[R-br] Dúvida sobre o ANOSIM

Sexta Julho 13 15:11:14 BRT 2012

Augusto,

Antes de qualquer coisa, muito obrigada.
Entendi todos os passos, mas ainda não consigo fazer.
Entendi que são duas planilhas de dados (uma com espécies de diferentes
sítios, e uma com variáveis). Mas gostaria de saber, onde eu altero para
inserir os meus dados. Eu trabalho "colando" os dados no script. Outra
coisa, já vi ANOSIM, sendo feito para avaliar a  distribuição do NMDS,
nesse caso, também é utilizado duas planilhas??
Estou trabalhando com quatro áreas...abaixo, mando parte da tabela. A
primeira é das variáveis, e a segunda com os dados de sp.

Bom, seguindo o script

>library(vegan) #sempre uso o vegan
> data(dune)  #aqui eu colo a matriz que está abaixo, mas não vejo mandeira
de alterar o dune...
> data(dune.env) # aqui necessariamente eu preciso de uma matriz de
variáveis???
> dune.dist <- vegdist(dune) #aqui ele calcular a similaridade, mas preciso
alterar o dune, não é? Como eu devo fazer por exemplo para usar Jaccard?//
> attach(dune.env)
> dune.ano <- anosim(dune.dist, Management)
> summary(dune.ano)
> plot(dune.ano)

  esp pH umidsolo  1 4 4.6 80  2 7 3.3 70  3 7 3.6 71  4 6 3.3 80
   Linsp1 Tapsp1 Ectatomsp3 Gnamptsp1 Gnamptosp3  1 2 0 1 10 1  2 3 0 5 2 0
3 2 0 0 4 0  4 5 1 1 7 3

Desde já obrigada! E me desculpe tantas perguntas.
Aguardo resposta.
Att,
Débora.

Em 12 de julho de 2012 17:36, Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com> escreveu:

Veja se os comentarios abaixo te ajudam.
> E vc esqueceu de informar que esta usando um pacote a parte do R
> Essa função pertence a um pacote chamado vegan, se vc não informar que
> esta usando ele, as pessoas não vão conseguir reproduzir o que vc ta
> fazendo.
>
> #abrindo o pacote
> library(vegan)
>
> #note que aqui vc ta abrindo dados de exemplo, 2 conjuntos de dados
> data(dune)
> data(dune.env)
>
>
> #a função head() mostra o começo dos dados, caso seja uma matriz muito
> longa por exemplo
> #vc pode usar pra ter uma ideia
> head(dune)
> head(dune.env)
>
> #no manual explica do que se trata os dados, basicamente dune é uma
> matriz com colunas sendo as especies e linhas sua ocorrencia
> #no caso em 20 lugar, cada linha é um lugar
> #o dune.env é varia variaveis ambientais de cada um desses 20 locais
> ?dune
> ?dune.env
>
> #primeiro ele calcula a similaride
> dune.dist <- vegdist(dune)
> #digita ? o comando que ele explica o que ta fazendo, e como é a sintaxe
> ?vegdist
> #veja que aqui vc so calculou a matriz de similaridade entre lugares
> usando braycurtis
> dune.dist
> #qd vc olhou o help la, vc viu que tem um monte de coisa, que nao os
> dados que ja vem definido, ou seja
> #é o default, e la tinha ,method="bray", então se vc nao fala ele ta
> usando isso
> #ai antes de usar olha o que o comando vai fazer
> ?anosim
> #então vc vai dar a similaridade entre lugares, e uma caracteristica
> ambiental
> #e ele vai ver se essa caracteristica define a comunidade que ta la
> mais ou menos
> #no detalhes ele explica bem o que faz
> #então vc tem a primeira coisa uma matriz de similaridade, e a
> segunda, um caracteristica que define cada lugar
> dune.ano <- anosim(dune.dist, dune.env$Management)
>
> #ai vc olha o resultado
> summary(dune.ano)
> #e olha ele graficamente
> plot(dune.ano)
>
> #qd vc usa o attach(), vc pode chamar as colunas desse dataframe
> diretamente
> #como fez com Management, mas olhe que
> dune.env$Management
>
> #é so como é o uso de cada lugar, um vetor de tamanho 20, se vc ta
> colocando ali uma matriz não vai funcionar
> #vc tem que colocar a comunidade, na forma de uma matriz de
> distancias, e a caracteristica que acha importante.
> #se ainda não conseguir informe o que vc esta colocando no comando.
> Informe todo o script que vc ta usando
> #e explique como são seus dados
>
> Bem espero que ajude.
>
> Não se esqueça de olhar o guia de postagem ^^
> http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr
>
> Em 12 de julho de 2012 14:26, Débora Rodrigues de Souza
> <debora.rdsouza em gmail.com> escreveu:
> > Boa tarde a todos,
> > Acabei de encontrar essa página de discussões, e achei muito
> interessante a
> > ideia, parabéns aos organizadores.
> > Bom, gostaria de auxílio para executar uma análise de similaridade do
> tipo
> > ANOSIM. Sei que o teste é feito a posteriori o NMDS, ou  alguma análise
> de
> > ordenação, mas tenho dúvida quando ao script do mesmo. Já tentei
> seguindo os
> > passos indicados no manul do programa R, mas fiquei em dúvida em qual
> > comando devo alterar, para então inserir os meus dados. Estou mexendo
> nesse
> > programa a pouco tempo, por isso a dificuldade. Ao que me parece, devo
> > entrar com dois tipos de planilhas. Mas mesmo colando meus dados, o
> > resultado que aparece é o da memória do programa. Como alterar isso???
> > Esse é o script que vejo no programa,
> >
> > data(dune)
> > data(dune.env)
> > dune.dist <- vegdist(dune)
> > attach(dune.env)
> > dune.ano <- anosim(dune.dist, Management)
> > summary(dune.ano)
> > plot(dune.ano)
> >
> >
> >
> > Alguém poderia me ajudar???
> > Desde já agradeço a atenção, e aguardo resposta.
> >
> > Att,
> > Débora
> >
> >
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