[R-br] Ajuda para criar um grafico
Humberto
hghazin em hotmail.com
Quinta Outubro 25 23:15:47 BRST 2012
Leonard mais uma vez agradeço a grande ajuda
humberto
Em 10/25/2012 10:42 PM, Leonard de Assis escreveu:
> Só corrigindo
>
> comando forestplot não existe, eu só peguei esta função (nomeada pelo
> rapaz que postou a dica) e colei.
>
> O correto seria falar que utiliza ggplot para desenhar o gráfico.
>
> A sorte do Humberto é que como eu estou estudando a fundo ggplot,
> assinei a lista deles para aprender um pouco e coincidentemente houve
> este exemplo e eu o tinha implementado em meus arquivos, pois atende a
> um objetivo que tenho no momento.
>
> []s
> Leonard de Assis
> assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com
> Em 25/10/2012 22:16, Humberto escreveu:
>> Olá Andre
>>
>> foi dado duas formas de se fazer: uma usando o forestplot e outra uma
>> correção do código que coloquei, segue as duas.
>> Um abraço
>> Humberto
>>
>> 1- Codigo corrigido
>> par(mar=c(2, 8, 0, 0))
>> y.axis <- c(length(tableMat1a$or):1)
>> plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab =
>> "", pch = 19, cex = 1.2,xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "")
>> segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5)
>> axis(1,at=seq(0,1.2,by=0.1),labels = T,tick =T,cex.axis = 1.2,mgp =
>> c(2,.7,0))
>> axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F,
>> mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2)
>> segments(1,1,1,30,lty=1)
>>
>> 2-Forestplot
>>
>> # d is a data frame with 4 columns
>> # d$x gives variable names
>> # d$y gives center point
>> # d$ylo gives lower limits
>> # d$yhi gives upper limits
>> forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){
>> require(ggplot2)
>> p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) +
>> geom_pointrange() +
>> coord_flip() +
>> geom_hline(aes(x=0), lty=2) +
>> ylab(xlab) +
>> xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above
>> return(p)
>> }
>>
>> # Create some dummy data.
>> d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]),
>> y = rnorm(10, .05, 0.1))
>> d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10)
>>
>> my_theme <-
>> theme(
>> legend.position = "bottom",
>> plot.title = element_text(size = rel(1.5)),
>> panel.background =
>> element_rect(fill = "white"),
>> panel.border =
>> element_rect(colour = "black", fill="transparent",
>> linetype="solid"),
>> panel.grid.major =
>> element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"),
>> panel.grid.minor =
>> element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted")
>> )
>>
>> forestplot(d) + my_theme
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> Em 10/25/2012 9:34 PM, andrebvs escreveu:
>>> E aí Humberto, como ficou o comando finalizado para resolver seu
>>> problema? Porque, acabou que alguns colegas te ajudaram aqui,
>>> ficando um pouco espalhado as informações, então, copia e cola aqui
>>> o resultado final da rotina!
>>>
>>> /Att./
>>> /André/
>>> ------------------------------------------------------------------------
>>> Em 25/10/2012 17:28, *Humberto < hghazin em hotmail.com >* escreveu:
>>> Obrigado Heloisa Problema resolvido
>>>
>>> abr
>>>
>>> Humberto
>>>
>>> Em 10/25/2012 5:03 PM, Heloíse Pavanato escreveu:
>>>
>>> Desculpe...
>>> É no próprio plot.
>>>
>>> plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab
>>> = "", pch = 19, cex = 1.2,
>>> xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "", xaxt='n')
>>>
>>> Em 25 de outubro de 2012 16:57, Humberto <hghazin em hotmail.com
>>> <mailto:hghazin em hotmail.com>> escreveu:
>>>
>>> Leonard,
>>>
>>> Muito obrigado pela ajuda mais uma vez!
>>>
>>> Abr
>>>
>>> Humberto
>>>
>>>
>>> Em 10/25/2012 2:57 PM, Leonard de Assis escreveu:
>>>
>>> quanto ao fundo cinza:
>>>
>>> my_theme <-
>>> theme(
>>> legend.position = "bottom",
>>> plot.title = element_text(size = rel(1.5)),
>>> panel.background =
>>> element_rect(fill = "white"),
>>> panel.border =
>>> element_rect(colour = "black", fill="transparent",
>>> linetype="solid"),
>>> panel.grid.major =
>>> element_line(colour = "darkgrey", linetype =
>>> "dashed"),
>>> panel.grid.minor =
>>> element_line(colour = "dark grey", linetype =
>>> "dotted")
>>> )
>>>
>>> forestplot(d) + my_theme
>>>
>>> este my_theme é um tema que eu utilizo em meus gráficos.
>>> Basta alterar nos locais certos
>>>
>>> quanto ao posicionamento da linha vertical, substitua
>>> 'aes(x=0)' por 'aes(x=1)'
>>>
>>>
>>> []s
>>> Leonard de Assis
>>> assis leonard gmail com
>>>
>>> Em 25/10/2012 13:18, Humberto escreveu:
>>>
>>> Olá Andre, Ivan e Leonard
>>>
>>> Muito obrigado pela ajuda! eu consegui dessa forma
>>> aqui! Porém no eixo dos x esta aperecendo numeros
>>> que se sobrepostos aos nomes das espécies que não
>>> estou conseguindo retirar. Alguem poderia me ajudar
>>> nesse sentido!
