[R-br] MCMCglmm - Contraste

[Eder David Borges da Silva]

Elias,
Fazendo,
 post.bc <- model$Sol[,5] - model$Sol[,9]
estaria fazendo,
(LOCAL1:TRAT11:TRAT2B) - (LOCAL1:TRAT11:TRAT2C)
em resumo o contraste (B-A) - (C-A), minha duvida é se isso anula o
efeito de A e tenho apenas o efeito de (B) - (C), se isso for possível
de ser feito, esta resolvido o problema.
Att



Em 14 de dezembro de 2011 14:05, Elias T. Krainski
<eliaskrainski em yahoo.com.br> escreveu:
> Eder, se vc fizer
>
>   post.bc <- model$Sol[,5] - model$Sol[,10]
> isso seria a posteriori desse contraste?
>
>
> Att.
>
> Elias T. Krainski
>
>
> ----- Mensagem original -----
>> De: Eder David Borges da Silva <eder em leg.ufpr.br>
>> Para: R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> Cc:
>> Enviadas: Quarta-feira, 14 de Dezembro de 2011 9:38
>> Assunto: [R-br] MCMCglmm - Contraste
>>
>> Bom pessoal ,
>> Venho mais uma vez discutir uma duvida computacional e teorica.
>> imaginem o seguinte modelo:
>> require(MCMCglmm)
>> dados <- expand.grid(LOCAL=factor(1:2),
>>                      TRAT1=factor(1:2),
>>                      TRAT2=LETTERS[1:4],
>>                      DATA=factor(1:10),
>>                      REP=1:3)
>> head(dados)
>> dados$RESP <- rpois(nrow(dados),5)
>> model<-MCMCglmm(RESP~LOCAL/TRAT1/TRAT2,
>> random=~DATA,family='poisson',
>>                data=dados, verbose=FALSE)
>> summary(model)
>>
>> Dentro deste modelo meu interesse principal é o TRAT2 (4 níveis), pelo
>> resultado mostrado a matriz de efeitos fixos X é montada contrastando
>> os níveis B C e D com A, porem gostaria de outros constastes como por
>> exemplo :
>> ## Contraste
>> (LOCAL1:TRAT11:TRAT2B) - (LOCAL1:TRAT11:TRAT2C)
>> se tivesse a posteriori direta apenas de B e C bastaria fazer apenas
>> uma menos a outra porem como tenho ela B-A e C-A, eu creio não poder
>> fazer isso, ou estou equivocado?
>> Uma das opções que tentei foi mudar o data.frame(dados) alterando a
>> ordem de TRAT2 esperando que mudasse a configuração dos contraste mais
>> isso não aconteceu, ou fiz errado, desta forma alguém tem uma dica de
>> como mudar este matriz para que eu obtenhas os outros contrastes
>> desejados?
>> Ate mais
>> Éder
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