<div>Olá pessoal,</div><div><br></div><div>Obrigado pelas dicas (função lmer do "lme4" e "<a href="http://SEI.GE">SEI.GE</a>"), mas o meu problema ainda não foi solucionado. Calcular o sd de herbabilidades estimadas a partir de modelos com efeito aleatório parece não ser uma tarefa simples no R. Os editores das revistas exigem o valor H² acompanhado pelo standard deviation/intervalo de confiança. Como é que os colegas que trabalham com melhoramento apresentam as suas estimativas de herdabilidade? Meus orientadores me ajudaram a calcular isso no SAS e no ASREML para outro design experimental (factorial mating design), mas eu não tenho licença para esses softwares e pretendo migrar 100% para o R até o ano que vem.</div>
<div><br></div><div>Me desculpem por insistir no assunto, mas alguém da lista já calculou essas estatísticas no R?</div><div><br></div><div>Abraços,</div><div><br></div>Paulo Ricardo Gherardi Hein<br>PhD candidate at University of Montpellier 2<br>
CIRAD - PERSYST Department<br>Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16 bur.145<br>Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France<br>phone: +33 4 67 61 44 51 / mobile: +33 6 47 90 57 60<br>
email: <a href="mailto:paulo.hein@cirad.fr">paulo.hein@cirad.fr</a> / skype: paulo_hein<br>
<br><br><div class="gmail_quote"><div style="background-color:#fff"><div><div><div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:14pt"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:14pt"><br>
<div style="border-left:2px solid rgb(16, 16, 255);font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt"><font face="Tahoma" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight:bold">De:</span></b> paulo_hein <<a href="mailto:paulo_hein@yahoo.com.br" target="_blank">paulo_hein@yahoo.com.br</a>><div class="im">
<br><b><span style="font-weight:bold">Para:</span></b> <a href="mailto:R_STAT@yahoogrupos.com.br" target="_blank">R_STAT@yahoogrupos.com.br</a><br></div><b><span style="font-weight:bold">Enviadas:</span></b> Terça-feira, 15 de Março de 2011 13:52:47<br>
<b><span style="font-weight:bold">Assunto:</span></b> [R_STAT] Re: Como estimar os standard deviations de estimativas de herdabilidade em um teste<br></font><div><div></div><div class="h5"><br>
<span> </span>
<div>
<p></p><div><div>Prezado Fábio, obrigado pela sugestão.</div><div><br></div><div>Prezado Fernando, você tem razão. Esse script retorna o valor do desvio padrão de cada componente da variância. No entanto, ao elevarmos os valores ao quadrado, a estimativa da herdabilidade é calculada apartir das variâncias, não é?</div>
<div><br></div><div>O scrip retorna os valores de StdDev do efeito clone, interação clone x site e erro. Aqui vai um exmplo:</div><div><br></div><div>2581<span style="white-space:pre-wrap"> </span>><span style="white-space:pre-wrap"> </span>Resume1<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div>
<div>2582<span style="white-space:pre-wrap"> </span>[[1]]<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div><div>2583<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Linear<span style="white-space:pre-wrap"> </span>mixed-effects<span style="white-space:pre-wrap"> </span>model<span style="white-space:pre-wrap"> </span>fit<span style="white-space:pre-wrap"> </span>by<span style="white-space:pre-wrap"> </span>REML<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div>
<div>2584<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Data:<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Data<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div><div>2585<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Log-restricted-likelihood:<span style="white-space:pre-wrap"> </span>-521.7632<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div>
<div>2586<span style="white-space:pre-wrap">
</span>Fixed:<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Y<span style="white-space:pre-wrap"> </span>~<span style="white-space:pre-wrap"> </span>1<span style="white-space:pre-wrap"> </span>+<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Site<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div>
