Interação significativa em regressão logística
Prezados, tenho um modelo logístico do tipo: Prenhez (+/_) -> (Método de inseminação (0,1); Época do ano (0,1); interação) A interação foi significativa. Então, avaliei os métodos em cada época, ou seja, fiz dois modelos mais simples, um para cada época: Prenhez (+/_) -> (Método de inseminação (0,1)) (considerando a época 1 e teve efeito do método) Prenhez (+/_) -> (Método de inseminação (0,1)) (considerando a época 0 e nãp teve efeito do método) O procedimento é esse mesmo? Fiz via glm. Tem uma maneira diferente de fazer essa avaliação? Tenho mesmo que partir para modelos separados dentro de cada época? Agradeço a opinião dos colegas. Marcelo
Marcelo, Você não precisa, ao verificar interação, partir para o ajuste do modelo separado. Usar toda a amostra em um mesmo modelo confere mais consistência. Você pode ajustar o modelo de interação com a seguinte fórmula m0 <- glm(prenhez~época/método, ...) que irá obter o mesmo ajuste, pórem com coeficientes diferentes, pois dessa forma estamos declarando o efeito de época e de método dentro de época. Para facilitar a sua vida, você pode usar a função contrast::contrast() para fazer a comparação de métodos separados por época levels(época) levels(método) contrast(m0, list(época="epoca1", método="método1"), list(época="epoca1", método="método2")) À disposição. Walmes. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
Olá Walmes. Muitíssimo obrigado pela dica. Aproveitando o exemplo, gostaria de saber se é possível alterar a ordem de comparação das categorias dentro de um fator???, ou seja, como alterar a odds tipo: Factor Método método1 vs método2 método2 vs método1 E como fazer um teste de ajuste do modelo via glm, como o qui-quadrado de Pearson e o qui-quadrado da razão de verossimilhanças????? E se teria uma função que eu possa estudar que crie uma tabela de contingência com as percentagens ou freqüências relativas de cada categoria dentro dos fatores??? Ou um material com este tipo de análise. Obrigado Walmes. Marcelo C. Mello --- Em sex, 15/4/11, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> escreveu: De: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> Assunto: Re: [R-br] Interação significativa em regressão logística Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Data: Sexta-feira, 15 de Abril de 2011, 13:52 Marcelo, Você não precisa, ao verificar interação, partir para o ajuste do modelo separado. Usar toda a amostra em um mesmo modelo confere mais consistência. Você pode ajustar o modelo de interação com a seguinte fórmula m0 <- glm(prenhez~época/método, ...) que irá obter o mesmo ajuste, pórem com coeficientes diferentes, pois dessa forma estamos declarando o efeito de época e de método dentro de época. Para facilitar a sua vida, você pode usar a função contrast::contrast() para fazer a comparação de métodos separados por época levels(época) levels(método) contrast(m0, list(época="epoca1", método="método1"), list(época="epoca1", método="método2")) À disposição. Walmes. À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== -----Anexo incorporado----- _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Marcelo, Mudar os níveis dos fatores: relevel(); Não sei ao certo o que você quer dizer sobre teste de ajuste do modelo. Se for para testar a hipótese equidispersão, pode usar a pchisq(), se for para testar inclusão de termos (modelos aninhados) pode usar anova(). Para tabela de contingências use table() e prob.table(). Dê uma olhada no código R dos exemplos de http://www.ats.ucla.edu/stat/dae/ À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
Obrigado mais uma vez Walmes. O teste é o do qui-quadrado mesmo. Testa se os valores preditos pelo modelo são próximos dos observados (avalia a qualidade do modelo). Penso que se refere as probabilidades. Se for isso mesmo posso obter as preditas por fitted(modelo). Mas não sei como usar uma fórmula para obter as observadas no R? A função prob.table é de algum pacote específico? Não consegui rodar ela. Obrigado. Marcelo --- Em seg, 18/4/11, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> escreveu: De: Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> Assunto: Re: [R-br] Interação significativa em regressão logística Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Data: Segunda-feira, 18 de Abril de 2011, 14:14 Marcelo, Mudar os níveis dos fatores: relevel(); Não sei ao certo o que você quer dizer sobre teste de ajuste do modelo. Se for para testar a hipótese equidispersão, pode usar a pchisq(), se for para testar inclusão de termos (modelos aninhados) pode usar anova(). Para tabela de contingências use table() e prob.table(). Dê uma olhada no código R dos exemplos de http://www.ats.ucla.edu/stat/dae/ À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== -----Anexo incorporado----- _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Marcelo, A prop.table() é do base, base::prop.table(), veja apropos("prop") help(prop.table, help_type="html") Veja a documentação da stats::chisq.test() para testar essa bondade de ajuste medido por preditos e observados. Embora com glm eu prefiro a análise de resíduos, nunca usei a chisq.test(), nem sei se aplica ao caso. apropos("chisq") help(chisq.test, help_type="html") À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
Walmes, O que o '/' no formula faz? Seria um equivalente pro %in% ? 2011/4/18 Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com>
Marcelo,
A prop.table() é do base, base::prop.table(), veja
apropos("prop") help(prop.table, help_type="html")
Veja a documentação da stats::chisq.test() para testar essa bondade de ajuste medido por preditos e observados. Embora com glm eu prefiro a análise de resíduos, nunca usei a chisq.test(), nem sei se aplica ao caso.
apropos("chisq") help(chisq.test, help_type="html")
À disposição. Walmes.
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Rodrigo, Seria equivalente sim. O uso do "%in%" tem sido abandonado, usa-se o "/" no lugar. Na formula "y~fator1/fator2", quer dizer que os níveis de fator2 estão aninhados dentro do fator1. Mas não há necessiddade de ter fatores com níveis aninhados para usar essa fórmula, pode-se usá-la com fatores completamente cruzados. Isso é o que fazemos quando queremos desdobrar a interação. O que ela faz é montar uma nova matriz de incidência para os efeitos, e portanto muda sua interpretação. Para ver isso é só pedir model.matrix() do modelo sob duas diferentes fórmulas e observar os nomes das colunas e valores que incidem em cada linha. As diferentes opções para contraste (contr.treatment, contr.helmert, contr.sum, contr.poly, ...) também modificam as interpretação dos coeficientes pois uma restrição diferente é imposta. da <- expand.grid(f1=gl(2,2), f2=gl(2,1)) da$y <- rnorm(nrow(da)) m0 <- lm(y~f1*f2, da) # níveis completamente cruzados model.matrix(m0) m1 <- lm(y~f1/f2, da) # níveis aninhados model.matrix(m1) m2 <- lm(y~f1*f2, da, # níveis completamente cruzados contrast=list(f1=contr.sum)) # contraste soma efeitos = zero model.matrix(m2) À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
participantes (3)
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Marcelo Cardoso mello -
Rodrigo Coster -
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