[R-br] Ajuda para criar um grafico
Leonard de Assis
assis.leonard em gmail.com
Quinta Outubro 25 22:42:21 BRST 2012
Só corrigindo
comando forestplot não existe, eu só peguei esta função (nomeada pelo
rapaz que postou a dica) e colei.
O correto seria falar que utiliza ggplot para desenhar o gráfico.
A sorte do Humberto é que como eu estou estudando a fundo ggplot,
assinei a lista deles para aprender um pouco e coincidentemente houve
este exemplo e eu o tinha implementado em meus arquivos, pois atende a
um objetivo que tenho no momento.
[]s
Leonard de Assis
assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com
Em 25/10/2012 22:16, Humberto escreveu:
> Olá Andre
>
> foi dado duas formas de se fazer: uma usando o forestplot e outra uma
> correção do código que coloquei, segue as duas.
> Um abraço
> Humberto
>
> 1- Codigo corrigido
> par(mar=c(2, 8, 0, 0))
> y.axis <- c(length(tableMat1a$or):1)
> plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab = "",
> pch = 19, cex = 1.2,xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "")
> segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5)
> axis(1,at=seq(0,1.2,by=0.1),labels = T,tick =T,cex.axis = 1.2,mgp =
> c(2,.7,0))
> axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, mgp
> = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2)
> segments(1,1,1,30,lty=1)
>
> 2-Forestplot
>
> # d is a data frame with 4 columns
> # d$x gives variable names
> # d$y gives center point
> # d$ylo gives lower limits
> # d$yhi gives upper limits
> forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){
> require(ggplot2)
> p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) +
> geom_pointrange() +
> coord_flip() +
> geom_hline(aes(x=0), lty=2) +
> ylab(xlab) +
> xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above
> return(p)
> }
>
> # Create some dummy data.
> d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]),
> y = rnorm(10, .05, 0.1))
> d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10)
>
> my_theme <-
> theme(
> legend.position = "bottom",
> plot.title = element_text(size = rel(1.5)),
> panel.background =
> element_rect(fill = "white"),
> panel.border =
> element_rect(colour = "black", fill="transparent",
> linetype="solid"),
> panel.grid.major =
> element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"),
> panel.grid.minor =
> element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted")
> )
>
> forestplot(d) + my_theme
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> Em 10/25/2012 9:34 PM, andrebvs escreveu:
>> E aí Humberto, como ficou o comando finalizado para resolver seu
>> problema? Porque, acabou que alguns colegas te ajudaram aqui, ficando
>> um pouco espalhado as informações, então, copia e cola aqui o
>> resultado final da rotina!
>>
>> /Att./
>> /André/
>>
>> ------------------------------------------------------------------------
>> Em 25/10/2012 17:28, *Humberto < hghazin em hotmail.com >* escreveu:
>> Obrigado Heloisa Problema resolvido
>>
>> abr
>>
>> Humberto
>>
>> Em 10/25/2012 5:03 PM, Heloíse Pavanato escreveu:
>>
>> Desculpe...
>> É no próprio plot.
>>
>> plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "", ylab
>> = "", pch = 19, cex = 1.2,
>> xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "", xaxt='n')
>>
>> Em 25 de outubro de 2012 16:57, Humberto <hghazin em hotmail.com
>> <mailto:hghazin em hotmail.com>> escreveu:
>>
>> Leonard,
>>
>> Muito obrigado pela ajuda mais uma vez!
>>
>> Abr
>>
>> Humberto
>>
>>
>> Em 10/25/2012 2:57 PM, Leonard de Assis escreveu:
>>
>> quanto ao fundo cinza:
>>
>> my_theme <-
>> theme(
>> legend.position = "bottom",
>> plot.title = element_text(size = rel(1.5)),
>> panel.background =
>> element_rect(fill = "white"),
>> panel.border =
>> element_rect(colour = "black", fill="transparent",
>> linetype="solid"),
>> panel.grid.major =
>> element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"),
>> panel.grid.minor =
>> element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted")
>> )
>>
>> forestplot(d) + my_theme
>>
>> este my_theme é um tema que eu utilizo em meus gráficos.
>> Basta alterar nos locais certos
>>
>> quanto ao posicionamento da linha vertical, substitua
>> 'aes(x=0)' por 'aes(x=1)'
>>
>>
>> []s
>> Leonard de Assis
>> assis leonard gmail com
>>
>> Em 25/10/2012 13:18, Humberto escreveu:
>>
>> Olá Andre, Ivan e Leonard
>>
>> Muito obrigado pela ajuda! eu consegui dessa forma
>> aqui! Porém no eixo dos x esta aperecendo numeros que
>> se sobrepostos aos nomes das espécies que não estou
>> conseguindo retirar. Alguem poderia me ajudar nesse
>> sentido!
