Ajuda modelo hierárquico de poisson com variância robusta
Olá Estou enviando uma dúvida de um amigo: Ele está rodando um modelo hierárquico de poisson com variância robusta structure(list(AFDIC = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), F6rec = structure(c(1L, 2L, 1L, 5L, 4L, 5L, 5L, 5L, 2L, 5L, 1L, 4L, 5L, 5L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 4L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 4L, 2L, 2L, 2L, 3L, 2L, 3L, 2L, 2L, 5L, 1L, 1L, 2L, 3L, 2L, 2L, 1L, 2L, 4L, 3L, 1L, 3L, 1L, 3L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 1L, 5L, 1L, 4L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 4L, 2L, 1L, 3L, 5L, 2L, 1L, 3L, 2L, 4L, 1L, 2L, 4L, 4L, 2L, 2L, 1L, 3L, 2L, 4L, 2L, 2L), .Label = c("1", "2", "3", "4", "5"), class = "factor")), .Names = c("AFDIC", "F6rec"), row.names = c(NA, -99L), class = "data.frame") # Quando ele roda o modelo o resultado do p-valor é para cada categoria da variável, porém ele gostaria também de obter o valor da variável como um todo: banco$F6rec=as.factor(banco$F6rec) library(epicalc) library(lmtest) library(sandwich) model2=glm(AFDIC~F6rec,family=poisson,data=banco) coeftest(model2, vcov=sandwich) z test of coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -2.77259 0.68465 -4.0496 5.13e-05 *** F6rec2 1.49165 0.73551 2.0281 0.04255 * F6rec3 1.16315 0.93207 1.2479 0.21206 F6rec4 -15.53000 0.74810 -20.7592 < 2.2e-16 *** F6rec5 0.47000 1.16994 0.4017 0.68788 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 #Observe que o resultado é para cada categoria de F6rec (F6rec2, F6rec3, F6rec4, F6rec,5), porém ele gostaria de obter também o p-valor para o F6rec como um todo, quando ele rodar o modelo multivariado ele que decidir se mantem essa variável ou não. Vocês têm alguma ideia? Abraços -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942
Acredito que o problema está na criação da variável dummy. Será que o reshape::combine_factor() ajuda? Abraços 2012/6/25 Sérgio Henrique almeida da silva ju <sergio.edfisica@gmail.com>
Olá
Estou enviando uma dúvida de um amigo:
Ele está rodando um modelo hierárquico de poisson com variância robusta
structure(list(AFDIC = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), F6rec = structure(c(1L, 2L, 1L, 5L, 4L, 5L, 5L, 5L, 2L, 5L, 1L, 4L, 5L, 5L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 4L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 4L, 2L, 2L, 2L, 3L, 2L, 3L, 2L, 2L, 5L, 1L, 1L, 2L, 3L, 2L, 2L, 1L, 2L, 4L, 3L, 1L, 3L, 1L, 3L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 1L, 5L, 1L, 4L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 4L, 2L, 1L, 3L, 5L, 2L, 1L, 3L, 2L, 4L, 1L, 2L, 4L, 4L, 2L, 2L, 1L, 3L, 2L, 4L, 2L, 2L), .Label = c("1", "2", "3", "4", "5"), class = "factor")), .Names = c("AFDIC", "F6rec"), row.names = c(NA, -99L), class = "data.frame")
# Quando ele roda o modelo o resultado do p-valor é para cada categoria da variável, porém ele gostaria também de obter o valor da variável como um todo:
banco$F6rec=as.factor(banco$F6rec) library(epicalc) library(lmtest) library(sandwich)
model2=glm(AFDIC~F6rec,family=poisson,data=banco) coeftest(model2, vcov=sandwich)
z test of coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -2.77259 0.68465 -4.0496 5.13e-05 *** F6rec2 1.49165 0.73551 2.0281 0.04255 * F6rec3 1.16315 0.93207 1.2479 0.21206 F6rec4 -15.53000 0.74810 -20.7592 < 2.2e-16 *** F6rec5 0.47000 1.16994 0.4017 0.68788 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
#Observe que o resultado é para cada categoria de F6rec (F6rec2, F6rec3, F6rec4, F6rec,5), porém ele gostaria de obter também o p-valor para o F6rec como um todo, quando ele rodar o modelo multivariado ele que decidir se mantem essa variável ou não.
