> Característica AIndivíduo 10
> Característica BIndivíduo 11
> Característica CIndivíduo 12
> Característica AIndivíduo 22
> Característica BIndivíduo 20
> Característica CIndivíduo 21
>
>
> Tentei usar o comando reshape com o seguinte código:
>
> Wide <- reshape(dados, v.names = "col3", idvar = "col2", timevar = "col 1")
>
> Mas esse comando está travando o R.
>
> A tabela final que preciso é:
>
> Característica ACaracterística BCaracterística C
> Indivíduo 1012
> Indivíduo 2201
>
>
> Li o help do comando table, mas não consegui adaptá-lo para resolver esse
> problema.
>
> Será que terei que implementar uma função para realizar essa tarefa?
>
> Abraços e muito obrigado pela ajuda e pela paciencia.
>
> Fabrízzio Condé de Oliveira
>
> -------Original Message-------
>
> From: r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br
> Date: 10/24/12 12:00:14
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Digest R-br, volume 20, assunto 30
>
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> Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
> mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
>
>
> Tópicos de Hoje:
>
> 1. Re: Transformação de dados no dataframe (Augusto Ribas)
>
>
> ----------------------------------------------------------------------
>
> Message: 1
> Date: Wed, 24 Oct 2012 09:50:12 -0300
> From: Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe
> Message-ID:
> <CACMkfRyM6o+=mvtJ7GuQXn2xMiNYgGdo1Za0m0erZ6aw6Xc09g em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="windows-1252"
>
> Vamos supor um exemplo de dados:
>
> #dados de exemplo
> dados<-data.frame(col1=round(runif(20,1,4)),col2=sample(c("A","B"),20
> replace=T),col3=sample(c("A","B"),20,replace=T))
> dados
>
>
> #primeiro com o comando paste, vamos juntar a coluna 2 com a 3, criando os
> AA AB e BB
> dados$col4<-factor(paste(dados$col2,dados$col3,sep=""))
>
> #Depois como os walmes nos ensinou aqui na lista, a gente usa o match()
> #para recodificar nos valores que queremos, no caso como vc falou
>
> levels(dados$col4)
> recod<-c(0,1,1,2)
> dados$col5<-recod[match(dados$col4,levels(dados$col4))]
> dados
>
>
> #agora que vc te todos os ingredientes, é so usar o comando table() para
> fazer essa tabela
> #eu fiz um exemplo de tabela com a coluna 5 e a coluna 5, mas pelo que vi
> vc quer a coluna
> #5 e os nomes das linhas, rownames(sua planilha), entao use os nomes da
> linha na tabela
> table(dados$col5,dados$col4)
>
> Espero que ajude.
> Abraços
>
> Em 24 de outubro de 2012 09:16, fabrizzioconde em gmail.com <
> fabrizzioconde em gmail.com> escreveu:
>
> > Bom dia,
> >
> > Existe algum script que faça o seguinte:
> >
> > 1) Cria uma quinta coluna na matriz abaixo baseada na terceira e na
> quarta
> > coluna DA seguinte forma: AA = 0, BB = 1 e AB = 2.
> >
> > AA1 1 A B AA2 1 A A AA3 1 B B AA4 1 B B AA1 2 A A AA2 2 A B AA3 2 A B
> > AA4 2 A A AA1 3 B B AA2 3 B B AA3 3 A A AA4 3 A A AA1 4 B B AA2 4 A B AA3
> > 4 A A AA4 4 A B
> >
> > Assim, a matriz se transformaria em:
> >
> > AA1 1 A B 2 AA2 1 A A 0 AA3 1 B B 1 AA4 1 B B 1 AA1 2 A A 0 AA2 2 A B
> 2
> > AA3 2 A B 2 AA4 2 A A 0 AA1 3 B B 1 AA2 3 B B 1 AA3 3 A A 0 AA4 3 A A 0
> > AA1 4 B B 1 AA2 4 A B 2 AA3 4 A A 1 AA4 4 A B 2
> >
> > 2) Após esse passo, tenho que eliminar as colunas 3 e 4 DA matriz acima
> > (talvez em um novo dataframe) e redimensioná-la para o seguinte formato:
> >
> > AA1 AA2 AA3 AA4 1 2 0 1 1 2 0 2 2 0 3 1 1 0 0 4 1 2 1 2
> >
> > Ao final, preciso que cada coluna DA matriz acima seja encarada pelo R
> > como uma variável (AA1, AA2, AA3, AA4), pois irei aplicar o pacote de
> > regressão logística penalizada stepPlr e considerar essas variáveis
> > preditoras.
