[R-br] Dúvida função Anova pacote car - Medidas repetidas
Augusto Ribas
ribas.aca em gmail.com
Sexta Outubro 5 14:15:43 BRT 2012
Não da pra fazer usando a função aov?
Por exemplo considerando somente o tipo e dias do experimento:
dados<-structure(list(Day = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("0",
"2", "4"), class = "factor"), Type = structure(c(1L, 1L, 1L,
2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("c",
"t"), class = "factor"), Replicate = structure(c(1L, 2L, 3L,
1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L), .Label = c("A",
"B", "C"), class = "factor"), logbiovolume = c(19.34, 18.27,
18.56, 18.41, 18.68, 18.86, 18.81, 18.84, 18.52, 18.29, 17.91,
17.67, 19.16, 18.85, 19.36, 19.05, 19.09, 18.26)), .Names = c("Day",
"Type", "Replicate", "logbiovolume"), row.names = c("1", "2",
"3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", "14",
"15", "16", "17", "18"), class = "data.frame")
library(lattice)
bwplot(logbiovolume ~ Type|Day,data=dados)
anova.rep<- aov(logbiovolume ~ Type * Day +
Error(as.factor(rep(c(1:6),3))), data = dados)
summary(anova.rep)
Qd eu fiz foi usando esse tutorial, caso sirva de ajuda:
http://www.ats.ucla.edu/stat/R/seminars/Repeated_Measures/repeated_measures.htm
Em 5 de outubro de 2012 10:33, Diego Pujoni <diegopujoni em gmail.com> escreveu:
> Olá pessoal, estou realizando uma ANOVA com medidas repetidas e estou
> utilizando a função "Anova" do pacote "car".
>
> Medi o biovolume de algas a cada dois dias durante 10 dias (no banco de
> dados abaixo só coloquei até o 4° dia). Tenho 2 tratamentos ("c","t") e o
> experimento foi realizado em tréplicas ("A","B","C").
>
>> Pa2
> Day Type Replicate logbiovolume
> 1 0 c A 19.34
> 2 0 c B 18.27
> 3 0 c C 18.56
> 4 0 t A 18.41
> 5 0 t B 18.68
> 6 0 t C 18.86
> 7 2 c A 18.81
> 8 2 c B 18.84
> 9 2 c C 18.52
> 10 2 t A 18.29
> 11 2 t B 17.91
> 12 2 t C 17.67
> 13 4 c A 19.16
> 14 4 c B 18.85
> 15 4 c C 19.36
> 16 4 t A 19.05
> 17 4 t B 19.09
> 18 4 t C 18.26
>
> Pa2.teste = within(Pa2,{group = factor(Type)
> time = factor(Day)
> id = factor(Replicate)})
> matrix = with(Pa2.teste,cbind(Pa2[,VAR][group=="c"],Pa2[,VAR][group=="t"]))
> matrix
> [,1] [,2]
> [1,] 19.34 18.41
> [2,] 18.27 18.68
> [3,] 18.56 18.86
> [4,] 18.81 18.29
> [5,] 18.84 17.91
> [6,] 18.52 17.67
> [7,] 19.16 19.05
> [8,] 18.85 19.09
> [9,] 19.36 18.26
> [10,] 19.63 18.96
> [11,] 19.94 18.06
> [12,] 19.54 18.37
> [13,] 19.98 17.96
> [14,] 20.99 17.93
> [15,] 20.45 17.74
> [16,] 21.12 17.60
> [17,] 21.66 17.33
> [18,] 21.51 18.12
> model <- lm(matrix ~ 1)
> design <- factor(c("c","t"))
>
> options(contrasts=c("contr.sum", "contr.poly"))
> aov <- Anova(model, idata=data.frame(design), idesign=~design, type="III")
> summary(aov, multivariate=F)
>
> Univariate Type III Repeated-Measures ANOVA Assuming Sphericity
>
> SS num Df Error SS den Df F Pr(>F)
> (Intercept) 12951.2 1 6.3312 17 34775.336 < 2.2e-16 ***
> design 19.1 1 17.3901 17 18.697 0.0004606 ***
> ---
> Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
>
>
> O problema é que eu acho que esta função não está levando em consideração os
> dias, nem as réplicas. Como faço para introduzir isto na função. Vocês
> conhecem alguma função correspondente não paramétrica para este teste? Tipo
> um teste de Friedman com dois grupos (tratamento e réplica) e um bloco
> (tempo)? Pelo que entendi, a função friedman.test só faz com um grupo
> apenas.
>
> Muito Obrigado
>
> Diego PJ
>
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Grato
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