Vocês têm alguma ideia?
Abraços
-- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942
-- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942
Tentei rodar o script, mas a partir daí não roda mais: banco$F6rec=as.factor(banco$F6rec) Erro em is.factor(x) : objeto 'banco' não encontrado Será que o reshape::combine_factor() ajuda? Abraços 2012/6/25 Sérgio Henrique almeida da silva ju <sergio.edfisica@gmail.com> Olá Estou enviando uma dúvida de um amigo: Ele está rodando um modelo hierárquico de poisson com variância robusta structure(list(AFDIC = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), F6rec = structure(c(1L, 2L, 1L, 5L, 4L, 5L, 5L, 5L, 2L, 5L, 1L, 4L, 5L, 5L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 4L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 4L, 2L, 2L, 2L, 3L, 2L, 3L, 2L, 2L, 5L, 1L, 1L, 2L, 3L, 2L, 2L, 1L, 2L, 4L, 3L, 1L, 3L, 1L, 3L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 1L, 5L, 1L, 4L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 4L, 2L, 1L, 3L, 5L, 2L, 1L, 3L, 2L, 4L, 1L, 2L, 4L, 4L, 2L, 2L, 1L, 3L, 2L, 4L, 2L, 2L), .Label = c("1", "2", "3", "4", "5"), class = "factor")), .Names = c("AFDIC", "F6rec"), row.names = c(NA, -99L), class = "data.frame") # Quando ele roda o modelo o resultado do p-valor é para cada categoria da variável, porém ele gostaria também de obter o valor da variável como um todo: banco$F6rec=as.factor(banco$F6rec) library(epicalc) library(lmtest) library(sandwich) model2=glm(AFDIC~F6rec,family=poisson,data=banco) coeftest(model2, vcov=sandwich) z test of coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) (Intercept) -2.77259 0.68465 -4.0496 5.13e-05 *** F6rec2 1.49165 0.73551 2.0281 0.04255 * F6rec3 1.16315 0.93207 1.2479 0.21206 F6rec4 -15.53000 0.74810 -20.7592 < 2.2e-16 *** F6rec5 0.47000 1.16994 0.4017 0.68788 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 #Observe que o resultado é para cada categoria de F6rec (F6rec2, F6rec3, F6rec4, F6rec,5), porém ele gostaria de obter também o p-valor para o F6rec como um todo, quando ele rodar o modelo multivariado ele que decidir se mantem essa variável ou não. Vocês têm alguma ideia? Abraços -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942 -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942 ------------------------------------------------------------------------------ _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Isso depende do tipo de contraste usado (contr.tratment, contr.sum, contr.helmert, ...). O que é obter o p-valor como um todo? Se ele tem contrates específicos para testar pode-se usar a multcomp::glht(), se ele quer testar grupos de contrastes pode-se usar a aod::wald.test(). E também é possível usar anova(). À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
Oi Walmes Obrigado por sua resposta! Obter o p-valor como todo da variável seria por exemplo: Pr(>|z|) (Intercept) 5.13e-05 *** F6rec ?????? F6rec2 0.04255 * F6rec3 0.21206 F6rec4 < 2.2e-16 *** F6rec5 0.68788 Lembrando que ele quer rodar um modelo multivariado, para decidir (quando a variável for um fator) se mantem a mesma no modelo ou não, o modelo acima é só um exemplo, com uma variável resposta F6rec. Em 26 de junho de 2012 09:01, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com>escreveu:
Isso depende do tipo de contraste usado (contr.tratment, contr.sum, contr.helmert, ...). O que é obter o p-valor como um todo? Se ele tem contrates específicos para testar pode-se usar a multcomp::glht(), se ele quer testar grupos de contrastes pode-se usar a aod::wald.test(). E também é possível usar anova().
À disposição. Walmes.
========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
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-- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942
O seu estatistico local diria: ajuste um modelo com o fator e outro sem... dai' faca um teste de razao de verossimilhanca e mensure o ganho a partir dai'.... b 2012/6/26 Sérgio Henrique almeida da silva ju <sergio.edfisica@gmail.com>:
Oi Walmes
Obrigado por sua resposta!