> >
> > Muito obrigado.
> > Fabrízzio
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> >
> > _______________________________________________
> > R-br mailing list
> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> > código mínimo reproduzível.
> >
>
>
>
> --
> Grato
> Augusto C. A. Ribas
>
> Site Pessoal: http://augustoribas.heliohost.org
> Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <http://listas.inf.ufpr
> br/pipermail/r-br/attachments/20121024/96f8c562/attachment-0001.html>
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo não-texto foi limpo...
> Nome: xmas_girl_en.gif
> Tipo: image/gif
> Tamanho: 61041 bytes
> Descrição: não disponível
> URL: <http://listas.inf.ufpr
> br/pipermail/r-br/attachments/20121024/96f8c562/attachment-0001.gif>
>
> ------------------------------
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> *****************************************
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
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> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 3
> Date: Fri, 26 Oct 2012 13:43:13 -0300
> From: Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe
> Message-ID:
> <CACMkfRxYhrSakx+OjZeB-_Drp44H=MpuYsnKRa-OaF8C5ZaDyA em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="windows-1252"
>
> Eu não entendi perfeitamente o que é o que, desculpe.
> Vc não consegue fazer um exemplo de dados semelhante ao que eu fiz, e
> colocar o nome das colunas o que é Caracteristica e o que é Individuo?
>
> Em 26 de outubro de 2012 12:38, fabrizzioconde em gmail.com <
> fabrizzioconde em gmail.com> escreveu:
>
> >
> > Caro Augusto,
> >
> > O comando *table* do R faz uma contagem em fatores, assim, esse comando
> > não solucionou o meu problema, pois o que preciso fazer é reposicionar os
> > dados na tabela abaixo:
> >
> >
> > Característica A******
> >
> > Indivíduo 1****
> >
> > 0****
> >
> > Característica B****
> >
> > Indivíduo 1****
> >
> > 1****
> >
> > Característica C****
> >
> > Indivíduo 1****
> >
> > 2****
> >
> > Característica A****
> >
> > Indivíduo 2****
> >
> > 2****
> >
> > Característica B****
> >
> > Indivíduo 2****
> >
> > 0****
> >
> > Característica C****
> >
> > Indivíduo 2****
> >
> > 1****
> >
> > Tentei usar o comando *reshape* com o seguinte código:
> >
> > Wide <- reshape(dados, v.names = "col3", idvar = "col2", timevar = "col
> 1")
> >
> > Mas esse comando está travando o R.
> >
> > A tabela final que preciso é:
> >
> >
> > ** **
> >
> > Característica A****
> >
> > Característica B****
> >
> > Característica C****
> >
> > Indivíduo 1****
> >
> > 0****
> >
> > 1****
> >
> > 2****
> >
> > Indivíduo 2****
> >
> > 2****
> >
> > 0****
> >
> > 1****
> >
> > Li o help do comando table, mas não consegui adaptá-lo para resolver esse
> > problema.
> >
> > Será que terei que implementar uma função para realizar essa tarefa?
> >
> > Abraços e muito obrigado pela ajuda e pela paciencia.
