Um grande erro está no seu SO. Vejo grandes problemas no seu
computador, o primeiro que você está usando um sistema 32 bits e
possivelmente seu processador é 64 bits. No que diz respeito a
alocação de memória boa parcela do seu problema se deve ao SO, só para
inicializar seu sistema operacional sem rodar nada o windows toma mais
de 50% de sua memória, ou seja, não tem 2 GB livre para o R. Você
necessita ler realmente todo o conjunto de dados. Não dar para ler uma
parte dos dados, fazer as contas que você precisa e depois ler o
restante dos dados?

Dê uma lida no manual do pacote bigmemory.

Em 4 de janeiro de 2012 12:22, Edson Lira [via R-br]
<ml-node+s2285057n4261636h93@n4.nabble.com> escreveu:
> Amigos, tenho um arquivo com milhões de registro. Uso a rotina abaixo.
> require(RODBC)
>
> channel<-odbcConnect("saddw",uid="saddw",case="tolower")
>
> #SOROLOGIA GERAL
> channel<-odbcConnect("saddw",uid="saddw",case="tolower")
>
>
>> soro<- sqlQuery(channel, "select
>> doador_dw.sexo,doador_dw.idade,doador_dw.qtde_doacoes,
> +
> doador_dw.numerogente,doacao_dw.numerogente,sorologias_dw.numerogente,
> +
> sorologias_dw.exame,sorologias_dw.patologia,sorologias_dw.resultado,doacao_dw.tipodoacao,
> +
> sorologias_dw.metodo,sorologias_dw.basicasorologia,sorologias_dw.dataexamesorologia
> +     from saddw.doador_dw, saddw.doacao_dw,saddw.sorologias_dw
> +     where doador_dw.numerogente=sorologias_dw.numerogente
> +     and doacao_dw.numerogente=doador_dw.numerogente
> +     and to_char(sorologias_dw.dataexamesorologia,'DD/MM/YYYY') >=
> to_date('01/01/2010','DD/MM/YYYY')
> +     and to_char(sorologias_dw.dataexamesorologia,'DD/MM/YYYY') <=
> to_date('31/12/2011','DD/MM/YYYY')")
>
> tenho esse erro, como resolver?
>
> Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 26.8 Mb
> Meu computador tem 2 giga de ram.
>
> Uso o windows 7 32 bits. A versão do R é a 2.14
>
> Edson Lira
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Saudações,
Pedro Rafael Diniz Marinho.
Estatístico - Secretaria de Estado da Saúde - PB.