<html>
<head>
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
http-equiv="Content-Type">
</head>
<body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
<div class="moz-cite-prefix">Leonard mais uma vez agradeço a grande
ajuda<br>
humberto<br>
<br>
Em 10/25/2012 10:42 PM, Leonard de Assis escreveu:<br>
</div>
<blockquote cite="mid:5089DC6D.4000506@gmail.com" type="cite">
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
http-equiv="Content-Type">
<div class="moz-cite-prefix">Só corrigindo<br>
<br>
comando forestplot não existe, eu só peguei esta função (nomeada
pelo rapaz que postou a dica) e colei.<br>
<br>
O correto seria falar que utiliza ggplot para desenhar o
gráfico.<br>
<br>
A sorte do Humberto é que como eu estou estudando a fundo
ggplot, assinei a lista deles para aprender um pouco e
coincidentemente houve este exemplo e eu o tinha implementado em
meus arquivos, pois atende a um objetivo que tenho no momento.<br>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">[]s
Leonard de Assis
assis <dot> leonard <at> gmail <dot> com
</pre>
Em 25/10/2012 22:16, Humberto escreveu:<br>
</div>
<blockquote
cite="mid:BLU0-SMTP149F9722EDE4936C38CE922B47E0@phx.gbl"
type="cite">
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
http-equiv="Content-Type">
<div class="moz-cite-prefix">Olá Andre<br>
<br>
foi dado duas formas de se fazer: uma usando o forestplot e
outra uma correção do código que coloquei, segue as duas.<br>
Um abraço<br>
Humberto <br>
<br>
1- Codigo corrigido<br>
par(mar=c(2, 8, 0, 0))<br>
y.axis <- c(length(tableMat1a$or):1)<br>
plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes = F, xlab = "",
ylab = "", pch = 19, cex = 1.2,xlim = c(0,1.2), xaxs = "r",
main = "")<br>
segments(tableMat1a$lci, y.axis, tableMat1a$uci, y.axis, lwd
= 1.5)<br>
axis(1,at=seq(0,1.2,by=0.1),labels = T,tick =T,cex.axis =
1.2,mgp = c(2,.7,0))<br>
axis(2, at = y.axis, label = tableMat1a$Specie, las = 1, tick
= F, mgp = c(2,.6,0),cex.axis = 1.2)<br>
segments(1,1,1,30,lty=1)<br>
<br>
2-Forestplot<br>
<br>
# d is a data frame with 4 columns<br>
# d$x gives variable names<br>
# d$y gives center point<br>
# d$ylo gives lower limits<br>
# d$yhi gives upper limits<br>
forestplot <- function(d, xlab="Odds Ratio", ylab="Study"){<br>
require(ggplot2)<br>
p <- ggplot(d, aes(x=x, y=y, ymin=ylo, ymax=yhi)) +<br>
geom_pointrange() +<br>
coord_flip() +<br>
geom_hline(aes(x=0), lty=2) +<br>
ylab(xlab) +<br>
xlab(ylab) #switch because of the coord_flip() above<br>
return(p)<br>
}<br>
<br>
# Create some dummy data.<br>
d <- data.frame(x = toupper(letters[1:10]),<br>
y = rnorm(10, .05, 0.1))<br>
d <- transform(d, ylo = y-1/10, yhi=y+1/10)<br>
<br>
my_theme <-<br>
theme(<br>
legend.position = "bottom",<br>
plot.title = element_text(size = rel(1.5)),<br>
panel.background =<br>
element_rect(fill = "white"),<br>
panel.border =<br>
element_rect(colour = "black", fill="transparent",
linetype="solid"),<br>
panel.grid.major =<br>
element_line(colour = "darkgrey", linetype = "dashed"),<br>
panel.grid.minor =<br>
element_line(colour = "dark grey", linetype = "dotted")<br>
)<br>
<br>
forestplot(d) + my_theme<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Em 10/25/2012 9:34 PM, andrebvs escreveu:<br>
</div>
<blockquote
cite="mid:5089cc7bb5ee3_67f8a4c147c2fd@a4-winter17.tmail"
type="cite">
<div>E aí Humberto, como ficou o comando finalizado para
resolver seu problema? Porque, acabou que alguns colegas te
ajudaram aqui, ficando um pouco espalhado as informações,
então, copia e cola aqui o resultado final da rotina!<br>
<br>
</div>
<div><em>Att.</em></div>
<div><em>André</em></div>
<div> </div>
<hr style="border-top: 1px solid #ccc;">
<div>Em 25/10/2012 17:28, <strong>Humberto < <a
moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated"
href="mailto:hghazin@hotmail.com">hghazin@hotmail.com</a>
></strong> escreveu:</div>
<div class="moz-cite-prefix">Obrigado Heloisa Problema
resolvido<br>
<br>
abr<br>
<br>
Humberto<br>
<br>
Em 10/25/2012 5:03 PM, Heloíse Pavanato escreveu:</div>
<blockquote
cite="mid:CAPw23dFxP57r=6OA7SjbeG3iDBwVoLrKGTGo8QUxRriMfugLNQ@mail.gmail.com">Desculpe...