>>>
>>> Gostei dessa alternativa do forestplot. Como faço
>>> para retirar esse background (cinza) do forestplot e
>>> adicionar a linha vertical no 1?
>>>
>>> E mais uma vez obrigado a todos pela ajuda
>>>
>>> tableMat1a é a tabela abaixo
>>>
>>> Specie lci or uci
>>> 1 Bigeye tuna 0.0952 0.1293 0.176
>>> 2 Yellowfin tuna 0.0916 0.1255 0.172
>>> 3 Albacore 0.0913 0.1562 0.267
>>> 4 Swordfish 0.1311 0.1565 0.187
>>> 5 Sailfish 0.0368 0.0923 0.231
>>> 6 White marlim 0.1300 0.2161 0.359
>>> 7 Blue marlim 0.0738 0.1471 0.293
>>> 8 Blue shark 0.1303 0.1653 0.210
>>> 9 Crocodile shark 0.1123 0.1792 0.286
>>> 10 Pelagic stingray 0.1074 0.2052 0.392
>>> 11 Turtle oliva 0.1275 0.3802 1.134
>>> 12 Oceanic whitetip shark 0.1658 0.3788 0.866
>>>
>>>
>>>
>>> par(mar=c(2, 8, 0, 0))
>>> y.axis plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes =
>>> F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2,
>>> xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "")
>>> segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci,
>>> y.axis, lwd = 1.5)
>>> axis(1, at = seq(0,1.2,by=0.2), labels = NA, tick = T,
>>> cex.axis = 1.2, mgp = c(2,.7,0))
>>> axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las
>>> = 1, tick = F, ,mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2)
>>> segments(1,1,1,30,lty=1)
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> Em 10/25/2012 12:09 AM, Leonard de Assis escreveu:
>>>
>>> Andre,
>>>
>>> vi a pouco na lista do ggplot2 um script que
>>> pode ser o que voce procura.
>>>
>>> # d is a data frame with 4 columns
>>> # d$x gives variable names
>>> # d$y gives center point
>>> # d$ylo gives lower limits
>>> # d$yhi gives upper limits
>>> forestplot require(ggplot2)
>>> p geom_pointrange() +
>>> coord_flip() +
>>> geom_hline(aes(x=0), lty=2) +
>>> ylab(xlab) +
>>> xlab(ylab) #switch because of the
>>> coord_flip() above
>>> return(p)
>>> }
>>>
>>> # Create some dummy data.
>>> d y = rnorm(10, .05, 0.1))
>>> d
>>> forestplot(d)
>>>
>>> []s
>>> Leonard de Assis
>>> assis leonard gmail com
>>>
>>> Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:
>>>
>>> Olá Humberto!
>>> Eu até começei a fazer o que estava
>>> querendo, porém, não consegui implementar os
>>> intervalos de confianças com as respectivas
>>> médias. Segue um script abaixo até onde
>>> cheguei, se alguém puder continuar e sanar
>>> sua dúvida, seria uma grande ajuda!
>>>
>>> library(fields)
>>> plot(xlim=c(0,1.8),5:10,
>>> bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative
>>> catchability",ylab="")
>>> x y u v
>>> axis(1,lwd=2,at = x,labels = formatC(x,
>>> format="fg"))
>>> abline(v = 1, col = "black",lty=1,lwd=2)
>>> arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4,
>>> length=.2, col='black', lwd=2)
>>> arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5,
>>> length=.2, col='black', lwd=2)
>>>
>>> text(0,7,"Bigeye\nYellowfin
>>> tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite
>>> marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile
>>> shark\nPelagic stingray\nTurtle
>>> oliva\nOceanic whitetip shark",cex =
>>> 0.8,adj=c(0,0))
>>>
>>> text(1.1,5,"Species\nBigeye tuna\nYellowfin
>>> tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite
>>> marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile
>>> shark\nPelagic stingray\nTurtle
>>> oliva\nOceanic whitetip shark",cex =
>>> 0.8,adj=c(0,0))
>>>
>>> /Att./
>>> /André Barbosa Ventura da Silva/
>>> ------------------------------------------------------------------------
>>> Em 24/10/2012 20:38, *Ivan Bezerra Allaman <
>>> ivanalaman em yahoo.com.br
>>> <mailto:ivanalaman em yahoo.com.br> >* escreveu:
>>> Utilize as funções plot, segments e par para
>>> obter êxito! O link abaixo será útil também.
>>> http://gallery.r-enthusiasts.com/
>>> (S,f,P)
>>> Allaman
>>> **
>>> \begin{signature}
>>> <<>>=
>>> Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman
>>> Universidade Estadual de Santa Cruz
>>> Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas
>>> Ilhéus/BA - Brasil
>>> Fone: +55 73 3680-5596
>>> <tel:%2B55%2073%203680-5596>
>>> E-mail:
>>> ivanalaman em yahoo.com.br/ivanalaman em gmail.com
>>> <mailto:ivanalaman em yahoo.com.br/ivanalaman em gmail.com>
>>> @
>>> \end{signature}
>>>
>>>
>>> _______________________________________________
>>> R-br mailing list
>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br em listas.c3sl.ufpr.br>
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>>>
>>>
>>>
>>>
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>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
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>>>
>>>
>>>
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>>>
>>>
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>>> forneça código mínimo reproduzível.
>>>
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