<div>2587<span style="white-space:pre-wrap"> </span>(Intercept)<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Site302<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Site303<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div>
<div>2588<span style="white-space:pre-wrap"> </span>60.79<span style="white-space:pre-wrap"> </span>-3.38<span style="white-space:pre-wrap"> </span>6.52<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div><div>2590<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Random<span style="white-space:pre-wrap"> </span>effects:<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div>
<div>2591<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Formula:<span style="white-space:pre-wrap"> </span>~1<span style="white-space:pre-wrap"> </span>|<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Clone<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div>
<div>2592<span style="white-space:pre-wrap"> </span>(Intercept)<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div><div>2593<span style="white-space:pre-wrap"> </span>StdDev:<span style="white-space:pre-wrap"> </span><b>2.348988</b><span style="white-space:pre-wrap"> </span></div>
<div>2595<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Formula:<span style="white-space:pre-wrap"> </span>~1<span style="white-space:pre-wrap"> </span>|<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Site<span style="white-space:pre-wrap"> </span>%in%<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Clone<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div>
<div>2596<span style="white-space:pre-wrap"> </span>(Intercept)<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Residual<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div><div>2597<span style="white-space:pre-wrap"> </span>StdDev:<span style="white-space:pre-wrap"> </span><b>5.427933</b><span style="white-space:pre-wrap"> </span><b>7.052537</b><span style="white-space:pre-wrap"> </span></div>
<div>2599<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Number<span style="white-space:pre-wrap"> </span>of<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Observations:<span style="white-space:pre-wrap"> </span>150<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div>
<div>2600<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Number<span style="white-space:pre-wrap"> </span>of<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Groups:<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div><div>2601<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Clone<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Site<span style="white-space:pre-wrap"> </span>%in%<span style="white-space:pre-wrap"> </span>Clone<span style="white-space:pre-wrap"> </span></div>
<div>2602<span style="white-space:pre-wrap"> </span>10<span style="white-space:pre-wrap"> </span>30</div><div><br></div><div>Assim, estou calculando a broad-sense heritability da propriedade [[1]] como: </div><div><br></div>
<div>H² = 2.348988^2 / (2.348988^2 + 5.427933^2 + 7.052537^2)</div><div><br></div><div>O que eu preciso é calcular o standard deviation de cada estimativa de herdabilidade para apresentar os resultados como exigem as principais revistas da área. Algo do tipo:</div>
<div>H² [[1]] = 0.065 (+ ou - SE)</div></div><div><br></div><div>Meu orientador já calculou os SE usando o software ASREML, mas eu quero fazer isso no R.</div><div><br></div><div>Abraços,</div><div><br></div><div>Paulo
Ricardo Gherardi Hein<br>PhD candidate at University of Montpellier 2<br>CIRAD - PERSYST Department<br>Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16 bur.145<br>Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France<br>
phone: <a href="tel:%2B33%204%2067%2061%2044%2051" target="_blank">+33 4 67 61 44 51</a> / mobile: <a href="tel:%2B33%206%2047%2090%2057%2060" target="_blank">+33 6 47 90 57 60</a><br>email: paulo.hein@... / skype: paulo_hein</div>
