[R-br] sobre a utilização de processamento em vários núcleos

[Benilton Carvalho]

em teoria, vc precisa pegar a funcao de interesse e reescreve-la
usando os pacotes para os quais vc viu referencias...
alternativamente, use o que alguem ja' fez pra vc:

install.packages('Rclusterpp')
library(Rclusterpp)
blah = USArrests[rep(1:nrow(USArrests), 1000),]
res = Rclusterpp.hclust(blah, method="average", distance="euclidean")

b

2012/3/7 Antonio Silva <aolinto.lst em gmail.com>:
> Olá,
>
> Rodo o R 64-bit no Ubuntu 10.04 em uma máquina com processador Core i7 e 8
> Gb de RAM.
>
> Nesta semana começei a fazer uma análise de cluster, utilizando basicamente
> o pacote vegan, sobre uma matriz grande.
>
> O cálculo das ligações (hclust) levou três hora e meia para ser efetuado
> (!!!). Vi que apenas um núcleo do processador estava sendo utilizado.
>
> Começei então a procurar alternativas que permitissem o aceleramento dos
> cálculos e a utilização dos outros núcleos, que estão sub-utilizados.
>
> Li sobre o pacote multicore e outros, inclusive em mensagens nesta lista.
> Muitas coisas não ficaram claras para mim e, no final, não compreendi como
> proceder sua utilização no meu caso (ou mesmo se é possível).
>
> É possivel rodar uma análise de cluster fazendo utilização dos diversos
> núcleos?
>
> Agradeço qualquer orientação e/ou indicação de documentação.
>
> Abraços,
>
> Antônio
>
> --
> Antônio Olinto Ávila da Silva
> Biólogo / Oceanógrafo
> Instituto de Pesca
> São Paulo, Brasil
>
>
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