[R-br] Problema com pacote parallel

Vanessa Leotti Torman vleotti em yahoo.com.br
Sexta Abril 20 12:48:03 BRT 2012


Oi Benilton,

Realmente às vezes o Windows mostra o R como "não respondendo" e tudo está funcionando, mas não é o caso aqui. O R aparece como respondendo mas de repente aparece a mensagem de que o "front end" parou de funcionar.

Quando a questão da RAM, eu tenho 8 GB. Para uma simulação parecida que fiz foi suficiente, mas essa é ainda maior. Vou fazer um teste guardando menos objetos, obrigada pela sugestão.
O Windows é 64, mas o R estou usando o 32, pq o OpenBugs é 32. Fazendo uns testes no 64, a simulação era mais lenta incrivelmente, então rodei no R 32.
Você sugere eu usar o Linux é isto?

Grata,
Vanessa



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 De: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho em gmail.com>
Para: r-br em listas.c3sl.ufpr.br; Vanessa Leotti Torman <vleotti em yahoo.com.br> 
Enviadas: Sexta-feira, 20 de Abril de 2012 11:36
Assunto: Re: [R-br] Problema com pacote parallel
 
Ate' onde eu escuto falar, Windows gosta de mostrar o R como
"Application not responding..." apesar de tudo estar funcionando como
deveria.... Imagino que isso seja mais comum inclusive com codigos em
C, qdo a execucao passa para outro nivel.

Como vc diz que os testes com poucas replicacoes funcionam, entao eu
diria que nao ha' problema algum com o parallel. Mas coisas a serem
consideradas sao: vc tem RAM suficiente? O seu Windows e' 32 ou 64
bits? E o R e' 32 ou 64 bits? Como os testes menores funcionam, minha
impressao e' de que vc esta' tendo problemas com a manipulacao dos
resultados e, muito possivelmente, influenciados pelo sistema
operacional.

benilton

2012/4/20 Vanessa Leotti Torman <vleotti em yahoo.com.br>:
> Prezados membros da lista,
>
> Bom dia.
> Estou rodando uma simulação bastante complexa, pois para cada replicação
> tenho que rodar uma cadeia mcmc através do pacote brugs (que necessita do
> software OpenBUGS).
> Para que a execução seja mais rápida, estou usando o pacote paralell, mais
> especificamente a função parCapply deste pacote.
> Os testes com poucas replicações funcionam perfeitamente. Mas quando coloco
> para rodar todas (4000), mesmo após várias horas executando, o Windows dá
> uma mensagem que o R front end parou de funcionar.
> Eu percebo através do gerenciador de tarefas que apenas um dos núcleos parou
> de executar, então clico em fechar e acabo perdendo todos os resultados.
> Já tentei não usar todos os núcleos do processador, mas mesmo assim o
> problema acontece.
> Alguém teria alguma sugestão?
>
> Abraços,
> Vanessa
>
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