[R-br] Dúvida sobre o ANOSIM

Augusto Ribas ribas.aca em gmail.com
Sexta Julho 13 17:10:33 BRT 2012


Tipo, vc abriu esses dados então, com algo tipo

meusdados<-read.table("meusdados.txt")

Cola todo o seu script ai que não da pra entender muito bem como vc abriu
esses dados.
Esses dados vc ja ve no R?



Em 13 de julho de 2012 14:11, Débora Rodrigues de Souza <
debora.rdsouza em gmail.com> escreveu:

> Augusto,
>
> Antes de qualquer coisa, muito obrigada.
> Entendi todos os passos, mas ainda não consigo fazer.
> Entendi que são duas planilhas de dados (uma com espécies de diferentes
> sítios, e uma com variáveis). Mas gostaria de saber, onde eu altero para
> inserir os meus dados. Eu trabalho "colando" os dados no script. Outra
> coisa, já vi ANOSIM, sendo feito para avaliar a  distribuição do NMDS,
> nesse caso, também é utilizado duas planilhas??
> Estou trabalhando com quatro áreas...abaixo, mando parte da tabela. A
> primeira é das variáveis, e a segunda com os dados de sp.
>
>
> Bom, seguindo o script
>
>
> >library(vegan) #sempre uso o vegan
> > data(dune)  #aqui eu colo a matriz que está abaixo, mas não vejo
> mandeira de alterar o dune...
> > data(dune.env) # aqui necessariamente eu preciso de uma matriz de
> variáveis???
> > dune.dist <- vegdist(dune) #aqui ele calcular a similaridade, mas
> preciso alterar o dune, não é? Como eu devo fazer por exemplo para usar
> Jaccard?//
>
> > attach(dune.env)
> > dune.ano <- anosim(dune.dist, Management)
> > summary(dune.ano)
> > plot(dune.ano)
>
>
>   esp pH umidsolo  1 4 4.6 80  2 7 3.3 70  3 7 3.6 71  4 6 3.3 80
>    Linsp1 Tapsp1 Ectatomsp3 Gnamptsp1 Gnamptosp3  1 2 0 1 10 1  2 3 0 5 2
> 0  3 2 0 0 4 0  4 5 1 1 7 3
>
> Desde já obrigada! E me desculpe tantas perguntas.
> Aguardo resposta.
> Att,
> Débora.
>
> Em 12 de julho de 2012 17:36, Augusto Ribas <ribas.aca em gmail.com>escreveu:
>
>
>
>  Veja se os comentarios abaixo te ajudam.
>> E vc esqueceu de informar que esta usando um pacote a parte do R
>> Essa função pertence a um pacote chamado vegan, se vc não informar que
>> esta usando ele, as pessoas não vão conseguir reproduzir o que vc ta
>> fazendo.
>>
>> #abrindo o pacote
>> library(vegan)
>>
>> #note que aqui vc ta abrindo dados de exemplo, 2 conjuntos de dados
>> data(dune)
>> data(dune.env)
>>
>>
>> #a função head() mostra o começo dos dados, caso seja uma matriz muito
>> longa por exemplo
>> #vc pode usar pra ter uma ideia
>> head(dune)
>> head(dune.env)
>>
>> #no manual explica do que se trata os dados, basicamente dune é uma
>> matriz com colunas sendo as especies e linhas sua ocorrencia
>> #no caso em 20 lugar, cada linha é um lugar
>> #o dune.env é varia variaveis ambientais de cada um desses 20 locais
>> ?dune
>> ?dune.env
>>
>> #primeiro ele calcula a similaride
>> dune.dist <- vegdist(dune)
>> #digita ? o comando que ele explica o que ta fazendo, e como é a sintaxe
>> ?vegdist
>> #veja que aqui vc so calculou a matriz de similaridade entre lugares
>> usando braycurtis
>> dune.dist
>> #qd vc olhou o help la, vc viu que tem um monte de coisa, que nao os
>> dados que ja vem definido, ou seja
>> #é o default, e la tinha ,method="bray", então se vc nao fala ele ta
>> usando isso
>> #ai antes de usar olha o que o comando vai fazer
>> ?anosim
>> #então vc vai dar a similaridade entre lugares, e uma caracteristica
>> ambiental
>> #e ele vai ver se essa caracteristica define a comunidade que ta la
>> mais ou menos
>> #no detalhes ele explica bem o que faz
>> #então vc tem a primeira coisa uma matriz de similaridade, e a
>> segunda, um caracteristica que define cada lugar
>> dune.ano <- anosim(dune.dist, dune.env$Management)
>>
>> #ai vc olha o resultado
>> summary(dune.ano)
>> #e olha ele graficamente
>> plot(dune.ano)
>>
>> #qd vc usa o attach(), vc pode chamar as colunas desse dataframe
>> diretamente
>> #como fez com Management, mas olhe que
>> dune.env$Management
>>
>> #é so como é o uso de cada lugar, um vetor de tamanho 20, se vc ta
>> colocando ali uma matriz não vai funcionar
>> #vc tem que colocar a comunidade, na forma de uma matriz de
>> distancias, e a caracteristica que acha importante.
>> #se ainda não conseguir informe o que vc esta colocando no comando.
>> Informe todo o script que vc ta usando
>> #e explique como são seus dados
>>
>> Bem espero que ajude.
>>
>> Não se esqueça de olhar o guia de postagem ^^
>> http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr
>>
>> Em 12 de julho de 2012 14:26, Débora Rodrigues de Souza
>> <debora.rdsouza em gmail.com> escreveu:
>> > Boa tarde a todos,
>> > Acabei de encontrar essa página de discussões, e achei muito
>> interessante a
>> > ideia, parabéns aos organizadores.
>> > Bom, gostaria de auxílio para executar uma análise de similaridade do
>> tipo
>> > ANOSIM. Sei que o teste é feito a posteriori o NMDS, ou  alguma análise
>> de
>> > ordenação, mas tenho dúvida quando ao script do mesmo. Já tentei
>> seguindo os
>> > passos indicados no manul do programa R, mas fiquei em dúvida em qual
>> > comando devo alterar, para então inserir os meus dados. Estou mexendo
>> nesse
>> > programa a pouco tempo, por isso a dificuldade. Ao que me parece, devo
>> > entrar com dois tipos de planilhas. Mas mesmo colando meus dados, o
>> > resultado que aparece é o da memória do programa. Como alterar isso???
>> > Esse é o script que vejo no programa,
>> >
>> > data(dune)
>> > data(dune.env)
>> > dune.dist <- vegdist(dune)
>> > attach(dune.env)
>> > dune.ano <- anosim(dune.dist, Management)
>> > summary(dune.ano)
>> > plot(dune.ano)
>> >
>> >
>> >
>> > Alguém poderia me ajudar???
>> > Desde já agradeço a atenção, e aguardo resposta.
>> >
>> > Att,
>> > Débora
>> >
>> >
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