>>
>> Gostei dessa alternativa do forestplot. Como faço
>> para retirar esse background (cinza) do forestplot e
>> adicionar a linha vertical no 1?
>>
>> E mais uma vez obrigado a todos pela ajuda
>>
>> tableMat1a é a tabela abaixo
>>
>> Specie lci or uci
>> 1 Bigeye tuna 0.0952 0.1293 0.176
>> 2 Yellowfin tuna 0.0916 0.1255 0.172
>> 3 Albacore 0.0913 0.1562 0.267
>> 4 Swordfish 0.1311 0.1565 0.187
>> 5 Sailfish 0.0368 0.0923 0.231
>> 6 White marlim 0.1300 0.2161 0.359
>> 7 Blue marlim 0.0738 0.1471 0.293
>> 8 Blue shark 0.1303 0.1653 0.210
>> 9 Crocodile shark 0.1123 0.1792 0.286
>> 10 Pelagic stingray 0.1074 0.2052 0.392
>> 11 Turtle oliva 0.1275 0.3802 1.134
>> 12 Oceanic whitetip shark 0.1658 0.3788 0.866
>>
>>
>>
>> par(mar=c(2, 8, 0, 0))
>> y.axis plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes =
>> F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2,
>> xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "")
>> segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci,
>> y.axis, lwd = 1.5)
>> axis(1, at = seq(0,1.2,by=0.2), labels = NA, tick = T,
>> cex.axis = 1.2, mgp = c(2,.7,0))
>> axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las =
>> 1, tick = F, ,mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2)
>> segments(1,1,1,30,lty=1)
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> Em 10/25/2012 12:09 AM, Leonard de Assis escreveu:
>>
>> Andre,
>>
>> vi a pouco na lista do ggplot2 um script que pode
>> ser o que voce procura.
>>
>> # d is a data frame with 4 columns
>> # d$x gives variable names
>> # d$y gives center point
>> # d$ylo gives lower limits
>> # d$yhi gives upper limits
>> forestplot require(ggplot2)
>> p geom_pointrange() +
>> coord_flip() +
>> geom_hline(aes(x=0), lty=2) +
>> ylab(xlab) +
>> xlab(ylab) #switch because of the
>> coord_flip() above
>> return(p)
>> }
>>
>> # Create some dummy data.
>> d y = rnorm(10, .05, 0.1))
>> d
>> forestplot(d)
>>
>> []s
>> Leonard de Assis
>> assis leonard gmail com
>>
>> Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:
>>
>> Olá Humberto!
>>
>> Eu até começei a fazer o que estava querendo,
>> porém, não consegui implementar os intervalos
>> de confianças com as respectivas médias.
>> Segue um script abaixo até onde cheguei, se
>> alguém puder continuar e sanar sua dúvida,
>> seria uma grande ajuda!
>>
>> library(fields)
>> plot(xlim=c(0,1.8),5:10,
>> bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative
>> catchability",ylab="")
>> x y u v
>> axis(1,lwd=2,at = x,labels = formatC(x,
>> format="fg"))
>> abline(v = 1, col = "black",lty=1,lwd=2)
>> arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4,
>> length=.2, col='black', lwd=2)
>> arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5,
>> length=.2, col='black', lwd=2)
>>
>> text(0,7,"Bigeye\nYellowfin
>> tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite
>> marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile
>> shark\nPelagic stingray\nTurtle
>> oliva\nOceanic whitetip shark",cex =
>> 0.8,adj=c(0,0))
>>
>> text(1.1,5,"Species\nBigeye tuna\nYellowfin
>> tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite
>> marlim\nBlue marlim\nBlue shark\nCrocodile
>> shark\nPelagic stingray\nTurtle
>> oliva\nOceanic whitetip shark",cex =
>> 0.8,adj=c(0,0))
>>
>> /Att./
>> /André Barbosa Ventura da Silva/
>>
>>
>> ------------------------------------------------------------------------
>> Em 24/10/2012 20:38, *Ivan Bezerra Allaman <
>> ivanalaman em yahoo.com.br
>> <mailto:ivanalaman em yahoo.com.br> >* escreveu:
>> Utilize as funções plot, segments e par para
>> obter êxito! O link abaixo será útil também.
>>
>> http://gallery.r-enthusiasts.com/
>>
>> (S,f,P)
>> Allaman
>>
>> * *
>> \begin{signature}
>> <<>>=
>> Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman
>> Universidade Estadual de Santa Cruz
>> Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas
>> Ilhéus/BA - Brasil
>> Fone: +55 73 3680-5596
>> <tel:%2B55%2073%203680-5596>
>> E-mail:
>> ivanalaman em yahoo.com.br/ivanalaman em gmail.com
>> <mailto:ivanalaman em yahoo.com.br/ivanalaman em gmail.com>
>> @
>> \end{signature}
>>
>>
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br em listas.c3sl.ufpr.br>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>>
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