Obter o p-valor como todo da variável seria por exemplo:
Pr(>|z|) (Intercept) 5.13e-05 *** F6rec ?????? F6rec2 0.04255 * F6rec3 0.21206 F6rec4 < 2.2e-16 *** F6rec5 0.68788
Lembrando que ele quer rodar um modelo multivariado, para decidir (quando a variável for um fator) se mantem a mesma no modelo ou não, o modelo acima é só um exemplo, com uma variável resposta F6rec.
Em 26 de junho de 2012 09:01, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> escreveu:
Isso depende do tipo de contraste usado (contr.tratment, contr.sum, contr.helmert, ...). O que é obter o p-valor como um todo? Se ele tem contrates específicos para testar pode-se usar a multcomp::glht(), se ele quer testar grupos de contrastes pode-se usar a aod::wald.test(). E também é possível usar anova().
À disposição. Walmes.
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Oi Benilton Obrigado A orientadora dele é estatística e trabalha com R, porém não sei pq eles não chegaram a uma solução. Abraços Em 26 de junho de 2012 11:03, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com>escreveu:
O seu estatistico local diria: ajuste um modelo com o fator e outro sem... dai' faca um teste de razao de verossimilhanca e mensure o ganho a partir dai'.... b
2012/6/26 Sérgio Henrique almeida da silva ju <sergio.edfisica@gmail.com>:
Oi Walmes
Obrigado por sua resposta!
Obter o p-valor como todo da variável seria por exemplo:
Pr(>|z|) (Intercept) 5.13e-05 *** F6rec ?????? F6rec2 0.04255 * F6rec3 0.21206 F6rec4 < 2.2e-16 *** F6rec5 0.68788
Lembrando que ele quer rodar um modelo multivariado, para decidir (quando a variável for um fator) se mantem a mesma no modelo ou não, o modelo acima é só um exemplo, com uma variável resposta F6rec.
Em 26 de junho de 2012 09:01, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> escreveu:
Isso depende do tipo de contraste usado (contr.tratment, contr.sum, contr.helmert, ...). O que é obter o p-valor como um todo? Se ele tem contrates específicos para testar pode-se usar a multcomp::glht(), se
ele
quer testar grupos de contrastes pode-se usar a aod::wald.test(). E também é possível usar anova().
À disposição. Walmes.
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Mas vou dar essa dica pra ele! Obrigado mais uma vez Em 26 de junho de 2012 11:08, Sérgio Henrique almeida da silva ju < sergio.edfisica@gmail.com> escreveu:
Oi Benilton
Obrigado
A orientadora dele é estatística e trabalha com R, porém não sei pq eles não chegaram a uma solução.
Abraços
Em 26 de junho de 2012 11:03, Benilton Carvalho < beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
O seu estatistico local diria: ajuste um modelo com o fator e outro
sem... dai' faca um teste de razao de verossimilhanca e mensure o ganho a partir dai'.... b
2012/6/26 Sérgio Henrique almeida da silva ju <sergio.edfisica@gmail.com
: Oi Walmes
Obrigado por sua resposta!
Obter o p-valor como todo da variável seria por exemplo:
Pr(>|z|) (Intercept) 5.13e-05 *** F6rec ?????? F6rec2 0.04255 * F6rec3 0.21206 F6rec4 < 2.2e-16 *** F6rec5 0.68788
Lembrando que ele quer rodar um modelo multivariado, para decidir (quando a variável for um fator) se mantem a mesma no modelo ou não, o modelo acima é só um exemplo, com uma variável resposta F6rec.
Em 26 de junho de 2012 09:01, Walmes Zeviani <walmeszeviani@gmail.com> escreveu:
Isso depende do tipo de contraste usado (contr.tratment, contr.sum, contr.helmert, ...). O que é obter o p-valor como um todo? Se ele tem contrates específicos para testar pode-se usar a multcomp::glht(), se
ele
quer testar grupos de contrastes pode-se usar a aod::wald.test(). E também é possível usar anova().
À disposição. Walmes.
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-- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942
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participantes (4)
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Benilton Carvalho -
Mauro Sznelwar -
Sérgio Henrique almeida da silva ju -
Walmes Zeviani