[R-br] Problema com pacote parallel

[Benilton Carvalho]

Eu sugiro usar o R em 64 bits... se as restricoes te levarem ao Linux,
a responsabilidade nao e' minha. :-)

Se vc tem observado que, de fato, ao usar uma escala menor, tudo
funciona como esperado... entao ha' mesmo a possibilidade de ser
problemas com a memoria.

Se usar o R em 64 bits nao for uma opcao no momento, talvez valha a
pena salvar os resultados em disco toda vez que algo for computado e
nao retornar nenhum valor via parCapply... Dai', no fim, vc deve ter
algo como 4000 arquivos em disco... e vc usa algum loop para
carrega-los como necessario... Talvez seja uma alternativa???

b

2012/4/20 Vanessa Leotti Torman <vleotti em yahoo.com.br>:
> Oi Benilton,
>
> Realmente às vezes o Windows mostra o R como "não respondendo" e tudo está
> funcionando, mas não é o caso aqui. O R aparece como respondendo mas de
> repente aparece a mensagem de que o "front end" parou de funcionar.
> Quando a questão da RAM, eu tenho 8 GB. Para uma simulação parecida que fiz
> foi suficiente, mas essa é ainda maior. Vou fazer um teste guardando menos
> objetos, obrigada pela sugestão.
> O Windows é 64, mas o R estou usando o 32, pq o OpenBugs é 32. Fazendo uns
> testes no 64, a simulação era mais lenta incrivelmente, então rodei no R 32.
> Você sugere eu usar o Linux é isto?
>
> Grata,
> Vanessa
>
> ________________________________
> De: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho em gmail.com>
> Para: r-br em listas.c3sl.ufpr.br; Vanessa Leotti Torman <vleotti em yahoo.com.br>
> Enviadas: Sexta-feira, 20 de Abril de 2012 11:36
> Assunto: Re: [R-br] Problema com pacote parallel
>
> Ate' onde eu escuto falar, Windows gosta de mostrar o R como
> "Application not responding..." apesar de tudo estar funcionando como
> deveria.... Imagino que isso seja mais comum inclusive com codigos em
> C, qdo a execucao passa para outro nivel.
>
> Como vc diz que os testes com poucas replicacoes funcionam, entao eu
> diria que nao ha' problema algum com o parallel. Mas coisas a serem
> consideradas sao: vc tem RAM suficiente? O seu Windows e' 32 ou 64
> bits? E o R e' 32 ou 64 bits? Como os testes menores funcionam, minha
> impressao e' de que vc esta' tendo problemas com a manipulacao dos
> resultados e, muito possivelmente, influenciados pelo sistema
> operacional.
>
> benilton
>
> 2012/4/20 Vanessa Leotti Torman <vleotti em yahoo.com.br>:
>> Prezados membros da lista,
>>
>> Bom dia.
>> Estou rodando uma simulação bastante complexa, pois para cada replicação
>> tenho que rodar uma cadeia mcmc através do pacote brugs (que necessita do
>> software OpenBUGS).
>> Para que a execução seja mais rápida, estou usando o pacote paralell, mais
>> especificamente a função parCapply deste pacote.
>> Os testes com poucas replicações funcionam perfeitamente. Mas quando
>> coloco
>> para rodar todas (4000), mesmo após várias horas executando, o Windows dá
>> uma mensagem que o R front end parou de funcionar.
>> Eu percebo através do gerenciador de tarefas que apenas um dos núcleos
>> parou
>> de executar, então clico em fechar e acabo perdendo todos os resultados.
>> Já tentei não usar todos os núcleos do processador, mas mesmo assim o
>> problema acontece.
>> Alguém teria alguma sugestão?
>>
>> Abraços,
>> Vanessa
>>
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