[R-br] iniciando r...

claudia christina sobrinho do nascimento claudiachris em ig.com.br
Sexta Abril 1 20:40:47 BRT 2011


Colegas,
             estou iniciando o aprendizado com a plataforma R. Alguém tem
dicas, ou sumário dos principais comandos e funções para iniciantes?
Obrigada! Cláudia christina, ouvinte mestrado Epidemiologia/saude
coletiva/IMS/UERJ

Em 1 de abril de 2011 11:29, Emmanuel Arnhold
<emmanuelarnhold em yahoo.com.br>escreveu:

>   # Colegas ... no exemplo abaixo tento realizar uma análise do
> desdobramento (via glht:multcomp) do fator Proteína dentro do nível L1 e L2
> do fator Linhagens.
>
>
>
> #Quem tiver um tempo e interesse gostaria que desse uma olhada e me desse
> uma opinião ou uma forma mais fácil de fazer o desdobramento
>
>
>
> Proteína
>
>   Linhagens
>
> Peso
>
> p1
>
> L1
>
> 1.6
>
> p1
>
> L1
>
> 1.7
>
> p1
>
> L2
>
> 2.3
>
> p1
>
> L2
>
> 2.2
>
> p2
>
> L1
>
> 1.9
>
> p2
>
> L1
>
> 2
>
> p2
>
> L2
>
> 2.2
>
> p2
>
> L2
>
> 2.3
>
> p3
>
> L1
>
> 2.3
>
> p3
>
> L1
>
> 2.4
>
> p3
>
> L2
>
> 2.3
>
> p3
>
> L2
>
> 2.3
>
> y=read.table("clipboard", h=T)
>
>
>
> attach(y)
>
>
>
> m=aov(Peso~Proteína+Linhagens+Proteína*Linhagens )
>
> anova(m)
>
>
>
> * # análise via agricolae*
>
> * *
>
> *require(agricolae)*
>
> df<-df.residual(m)
>
> MSError<-deviance(m)/ df.residual(m)
>
>
>
> * *
>
> *#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 1*
>
> **
>
> with(subset(y, Linhagens == "L1"), HSD.test(Peso,Proteína, df,  MSError,
> group=F))
>
> *#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2*
>
> with(subset(y, Linhagens == "L2"), HSD.test(Peso,Proteína, df,  MSError,
> group=F))
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> *# análise via multcomp*
>
> * *
>
> *require(multcomp)*
>
> * *
>
> a=subset(y, Linhagens == "L1")
>
> b=subset(y, Linhagens == "L2")
>
>
>
> #*#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 1, OK!!!!*
>
>
>
> y1=with(a, glht (m,  linfct = mcp(Proteína = "Tukey" )))
>
> summary(y1)
>
>
>
> *#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2, RODA DENTRO DA LINHAGEM
> 1?????*
>
> y2=with(b, glht (m,  linfct = mcp(Proteína ="Tukey")))
>
> summary(y2)
>
>
>
>
>
>
>
> *#Criei um sistema que segue abaixo. Consiste em trocar os códigos dos
> níveis do fator Linhagens*
>
> * *
>
> *Linhagens=c('L2', 'L2', 'L1', 'L1', 'L2', 'L2', 'L1', 'L1', 'L2', 'L2',
> 'L1', 'L1')*
>
> Linhagens=as.factor(*Linhagens)*
>
> y=data.frame(Proteína, Linhagens, Peso)
>
>
>
> a=subset(y, Linhagens == "L1")
>
> m2=aov(Peso~Proteína+Linhagens+Proteína*Linhagens)
>
>
>
>
>
> *#Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2, OK!!! Agora temos o
> resultado correto!!!*
>
> y1=with(a, glht (m2,  linfct = mcp(Proteína = "Tukey" )))
>
> summary(y1)
>
> * *
>
> * *
>
> *Perguntas.*
>
> * *
>
> *Alguém tem uma solução mais fácil? Prática?*
>
> * *
>
> *Como** trocar o código dos níveis dos fatores de maneira mais fácil?*
>
> * *
>
> * *
>
> * *
>
> *Obrigado desde já por qualquer colaboração.*
>
> * *
>
> *Emmanuel Arnhold*
>
> * *
>
> * *
>
> * *
>
> * *
>
> * *
>
>
>
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