[R-br] Dúvida função Anova pacote car - Medidas repetidas

Sábado Outubro 6 10:40:45 BRT 2012

Diego, dê uma olhada em 
http://www.r-bloggers.com/r-tutorial-series-two-way-repeated-measures-anova/ 

É parecido com o que vc busca. Talvez vc tenha estruturado as matrizes 
de forma inadequada para a função que quer usar.
Espero que ajude.
Abs

Olympio

Em 05/10/2012 14:15, Augusto Ribas escreveu:
> Não da pra fazer usando a função aov?
> Por exemplo considerando somente o tipo e dias do experimento:
>
> dados<-structure(list(Day = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L,
> 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), .Label = c("0",
> "2", "4"), class = "factor"), Type = structure(c(1L, 1L, 1L,
> 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("c",
> "t"), class = "factor"), Replicate = structure(c(1L, 2L, 3L,
> 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L), .Label = c("A",
> "B", "C"), class = "factor"), logbiovolume = c(19.34, 18.27,
> 18.56, 18.41, 18.68, 18.86, 18.81, 18.84, 18.52, 18.29, 17.91,
> 17.67, 19.16, 18.85, 19.36, 19.05, 19.09, 18.26)), .Names = c("Day",
> "Type", "Replicate", "logbiovolume"), row.names = c("1", "2",
> "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", "14",
> "15", "16", "17", "18"), class = "data.frame")
>
>
> library(lattice)
> bwplot(logbiovolume ~ Type|Day,data=dados)
> anova.rep<- aov(logbiovolume ~ Type * Day +
> Error(as.factor(rep(c(1:6),3))), data = dados)
> summary(anova.rep)
>
> Qd eu fiz foi usando esse tutorial, caso sirva de ajuda:
> http://www.ats.ucla.edu/stat/R/seminars/Repeated_Measures/repeated_measures.htm
>
> Em 5 de outubro de 2012 10:33, Diego Pujoni <diegopujoni em gmail.com> escreveu:
>> Olá pessoal, estou realizando uma ANOVA com medidas repetidas e estou
>> utilizando a função "Anova" do pacote "car".
>>
>> Medi o biovolume de algas a cada dois dias durante 10 dias (no banco de
>> dados abaixo só coloquei até o 4° dia). Tenho 2 tratamentos ("c","t") e o
>> experimento foi realizado em tréplicas ("A","B","C").
>>
>>> Pa2
>>     Day Type Replicate logbiovolume
>> 1    0    c         A        19.34
>> 2    0    c         B        18.27
>> 3    0    c         C        18.56
>> 4    0    t         A        18.41
>> 5    0    t         B        18.68
>> 6    0    t         C        18.86
>> 7    2    c         A        18.81
>> 8    2    c         B        18.84
>> 9    2    c         C        18.52
>> 10   2    t         A        18.29
>> 11   2    t         B        17.91
>> 12   2    t         C        17.67
>> 13   4    c         A        19.16
>> 14   4    c         B        18.85
>> 15   4    c         C        19.36
>> 16   4    t         A        19.05
>> 17   4    t         B        19.09
>> 18   4    t         C        18.26
>>
>> Pa2.teste = within(Pa2,{group = factor(Type)
>>                     time = factor(Day)
>>                     id = factor(Replicate)})
>> matrix = with(Pa2.teste,cbind(Pa2[,VAR][group=="c"],Pa2[,VAR][group=="t"]))
>> matrix
>>         [,1]  [,2]
>>   [1,] 19.34 18.41
>>   [2,] 18.27 18.68
>>   [3,] 18.56 18.86
>>   [4,] 18.81 18.29
>>   [5,] 18.84 17.91
>>   [6,] 18.52 17.67
>>   [7,] 19.16 19.05
>>   [8,] 18.85 19.09
>>   [9,] 19.36 18.26
>> [10,] 19.63 18.96
>> [11,] 19.94 18.06
>> [12,] 19.54 18.37
>> [13,] 19.98 17.96
>> [14,] 20.99 17.93
>> [15,] 20.45 17.74
>> [16,] 21.12 17.60
>> [17,] 21.66 17.33
>> [18,] 21.51 18.12
>>   model <- lm(matrix ~ 1)
>>   design <- factor(c("c","t"))
>>
>>   options(contrasts=c("contr.sum", "contr.poly"))
>>   aov <- Anova(model, idata=data.frame(design), idesign=~design, type="III")
>>   summary(aov, multivariate=F)
>>
>> Univariate Type III Repeated-Measures ANOVA Assuming Sphericity
>>
>>                   SS num Df Error SS den Df         F    Pr(>F)
>> (Intercept) 12951.2      1   6.3312     17 34775.336 < 2.2e-16 ***
>> design         19.1      1  17.3901     17    18.697 0.0004606 ***
>> ---
>> Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
>>
>>
>> O problema é que eu acho que esta função não está levando em consideração os
>> dias, nem as réplicas. Como faço para introduzir isto na função. Vocês
>> conhecem alguma função correspondente não paramétrica para este teste? Tipo
>> um teste de Friedman com dois grupos (tratamento e réplica) e um bloco
>> (tempo)? Pelo que entendi, a função friedman.test só faz com um grupo
>> apenas.
>>
>> Muito Obrigado
>>
>>                                                 Diego PJ
>>
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