<div><br></div><div><br></div><div><br></div><br>> ><br>> ><br>> > ------------------------------<br>> > *De:* paulo_hein paulo_hein@...<br>> > *Para:* <a href="mailto:R_STAT@yahoogrupos.com.br" target="_blank">R_STAT@yahoogrupos.com.br</a><br>
> > *Enviadas:* Segunda-feira, 14 de Março de 2011 5:24:20<br>> > *Assunto:* [R_STAT] Como estimar os standard deviations de estimativas de<br>> > herdabilidade em um teste<br>> ><br>> ><br>> ><br>
> > Olá,<br>> > Trabalho com melhoramento de árvores (Eucalyptus) para producão de madeira.<br>> > Atualmente estamos estimando os componentes de variância e herdabilidade de<br>> > algumas propriedades da madeira proveniente de um teste clonal. O design<br>
> > experimental é composto por 10 clones, plantados em 3 sites. Cada clone é<br>> > representado por 5 individuos,
totalizando uma amostragem de 150 árvores (10<br>> > clones x 5 repetições x 3 sites).<br>> ><br>> > A maioria das estimativas do standard deviation de herdabilidades são<br>> > feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las. Alguém<br>
> > trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?<br>> ><br>> > Para estimar os componentes de variância das 120 variáveis (estimados por<br>> > espectroscopia de NIR) estamos usando dois modelos (com e sem interação).<br>
> > Para selecionar os modelos, estamos nos baseado no valor de BIC<br>> > (selecionamos os menor BIC). Os cálculos são feitos a partir dos seguintes<br>> > scripts:<br>> ><br>> > Data <- read.table("CNB150predNIR.csv", dec=".", sep=",", header=T)<br>
> > Data$Site <- as.factor(Data$Site)<br>> > Data$Clone <- as.factor(Data$Clone)<br>> ><br>> > ##
Estimating variance components<br>> > Resume <- NULL<br>> > Resume1 <- NULL<br>> > for (i in 4:124){<br>> > Y <- Data[,i]<br>> > lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="REML")<br>
> > lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data, method="REML")<br>> > Resume <- c(Resume,list(lme))<br>> > Resume1 <- c(Resume1,list(lme1))}<br>> > Resume<br>> > Resume1<br>
> ><br>> > ## For calculating BIC<br>> > Selection <- NULL<br>> > Selection1 <- NULL<br>> > for (i in 4:124){<br>> > Y <- Data[,i]<br>> > lme <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone, data=Data, method="ML")<br>
> > lme1 <- lme(Y~ 1 + Site, random=~1|Clone/Site, data=Data,method="ML")<br>> > Selection <- c(Selection,list(lme))<br>> > Selection1 <- c(Selection1,list(lme1))}<br>> ><br>> > ## To display BIC
results<br>> > Resultat <- NULL<br>> > for (i in 1:121){ lme0 <- Selection[[i]]<br>> > lme1 <- Selection1[[i]]<br>> > Resultat <- c(Resultat,list(anova(lme0,lme1)))}<br>> > Resultat<br>
> ><br>> > e as herdabilidades são estimadas da seguinte forma:<br>> ><br>> > H² (mle) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(Error)^2] ou<br>> > H² (lme1) = sdev(Clone)^2 / [sdev(Clone)^2 + sdev(interaction)^2 +<br>
> > sdev(Error)^2]<br>> ><br>> > A maioria das estimativas do standard deviations de herdabilidades são<br>> > feitas com base nas séries de Taylor, mas não sei como calculá-las. Alguém<br>> > trabalha com esse assunto e conhece alguma solução?<br>
> ><br>> > Atenciosamente,<br>> ><br>> > Paulo Ricardo Gherardi Hein<br>> > PhD candidate at University of Montpellier 2<br>> > CIRAD - PERSYST Department<br>> >
Research unit: Production and Processing of Tropical Woods TA B-40/16<br>> > bur.145<br>> > Adress: 73 rue Jean-François Breton 34398 Montpellier Cedex 5 - France<br>> > phone: <a href="tel:%2B33%204%2067%2061%2044%2051" target="_blank">+33 4 67 61 44 51</a> / mobile: <a href="tel:%2B33%206%2047%2090%2057%2060" target="_blank">+33 6 47 90 57 60</a><br>
> > email: paulo.hein@... / skype: paulo_hein<br>> ><br>> ><br>> ><br>> > <br>> ><br>><br>
</div>
</div></div></div></div>
</div><br>
<p></p>
</div>
<div style="color:#fff;min-height:0">__._,_.___</div>
