[R-br] Dúvida função Anova pacote car - Medidas repetidas

[Diego Pujoni]

Olá pessoal, estou realizando uma ANOVA com medidas repetidas e estou
utilizando a função "Anova" do pacote "car".

Medi o biovolume de algas a cada dois dias durante 10 dias (no banco de
dados abaixo só coloquei até o 4° dia). Tenho 2 tratamentos ("c","t") e o
experimento foi realizado em tréplicas ("A","B","C").

> Pa2
   Day Type Replicate logbiovolume
1    0    c         A        19.34
2    0    c         B        18.27
3    0    c         C        18.56
4    0    t         A        18.41
5    0    t         B        18.68
6    0    t         C        18.86
7    2    c         A        18.81
8    2    c         B        18.84
9    2    c         C        18.52
10   2    t         A        18.29
11   2    t         B        17.91
12   2    t         C        17.67
13   4    c         A        19.16
14   4    c         B        18.85
15   4    c         C        19.36
16   4    t         A        19.05
17   4    t         B        19.09
18   4    t         C        18.26

Pa2.teste = within(Pa2,{group = factor(Type)
                   time = factor(Day)
                   id = factor(Replicate)})
matrix = with(Pa2.teste,cbind(Pa2[,VAR][group=="c"],Pa2[,VAR][group=="t"]))
matrix
       [,1]  [,2]
 [1,] 19.34 18.41
 [2,] 18.27 18.68
 [3,] 18.56 18.86
 [4,] 18.81 18.29
 [5,] 18.84 17.91
 [6,] 18.52 17.67
 [7,] 19.16 19.05
 [8,] 18.85 19.09
 [9,] 19.36 18.26
[10,] 19.63 18.96
[11,] 19.94 18.06
[12,] 19.54 18.37
[13,] 19.98 17.96
[14,] 20.99 17.93
[15,] 20.45 17.74
[16,] 21.12 17.60
[17,] 21.66 17.33
[18,] 21.51 18.12
 model <- lm(matrix ~ 1)
 design <- factor(c("c","t"))

 options(contrasts=c("contr.sum", "contr.poly"))
 aov <- Anova(model, idata=data.frame(design), idesign=~design, type="III")
 summary(aov, multivariate=F)

Univariate Type III Repeated-Measures ANOVA Assuming Sphericity

                 SS num Df Error SS den Df         F    Pr(>F)
(Intercept) 12951.2      1   6.3312     17 34775.336 < 2.2e-16 ***
design         19.1      1  17.3901     17    18.697 0.0004606 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1


O problema é que eu acho que esta função não está levando em consideração
os dias, nem as réplicas. Como faço para introduzir isto na função. Vocês
conhecem alguma função correspondente não paramétrica para este teste? Tipo
um teste de Friedman com dois grupos (tratamento e réplica) e um bloco
(tempo)? Pelo que entendi, a função friedman.test só faz com um grupo
apenas.

Muito Obrigado

                                               Diego PJ
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