[R-br] Dúvida sobre o ANOSIM

[Augusto Ribas]

Veja se os comentarios abaixo te ajudam.
E vc esqueceu de informar que esta usando um pacote a parte do R
Essa função pertence a um pacote chamado vegan, se vc não informar que
esta usando ele, as pessoas não vão conseguir reproduzir o que vc ta
fazendo.

#abrindo o pacote
library(vegan)

#note que aqui vc ta abrindo dados de exemplo, 2 conjuntos de dados
data(dune)
data(dune.env)


#a função head() mostra o começo dos dados, caso seja uma matriz muito
longa por exemplo
#vc pode usar pra ter uma ideia
head(dune)
head(dune.env)

#no manual explica do que se trata os dados, basicamente dune é uma
matriz com colunas sendo as especies e linhas sua ocorrencia
#no caso em 20 lugar, cada linha é um lugar
#o dune.env é varia variaveis ambientais de cada um desses 20 locais
?dune
?dune.env

#primeiro ele calcula a similaride
dune.dist <- vegdist(dune)
#digita ? o comando que ele explica o que ta fazendo, e como é a sintaxe
?vegdist
#veja que aqui vc so calculou a matriz de similaridade entre lugares
usando braycurtis
dune.dist
#qd vc olhou o help la, vc viu que tem um monte de coisa, que nao os
dados que ja vem definido, ou seja
#é o default, e la tinha ,method="bray", então se vc nao fala ele ta usando isso
#ai antes de usar olha o que o comando vai fazer
?anosim
#então vc vai dar a similaridade entre lugares, e uma caracteristica ambiental
#e ele vai ver se essa caracteristica define a comunidade que ta la
mais ou menos
#no detalhes ele explica bem o que faz
#então vc tem a primeira coisa uma matriz de similaridade, e a
segunda, um caracteristica que define cada lugar
dune.ano <- anosim(dune.dist, dune.env$Management)

#ai vc olha o resultado
summary(dune.ano)
#e olha ele graficamente
plot(dune.ano)

#qd vc usa o attach(), vc pode chamar as colunas desse dataframe diretamente
#como fez com Management, mas olhe que
dune.env$Management

#é so como é o uso de cada lugar, um vetor de tamanho 20, se vc ta
colocando ali uma matriz não vai funcionar
#vc tem que colocar a comunidade, na forma de uma matriz de
distancias, e a caracteristica que acha importante.
#se ainda não conseguir informe o que vc esta colocando no comando.
Informe todo o script que vc ta usando
#e explique como são seus dados

Bem espero que ajude.

Não se esqueça de olhar o guia de postagem ^^
http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr

Em 12 de julho de 2012 14:26, Débora Rodrigues de Souza
<debora.rdsouza em gmail.com> escreveu:
> Boa tarde a todos,
> Acabei de encontrar essa página de discussões, e achei muito interessante a
> ideia, parabéns aos organizadores.
> Bom, gostaria de auxílio para executar uma análise de similaridade do tipo
> ANOSIM. Sei que o teste é feito a posteriori o NMDS, ou  alguma análise de
> ordenação, mas tenho dúvida quando ao script do mesmo. Já tentei seguindo os
> passos indicados no manul do programa R, mas fiquei em dúvida em qual
> comando devo alterar, para então inserir os meus dados. Estou mexendo nesse
> programa a pouco tempo, por isso a dificuldade. Ao que me parece, devo
> entrar com dois tipos de planilhas. Mas mesmo colando meus dados, o
> resultado que aparece é o da memória do programa. Como alterar isso???
> Esse é o script que vejo no programa,
>
> data(dune)
> data(dune.env)
> dune.dist <- vegdist(dune)
> attach(dune.env)
> dune.ano <- anosim(dune.dist, Management)
> summary(dune.ano)
> plot(dune.ano)
>
>
>
> Alguém poderia me ajudar???
> Desde já agradeço a atenção, e aguardo resposta.
>
> Att,
> Débora
>
>
>
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código
> mínimo reproduzível.



-- 
Grato
Augusto C. A. Ribas

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