<div style="clear:both;margin-bottom:10px;white-space:nowrap;color:#666;padding-top:15px"><div><div></div><div class="h5">
<div>
<a href="mailto:ivanalaman@yahoo.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste" style="margin-right:0;padding-right:0" target="_blank">
<span style="font-weight:700"></span></a> |
<a href="mailto:R_STAT@yahoogrupos.com.br?subject=Res%3A%20%5BR_STAT%5D%20Re%3A%20Como%20estimar%20os%20standard%20deviations%20de%20estimativas%20de%20herdabilidade%20em%20um%20teste" target="_blank">
<span style="font-weight:700">através de email</span></a> |
<a href="http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJycDAydGVhBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRtc2dJZAMxNTg2OARzZWMDZnRyBHNsawNycGx5BHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM-?act=reply&messageNum=15868" target="_blank">Responder <span style="font-weight:700">através da web</span></a> |
<a href="http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/post;_ylc=X3oDMTJmZGxhb2hzBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDZnRyBHNsawNudHBjBHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM-" style="font-weight:700" target="_blank">Adicionar um novo tópico</a>
</div>
</div></div><a href="http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/message/15816;_ylc=X3oDMTM3ajNyaGtkBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRtc2dJZAMxNTg2OARzZWMDZnRyBHNsawN2dHBjBHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDMEdHBjSWQDMTU4MTY-" target="_blank">Mensagens neste tópico</a>
(<span style="font-weight:700">5</span>)
</div><div class="im">
<div style="background-color:#e0ecee;font-family:Verdana;font-size:10px;margin-bottom:10px;padding:10px">
<span style="font-weight:bold;color:#333;text-transform:uppercase">Atividade nos últimos dias:</span>
<ul style="list-style-type:none;margin:0;padding:0;display:inline">
<li style="border-right:1px solid #000;font-weight:700;display:inline;padding:0 5px;margin-left:0">
<span><a href="http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT/members;_ylc=X3oDMTJnZ3A1MjJ1BF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDdnRsBHNsawN2bWJycwRzdGltZQMxMzAwMjA5MDQz?o=6" style="text-decoration:none" target="_blank">Novos usuários</a></span>
<span style="color:#ff7900">9</span>
</li>
</ul>
<div style="clear:both;padding-top:2px;color:#1e66ae">
<a href="http://br.groups.yahoo.com/group/R_STAT;_ylc=X3oDMTJmZGEzb2RnBF9TAzk3NDkwNDM3BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDdnRsBHNsawN2Z2hwBHN0aW1lAzEzMDAyMDkwNDM-" style="text-decoration:none" target="_blank">Visite seu Grupo</a>
</div>
</div>
</div><div style="border:1px solid #d8d8d8;clear:both;float:left;font-family:Arial;margin:5px 0 10px 0;padding:0 10px">
<div style="color:#628c2a;font-size:85%;font-weight:700;line-height:122%;margin:10px 0"></div>
<div style="margin-bottom:10px">
<div style="color:#628C2A;font-family:Arial;font-weight:700;padding:0 0">
<a href="http://global.ard.yahoo.com/SIG=15ma38fhn/M=758712.14532720.14422460.12960164/D=brclubs/S=2137111605:MKP1/Y=BR/EXP=1300216243/L=2906f3f2-4f27-11e0-b260-f7d98fbc4947/B=f9YZHtj8fXA-/J=1300209043184208/K=pYIjgOSFvAYXGxXsECIIeg/A=6351150/R=0/id=mkp1/SIG=135ssl89g/*http://tracking.parperfeito.com.br/ppbanner/bannerTracker?originId=1&identifierId=461808&actionId=1" target="_blank">Você pode ser quem está faltando para alguém.</a><img width="1" height="1" alt=""> </div>
</div>
</div><div class="im">
<div style="font-family:Arial;font-size:11px;margin-top:5px;padding:0 2px 0 0;clear:both">
<a href="http://br.groups.yahoo.com/;_ylc=X3oDMTJlbTY0dXIzBF9TAzk3NDkwNDM1BGdycElkAzExOTIzMjc1BGdycHNwSWQDMjEzNzExMTYwNQRzZWMDZnRyBHNsawNnZnAEc3RpbWUDMTMwMDIwOTA0Mw--" style="float:left" target="_blank"><img height="19" width="141" alt="Yahoo! Grupos" style="border:0"></a>
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</div>
</div></div>
<div style="width:160px;float:right;clear:none;margin:0 0 25px 0;background:#fff">
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