[R-br] Declarar matriz Z modelos mistos

[Fabio Mathias Corrêa]

Éder,

Os efeitos aleatórios devem ser especificados como no exemplo abaixo.

m1 <- lmer(diametro~1+(1|M1) + (1|M2) + (1|M3) + (1|M4) + (1|M5) + (1|M6) + (1|M7),dados)

summary(m1)
ranef(m1)

dotplot(ranef(m1, postVar=TRUE))$M1 # Plota os efeitos aleatórios e seus IC's.

Valeu!!!

 
        Fábio Mathias Corrêa


   Universidade Estadual de Santa Cruz
Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET


Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna
CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia


Tel.: 73-3680-5076


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De: Eder David Borges da Silva <eder em leg.ufpr.br>
Para: R-br em listas.c3sl.ufpr.br
Enviadas: Domingo, 21 de Agosto de 2011 15:52
Assunto: [R-br] Declarar matriz Z modelos mistos


Pessoal,
dado um modelo y = Xb + Zu + e , modelo misto com Xb parte fixa e Zu parte aleatoria, estou tentando entender melhor a analise feita neste documento, http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/bitstream/doc/883425/1/Doc210.pdf , pagina 54, ao meu entendimento é um modelo misto, onde a mudança é a forma que é construída a matriz Z, que como o autor faz é produzido um efeito aleatório para cada marcador. desta forma gostaria de saber se alguém ja declarou um matriz Z em uma analise de modelo misto no R em especifico na lmer, essa analise é GWS (Seleção genômica ampla), caso alguém tenha familiaridade ficaria grato de umas dicas.

dados <- data.frame(ind=c(1:5),
                    diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55),
                    M1=c(2,1,0,1,1),
                    M2=c(0,1,2,0,0),
                    M3=c(0,0,0,1,0),
                    M4=c(0,0,0,0,1),
                    M5=c(2,1,0,1,1),
                    M6=c(0,1,0,0,1),
                    M7=c(0,0,2,0,0))
dados
require(lme4)

Z <- model.matrix(~-1+M1+M2+M3+M4+M5+M6+M7,dados)
Z ### Esta é a matriz que querro por no modelo
m0 <- lmer(diametro~1+(1|?????),dados)
summary(m0)
ranef(m0)
fixef(m0)
# Meu interesse e ter os componentes de variância e o efeito fixo(Media geral), e os efeitos aleatórios (7, uma para cada marcador)

OBS: Creio que não chegaremos ao valor exato do autor, visto que ele fixou (sigma.erro/(sigma.g/n)) =1.
Obrigado
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