[R-br] Dúvida função Anova pacote car - Medidas repetidas

Augusto Ribas ribas.aca em gmail.com
Sexta Outubro 5 14:15:43 BRT 2012


Não da pra fazer usando a função aov?
Por exemplo considerando somente o tipo e dias do experimento:

dados<-structure(list(Day = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("0",
"2", "4"), class = "factor"), Type = structure(c(1L, 1L, 1L,
2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("c",
"t"), class = "factor"), Replicate = structure(c(1L, 2L, 3L,
1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L), .Label = c("A",
"B", "C"), class = "factor"), logbiovolume = c(19.34, 18.27,
18.56, 18.41, 18.68, 18.86, 18.81, 18.84, 18.52, 18.29, 17.91,
17.67, 19.16, 18.85, 19.36, 19.05, 19.09, 18.26)), .Names = c("Day",
"Type", "Replicate", "logbiovolume"), row.names = c("1", "2",
"3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", "14",
"15", "16", "17", "18"), class = "data.frame")


library(lattice)
bwplot(logbiovolume ~ Type|Day,data=dados)
anova.rep<- aov(logbiovolume ~ Type * Day +
Error(as.factor(rep(c(1:6),3))), data = dados)
summary(anova.rep)

Qd eu fiz foi usando esse tutorial, caso sirva de ajuda:
http://www.ats.ucla.edu/stat/R/seminars/Repeated_Measures/repeated_measures.htm

Em 5 de outubro de 2012 10:33, Diego Pujoni <diegopujoni em gmail.com> escreveu:
> Olá pessoal, estou realizando uma ANOVA com medidas repetidas e estou
> utilizando a função "Anova" do pacote "car".
>
> Medi o biovolume de algas a cada dois dias durante 10 dias (no banco de
> dados abaixo só coloquei até o 4° dia). Tenho 2 tratamentos ("c","t") e o
> experimento foi realizado em tréplicas ("A","B","C").
>
>> Pa2
>    Day Type Replicate logbiovolume
> 1    0    c         A        19.34
> 2    0    c         B        18.27
> 3    0    c         C        18.56
> 4    0    t         A        18.41
> 5    0    t         B        18.68
> 6    0    t         C        18.86
> 7    2    c         A        18.81
> 8    2    c         B        18.84
> 9    2    c         C        18.52
> 10   2    t         A        18.29
> 11   2    t         B        17.91
> 12   2    t         C        17.67
> 13   4    c         A        19.16
> 14   4    c         B        18.85
> 15   4    c         C        19.36
> 16   4    t         A        19.05
> 17   4    t         B        19.09
> 18   4    t         C        18.26
>
> Pa2.teste = within(Pa2,{group = factor(Type)
>                    time = factor(Day)
>                    id = factor(Replicate)})
> matrix = with(Pa2.teste,cbind(Pa2[,VAR][group=="c"],Pa2[,VAR][group=="t"]))
> matrix
>        [,1]  [,2]
>  [1,] 19.34 18.41
>  [2,] 18.27 18.68
>  [3,] 18.56 18.86
>  [4,] 18.81 18.29
>  [5,] 18.84 17.91
>  [6,] 18.52 17.67
>  [7,] 19.16 19.05
>  [8,] 18.85 19.09
>  [9,] 19.36 18.26
> [10,] 19.63 18.96
> [11,] 19.94 18.06
> [12,] 19.54 18.37
> [13,] 19.98 17.96
> [14,] 20.99 17.93
> [15,] 20.45 17.74
> [16,] 21.12 17.60
> [17,] 21.66 17.33
> [18,] 21.51 18.12
>  model <- lm(matrix ~ 1)
>  design <- factor(c("c","t"))
>
>  options(contrasts=c("contr.sum", "contr.poly"))
>  aov <- Anova(model, idata=data.frame(design), idesign=~design, type="III")
>  summary(aov, multivariate=F)
>
> Univariate Type III Repeated-Measures ANOVA Assuming Sphericity
>
>                  SS num Df Error SS den Df         F    Pr(>F)
> (Intercept) 12951.2      1   6.3312     17 34775.336 < 2.2e-16 ***
> design         19.1      1  17.3901     17    18.697 0.0004606 ***
> ---
> Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
>
>
> O problema é que eu acho que esta função não está levando em consideração os
> dias, nem as réplicas. Como faço para introduzir isto na função. Vocês
> conhecem alguma função correspondente não paramétrica para este teste? Tipo
> um teste de Friedman com dois grupos (tratamento e réplica) e um bloco
> (tempo)? Pelo que entendi, a função friedman.test só faz com um grupo
> apenas.
>
> Muito Obrigado
>
>                                                Diego PJ
>
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