<div>É no próprio plot.</div>
<div><br>
<span style="color: #222222; font-family:
arial,sans-serif; font-size: 13px; background-color:
#ffffff;">plot(tableMat1a$or,y.axis, type = "p", axes =
F, xlab = "", ylab = "", pch = 19, cex = 1.2, </span><br>
<span style="color: #222222; font-family:
arial,sans-serif; font-size: 13px; background-color:
#ffffff;"> xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main = "", </span><span
style="font-family: arial,sans-serif; font-size: 13px;
background-color: #ffffff;"><span style="color:
#ff0000;">xaxt='n'</span></span><span style="color:
#222222; font-family: arial,sans-serif; font-size: 13px;
background-color: #ffffff;">)</span><br>
<br>
<div class="gmail_quote">Em 25 de outubro de 2012 16:57,
Humberto <span dir="ltr"><<a moz-do-not-send="true"
href="mailto:hghazin@hotmail.com" target="_blank">hghazin@hotmail.com</a>></span>
escreveu:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0 0 0
.8ex; border-left: 1px #ccc solid; padding-left: 1ex;">
<div>
<div>Leonard,<br>
<br>
Muito obrigado pela ajuda mais uma vez!<br>
<br>
Abr<br>
<br>
Humberto<br>
<br>
<br>
Em 10/25/2012 2:57 PM, Leonard de Assis escreveu:</div>
<div>
<div class="h5">
<blockquote>
<div>quanto ao fundo cinza:<br>
<br>
my_theme <-<br>
theme(<br>
legend.position = "bottom",<br>
plot.title = element_text(size =
rel(1.5)),<br>
panel.background =<br>
element_rect(fill = "white"),<br>
panel.border =<br>
element_rect(colour = "black",
fill="transparent", linetype="solid"),<br>
panel.grid.major =<br>
element_line(colour = "darkgrey",
linetype = "dashed"),<br>
panel.grid.minor =<br>
element_line(colour = "dark grey",
linetype = "dotted")<br>
)<br>
<br>
forestplot(d) + my_theme<br>
<br>
este my_theme é um tema que eu utilizo em
meus gráficos. Basta alterar nos locais
certos<br>
<br>
quanto ao posicionamento da linha vertical,
substitua 'aes(x=0)' por 'aes(x=1)'<br>
<br>
<br>
<pre>[]s
Leonard de Assis
assis leonard gmail com
</pre>
Em 25/10/2012 13:18, Humberto escreveu:</div>
<blockquote>
<div>Olá Andre, Ivan e Leonard<br>
<br>
Muito obrigado pela ajuda! eu consegui
dessa forma aqui! Porém no eixo dos x esta
aperecendo numeros que se sobrepostos aos
nomes das espécies que não estou
conseguindo retirar. Alguem poderia me
ajudar nesse sentido!<br>
<br>
Gostei dessa alternativa do forestplot.