> >
> > Fabrízzio Condé de Oliveira
> >
> > *-------Original Message-------*
> >
> > *From:* r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br
> > *Date:* 10/24/12 12:00:14
> > *To:* r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> > *Subject:* Digest R-br, volume 20, assunto 30
> >
> > Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
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> > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
> > mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
> >
> >
> > Tópicos de Hoje:
> >
> > 1. Re: Transformação de dados no dataframe (Augusto Ribas)
> >
> >
> > ----------------------------------------------------------------------
> >
> > Message: 1
> > Date: Wed, 24 Oct 2012 09:50:12 -0300
> > From: Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>
> > To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> > Subject: Re: [R-br] Transformação de dados no dataframe
> > Message-ID:
> > <CACMkfRyM6o+=mvtJ7GuQXn2xMiNYgGdo1Za0m0erZ6aw6Xc09g em mail.gmail.com>
> > Content-Type: text/plain; charset="windows-1252"
> >
> > Vamos supor um exemplo de dados:
> >
> > #dados de exemplo
> >
> >
> dados<-data.frame(col1=round(runif(20,1,4)),col2=sample(c("A","B"),20,replace=T),col3=sample(c("A","B"),20,replace=T))
> > dados
> >
> >
> > #primeiro com o comando paste, vamos juntar a coluna 2 com a 3, criando
> os
> > AA AB e BB
> > dados$col4<-factor(paste(dados$col2,dados$col3,sep=""))
> >
> > #Depois como os walmes nos ensinou aqui na lista, a gente usa o match()
> > #para recodificar nos valores que queremos, no caso como vc falou
> >
> > levels(dados$col4)
> > recod<-c(0,1,1,2)
> > dados$col5<-recod[match(dados$col4,levels(dados$col4))]
> > dados
> >
> >
> > #agora que vc te todos os ingredientes, é so usar o comando table() para
> > fazer essa tabela
> > #eu fiz um exemplo de tabela com a coluna 5 e a coluna 5, mas pelo que vi
> > vc quer a coluna
> > #5 e os nomes das linhas, rownames(sua planilha), entao use os nomes da
> > linha na tabela
> > table(dados$col5,dados$col4)
> >
> > Espero que ajude.
> > Abraços
> >
> > Em 24 de outubro de 2012 09:16, fabrizzioconde em gmail.com <
> > fabrizzioconde em gmail.com> escreveu:
> >
> > > Bom dia,
> > >
> > > Existe algum script que faça o seguinte:
> > >
> > > 1) Cria uma quinta coluna na matriz abaixo baseada na terceira e na
> > quarta
> > > coluna DA seguinte forma: AA = 0, BB = 1 e AB = 2.
> > >
> > > AA1 1 A B AA2 1 A A AA3 1 B B AA4 1 B B AA1 2 A A AA2 2 A B AA3 2 A
> B
> > > AA4 2 A A AA1 3 B B AA2 3 B B AA3 3 A A AA4 3 A A AA1 4 B B AA2 4 A B
> AA3
> > > 4 A A AA4 4 A B
> > >
> > > Assim, a matriz se transformaria em:
> > >
> > > AA1 1 A B 2 AA2 1 A A 0 AA3 1 B B 1 AA4 1 B B 1 AA1 2 A A 0 AA2 2 A
> B
> > 2
> > > AA3 2 A B 2 AA4 2 A A 0 AA1 3 B B 1 AA2 3 B B 1 AA3 3 A A 0 AA4 3 A A 0
> > > AA1 4 B B 1 AA2 4 A B 2 AA3 4 A A 1 AA4 4 A B 2
> > >
> > > 2) Após esse passo, tenho que eliminar as colunas 3 e 4 DA matriz acima
> > > (talvez em um novo dataframe) e redimensioná-la para o seguinte
> formato:
> > >
> > > AA1 AA2 AA3 AA4 1 2 0 1 1 2 0 2 2 0 3 1 1 0 0 4 1 2 1 2
> > >
> > > Ao final, preciso que cada coluna DA matriz acima seja encarada pelo R
> > > como uma variável (AA1, AA2, AA3, AA4), pois irei aplicar o pacote de
> > > regressão logística penalizada stepPlr e considerar essas variáveis
> > > preditoras.
> > >
> > > Muito obrigado.
> > > Fabrízzio
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> > >
> >
> >
> >
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> > Grato
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