[R-br] MCMCglmm - Contraste

Eder David Borges da Silva eder em leg.ufpr.br
Quarta Dezembro 14 09:38:22 BRST 2011


Bom pessoal ,
Venho mais uma vez discutir uma duvida computacional e teorica.
imaginem o seguinte modelo:
require(MCMCglmm)
dados <- expand.grid(LOCAL=factor(1:2),
                     TRAT1=factor(1:2),
                     TRAT2=LETTERS[1:4],
                     DATA=factor(1:10),
                     REP=1:3)
head(dados)
dados$RESP <- rpois(nrow(dados),5)
model<-MCMCglmm(RESP~LOCAL/TRAT1/TRAT2, random=~DATA,family='poisson',
               data=dados, verbose=FALSE)
summary(model)

Dentro deste modelo meu interesse principal é o TRAT2 (4 níveis), pelo
resultado mostrado a matriz de efeitos fixos X é montada contrastando
os níveis B C e D com A, porem gostaria de outros constastes como por
exemplo :
## Contraste
(LOCAL1:TRAT11:TRAT2B) - (LOCAL1:TRAT11:TRAT2C)
se tivesse a posteriori direta apenas de B e C bastaria fazer apenas
uma menos a outra porem como tenho ela B-A e C-A, eu creio não poder
fazer isso, ou estou equivocado?
Uma das opções que tentei foi mudar o data.frame(dados) alterando a
ordem de TRAT2 esperando que mudasse a configuração dos contraste mais
isso não aconteceu, ou fiz errado, desta forma alguém tem uma dica de
como mudar este matriz para que eu obtenhas os outros contrastes
desejados?
Ate mais
Éder


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