Como faço para retirar esse background
(cinza) do forestplot e adicionar a linha
vertical no 1?<br>
<br>
E mais uma vez obrigado a todos pela ajuda<br>
<br>
tableMat1a é a tabela abaixo<br>
<br>
<pre style="font-family: 'Lucida Console'; font-size: 10pt!important; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; border-width: initial; border-color: initial; white-space: pre-wrap!important; line-height: 1.2; border-style: none; margin: 0px;"> Specie lci or uci
1 Bigeye tuna 0.0952 0.1293 0.176
2 Yellowfin tuna 0.0916 0.1255 0.172
3 Albacore 0.0913 0.1562 0.267
4 Swordfish 0.1311 0.1565 0.187
5 Sailfish 0.0368 0.0923 0.231
6 White marlim 0.1300 0.2161 0.359
7 Blue marlim 0.0738 0.1471 0.293
8 Blue shark 0.1303 0.1653 0.210
9 Crocodile shark 0.1123 0.1792 0.286
10 Pelagic stingray 0.1074 0.2052 0.392
11 Turtle oliva 0.1275 0.3802 1.134
12 Oceanic whitetip shark 0.1658 0.3788 0.866</pre>
<br>
<br>
par(mar=c(2, 8, 0, 0))<br>
y.axis plot(tableMat1a$or,y.axis, type =
"p", axes = F, xlab = "", ylab = "", pch =
19, cex = 1.2, <br>
xlim = c(0,1.2), xaxs = "r", main =
"")<br>
segments(tableMat1a$lci, y.axis,
tableMat1a$uci, y.axis, lwd = 1.5)<br>
axis(1, at = seq(0,1.2,by=0.2), labels =
NA, tick = T,<br>
cex.axis = 1.2, mgp = c(2,.7,0))<br>
axis(2, at = y.axis, label =
tableMat1a$Specie, las = 1, tick = F, ,mgp
= c(2,.6,0),cex.axis = 1.2)<br>
segments(1,1,1,30,lty=1)<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Em 10/25/2012 12:09 AM, Leonard de Assis
escreveu:</div>
<blockquote>
<div>Andre,<br>
<br>
vi a pouco na lista do ggplot2 um script
que pode ser o que voce procura.<br>
<br>
# d is a data frame with 4 columns<br>
# d$x gives variable names<br>
# d$y gives center point<br>
# d$ylo gives lower limits<br>
# d$yhi gives upper limits<br>
forestplot require(ggplot2)<br>
p geom_pointrange() +<br>
coord_flip() +<br>
geom_hline(aes(x=0), lty=2) +<br>
ylab(xlab) +<br>
xlab(ylab) #switch because of the
coord_flip() above<br>
return(p)<br>
}<br>
<br>
# Create some dummy data.<br>
d y = rnorm(10, .05,
0.1))<br>
d <br>
forestplot(d)<br>
<br>
<pre>[]s
Leonard de Assis
assis leonard gmail com
</pre>
Em 24/10/2012 23:55, andrebvs escreveu:</div>
<blockquote>
<div>Olá Humberto!</div>
<div> </div>
<div>Eu até começei a fazer o que estava
querendo, porém, não consegui
implementar os intervalos de
confianças com as respectivas médias.
Segue um script abaixo até onde
cheguei, se alguém puder continuar e
sanar sua dúvida, seria uma grande
ajuda!</div>
<div><br>
library(fields)<br>
plot(xlim=c(0,1.8),5:10,
bty='n',type="n",axes=F,xlab="Relative
catchability",ylab="")<br>
x y u v <br>
axis(1,lwd=2,at = x,labels =
formatC(x, format="fg"))<br>
abline(v = 1, col =
"black",lty=1,lwd=2)<br>
arrow.plot(x[6],y[6],v,u,arrow.ex=.4,
length=.2, col='black', lwd=2) <br>
arrow.plot(x[6],y[6],u-360,v-45,arrow.ex=.5,
length=.2, col='black', lwd=2) <br>
<br>
text(0,7,"Bigeye\nYellowfin
tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite
marlim\nBlue marlim\nBlue
shark\nCrocodile shark\nPelagic
stingray\nTurtle oliva\nOceanic
whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))</div>
<div><br>
text(1.1,5,"Species\nBigeye
tuna\nYellowfin
tuna\nAlbacore\nSwordfish\nSailfish\nWhite
marlim\nBlue marlim\nBlue
shark\nCrocodile shark\nPelagic
stingray\nTurtle oliva\nOceanic
whitetip shark",cex = 0.8,adj=c(0,0))<br>
<br>
</div>
<div><em>Att.</em></div>
<div><em>André Barbosa Ventura da Silva</em></div>
<div> </div>
<div> </div>
<hr style="border-top: 1px solid #ccc;">
<div>Em 24/10/2012 20:38, <strong>Ivan
Bezerra Allaman < <a
moz-do-not-send="true"
href="mailto:ivanalaman@yahoo.com.br"
target="_blank">ivanalaman@yahoo.com.br</a>
></strong> escreveu:</div>
<div style="font-size: 12pt;
font-family:
arial,helvetica,sans-serif;">
<div><span>Utilize as funções plot,
segments e par para obter êxito! O
link abaixo será útil também.</span></div>
<div style="font-style: normal;
font-size: 16px; background-color:
transparent; font-family:
arial,helvetica,sans-serif;"> </div>
<div style="font-style: normal;
font-size: 16px; background-color:
transparent; font-family:
arial,helvetica,sans-serif;"><span><a
moz-do-not-send="true"
href="http://gallery.r-enthusiasts.com/"
target="_blank">http://gallery.r-enthusiasts.com/</a><br>
</span></div>
<div style="font-style: normal;
font-size: 16px; background-color:
transparent; font-family:
arial,helvetica,sans-serif;"> </div>
<div style="font-style: normal;
font-size: 16px; background-color:
transparent; font-family:
arial,helvetica,sans-serif;"><span>(S,f,P)<br>
</span></div>
<div><span>Allaman</span></div>
<div> </div>
<div style="background-color:
transparent;" align="center"><span
style="background-color:
transparent; font-family: comic
