[R-br] Declarar matriz Z modelos mistos

Eder David Borges da Silva eder em leg.ufpr.br
Domingo Agosto 21 15:52:45 BRT 2011


Pessoal,
dado um modelo y = Xb + Zu + e , modelo misto com Xb parte fixa e Zu parte
aleatoria, estou tentando entender melhor a analise feita neste documento,
http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/bitstream/doc/883425/1/Doc210.pdf ,
pagina 54, ao meu entendimento é um modelo misto, onde a mudança é a forma
que é construída a matriz Z, que como o autor faz é produzido um
efeito aleatório para cada marcador. desta forma gostaria de saber
se alguém ja declarou um matriz Z em uma analise de modelo misto no R em
especifico na lmer, essa analise é GWS (Seleção genômica ampla),
caso alguém tenha familiaridade ficaria grato de umas dicas.

dados <- data.frame(ind=c(1:5),
                    diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55),
                    M1=c(2,1,0,1,1),
                    M2=c(0,1,2,0,0),
                    M3=c(0,0,0,1,0),
                    M4=c(0,0,0,0,1),
                    M5=c(2,1,0,1,1),
                    M6=c(0,1,0,0,1),
                    M7=c(0,0,2,0,0))
dados
require(lme4)

Z <- model.matrix(~-1+M1+M2+M3+M4+M5+M6+M7,dados)
Z ### Esta é a matriz que querro por no modelo
m0 <- lmer(diametro~1+(1|?????),dados)
summary(m0)
ranef(m0)
fixef(m0)
# Meu interesse e ter os componentes de variância e o efeito fixo(Media
geral), e os efeitos aleatórios (7, uma para cada marcador)

OBS: Creio que não chegaremos ao valor exato do autor, visto que ele fixou
(sigma.erro/(sigma.g/n)) =1.
Obrigado
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