[R-br] MCMCglmm - Contraste

[Elias T. Krainski]

Eder, se vc fizer 

  post.bc <- model$Sol[,5] - model$Sol[,10]
isso seria a posteriori desse contraste?


Att.

Elias T. Krainski


----- Mensagem original -----
> De: Eder David Borges da Silva <eder em leg.ufpr.br>
> Para: R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Cc: 
> Enviadas: Quarta-feira, 14 de Dezembro de 2011 9:38
> Assunto: [R-br] MCMCglmm - Contraste
> 
> Bom pessoal ,
> Venho mais uma vez discutir uma duvida computacional e teorica.
> imaginem o seguinte modelo:
> require(MCMCglmm)
> dados <- expand.grid(LOCAL=factor(1:2),
>                      TRAT1=factor(1:2),
>                      TRAT2=LETTERS[1:4],
>                      DATA=factor(1:10),
>                      REP=1:3)
> head(dados)
> dados$RESP <- rpois(nrow(dados),5)
> model<-MCMCglmm(RESP~LOCAL/TRAT1/TRAT2, 
> random=~DATA,family='poisson',
>                data=dados, verbose=FALSE)
> summary(model)
> 
> Dentro deste modelo meu interesse principal é o TRAT2 (4 níveis), pelo
> resultado mostrado a matriz de efeitos fixos X é montada contrastando
> os níveis B C e D com A, porem gostaria de outros constastes como por
> exemplo :
> ## Contraste
> (LOCAL1:TRAT11:TRAT2B) - (LOCAL1:TRAT11:TRAT2C)
> se tivesse a posteriori direta apenas de B e C bastaria fazer apenas
> uma menos a outra porem como tenho ela B-A e C-A, eu creio não poder
> fazer isso, ou estou equivocado?
> Uma das opções que tentei foi mudar o data.frame(dados) alterando a
> ordem de TRAT2 esperando que mudasse a configuração dos contraste mais
> isso não aconteceu, ou fiz errado, desta forma alguém tem uma dica de
> como mudar este matriz para que eu obtenhas os outros contrastes
> desejados?
> Ate mais
> Éder
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