sans ms; font-size: small;"><span
style="font-size: xx-small;"><strong> </strong></span></span></div>
<div style="text-align: left;
background-color: transparent;"
align="center"><span
style="background-color:
transparent;"><span
style="font-family:
courier,monaco,monospace,sans-serif;
font-size: small;">\begin{signature}</span></span></div>
<div style="text-align: left;
background-color: transparent;"
align="center"><span
style="background-color:
transparent;"><span
style="font-family:
courier,monaco,monospace,sans-serif;
font-size: small;"><<>>=</span></span></div>
<div style="text-align: left;
background-color: transparent;"
align="center"><span
style="font-family:
courier,monaco,monospace,sans-serif;
font-size: small;">Prof. Dr. Ivan
Bezerra Allaman</span></div>
<div style="text-align: left;
background-color: transparent;"
align="center"><span
style="font-family:
courier,monaco,monospace,sans-serif;
font-size: small;">Universidade
Estadual de Santa Cruz</span></div>
<div style="text-align: left;
background-color: transparent;"
align="center"><span
style="font-family:
courier,monaco,monospace,sans-serif;
font-size: small;">Departamento de
Ciências Exatas e Tecnológicas</span></div>
<div style="text-align: left;
background-color: transparent;"
align="center"><span
style="font-family:
courier,monaco,monospace,sans-serif;
font-size: small;">Ilhéus/BA -
Brasil</span></div>
<div style="text-align: left;
background-color: transparent;"
align="center"><span
style="font-family:
courier,monaco,monospace,sans-serif;
font-size: small;">Fone: <a
moz-do-not-send="true"
href="tel:%2B55%2073%203680-5596"
target="_blank">+55 73 3680-5596</a></span></div>
<div style="text-align: left;
background-color: transparent;"
align="center"><span
style="font-family:
courier,monaco,monospace,sans-serif;
font-size: small;">E-mail: <a
moz-do-not-send="true"
href="mailto:ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com"
target="_blank">ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com</a></span></div>
<div style="text-align: left;
background-color: transparent;"
align="center"><span
style="background-color:
transparent;"><span
style="font-family:
courier,monaco,monospace,sans-serif;
font-size: small;">@</span></span></div>
<div style="text-align: left;
background-color: transparent;"
align="center"><span
style="background-color:
transparent;"><span
style="font-family:
courier,monaco,monospace,sans-serif;
font-size: small;">\end{signature}</span></span></div>
</div>
<div> </div>
<br>
<fieldset></fieldset>
<br>
<pre>_______________________________________________
R-br mailing list
<a moz-do-not-send="true" href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>
<a moz-do-not-send="true" href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a>
Leia o guia de postagem (<a moz-do-not-send="true" href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.</pre>
</blockquote>
<br>
<br>
<fieldset></fieldset>
<br>
<pre>_______________________________________________
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<a moz-do-not-send="true" href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>
<a moz-do-not-send="true" href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a>
Leia o guia de postagem (<a moz-do-not-send="true" href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.</pre>
</blockquote>
<br>
<br>
<fieldset></fieldset>
<br>
<pre>_______________________________________________
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Leia o guia de postagem (<a moz-do-not-send="true" href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.</pre>
</blockquote>
<br>
<br>
<fieldset></fieldset>
<br>
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</blockquote>
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href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br>
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target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
Leia o guia de postagem (<a moz-do-not-send="true"
href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia"
target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>)
e forneça código mínimo reproduzível.</blockquote>
</div>
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<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
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Leia o guia de postagem (<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.</pre>
</blockquote>
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<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a>
Leia o guia de postagem (<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.</pre>
</blockquote>
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