Re: [R-br] Anosim_dúvidas (Silma Leite Rocha)
Olá, Silma A anosim é um teste de aleatorização de matrizes (mais ou menos parecido com o teste de Mantel, que é bem mais conhecido) que "pergunta" se em uma matriz de distância (ou de similaridade, tanto faz), as distâncias dentro de uma classe é diferente das distâncias entre diferentes classes. Em que contexto você precisa usar a análise? Ela é muito usada em ecologia de comunidades, quando temos uma matriz de distância entre unidades amostrais com dados de presença ou abundância de espécies. A matriz é normalmente construída com uma métrica apropriada para este tipo de dados (Jaccard, Bray-Curtios, etc), e as unidades amostrais pertencem a diferentes classes (estações, tipos de ambiente, etc). A análise pode ser feita pelo comando anosim() do pacote vegan. Você irá precisar de dois objetos: a matriz, que poderá ser criada com um comando como dist() ou vegdist() (este último contem boa parte das métricas típicas da ecologia de comunidades); e um vetor que contenha todas as classes, para cada unidade amostral. Veja o exemplo a seguir, com dados inventados, para ter uma ideia de como funciona: ####Início do Script#### library(vegan) dados<-structure(list(UA = 1:8, Ambiente = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("A", "B"), class = "factor"), sp1 = c(2L, 0L, 3L, 1L, 3L, 1L, 3L, 0L), sp2 = c(1L, 4L, 1L, 4L, 0L, 3L, 4L, 5L), sp3 = c(1L, 0L, 5L, 0L, 4L, 4L, 3L, 1L), sp4 = c(1L, 3L, 2L, 3L, 0L, 0L, 3L, 5L), sp5 = c(5L, 2L, 3L, 4L, 2L, 5L, 4L, 4L)), .Names = c("UA", "Ambiente", "sp1", "sp2", "sp3", "sp4", "sp5"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L)) dados #Apenas para visualizar matriz<-vegdist(dados[,3:7], method="bray") classes<-dados$Ambiente anosim(matriz, classes) ####Fim do Script#### Recomendo que você dê uma olhada no material do pacote vegan que está no CRAN, pois ele apresenta um manual bem detalhado. Espero ter ajudado Atenciosamente Marcos Em 30 de junho de 2014 11:17, <r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br
Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br
Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
Tópicos de Hoje:
1. Anosim_dúvidas (Silma Leite Rocha) 2. Re: Questão de concurso verossimilhança... (Leal) 3. Re: Questão de concurso verossimilhança... (Leal) 4. Re: Questão de concurso verossimilhança... (Paulo Justiniano) 5. Função 'getManyCsv" (Leonardo Monteiro) 6. Resíduos agrupados dataset: Iris (Helder Gramacho) 7. Re: Resíduos agrupados dataset: Iris (Leonardo Ferreira Fontenelle) 8. combinar Cluster e Ordination (PCA) (Jackson Rodrigues) 9. Re: Resíduos agrupados dataset: Iris (Vinicius Brito Rocha) 10. Re: Resíduos agrupados dataset: Iris (Helder Gramacho)
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Message: 1 Date: Sun, 29 Jun 2014 15:39:05 -0300 From: Silma Leite Rocha <silmalrocha22@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Anosim_dúvidas Message-ID: <CAKsbjo59LB33j= TsL2cdtU5enRReUETTMonf2Sz+ZpHK+e41-g@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Boa tarde,
preciso aprender a fazer uma análise - Anosim. Dei uma olhadinha no grupo e vi que já fizeram uma postagem sobre isso mas não entendi muito. Por exemplo: uma pessoa cita que são necessárias duas tabelas, o que seria essa outra tabela? Alguém teria o script para me ajudar? Nunca trabalhei com este tipo de análise. Fiz os meus testes utilizando o G-test em um artigo, e o referee solicitou que eu substituísse a análise pela Anosim.
Desde já agradeço o auxílio. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140629/001bc91c/attac...
-- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia
Marcos Vital muito obrigada pelas informações! Já comecei a entender todo o processo. Vou ler um pouco mais sobre essa análise. Muito obrigada!! Em 30 de junho de 2014 11:41, Marcos Vital <marcosvital@gmail.com> escreveu:
Olá, Silma
A anosim é um teste de aleatorização de matrizes (mais ou menos parecido com o teste de Mantel, que é bem mais conhecido) que "pergunta" se em uma matriz de distância (ou de similaridade, tanto faz), as distâncias dentro de uma classe é diferente das distâncias entre diferentes classes.
Em que contexto você precisa usar a análise? Ela é muito usada em ecologia de comunidades, quando temos uma matriz de distância entre unidades amostrais com dados de presença ou abundância de espécies. A matriz é normalmente construída com uma métrica apropriada para este tipo de dados (Jaccard, Bray-Curtios, etc), e as unidades amostrais pertencem a diferentes classes (estações, tipos de ambiente, etc).
A análise pode ser feita pelo comando anosim() do pacote vegan. Você irá precisar de dois objetos: a matriz, que poderá ser criada com um comando como dist() ou vegdist() (este último contem boa parte das métricas típicas da ecologia de comunidades); e um vetor que contenha todas as classes, para cada unidade amostral.
Veja o exemplo a seguir, com dados inventados, para ter uma ideia de como funciona:
####Início do Script####
library(vegan)
dados<-structure(list(UA = 1:8, Ambiente = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("A", "B"), class = "factor"), sp1 = c(2L, 0L, 3L, 1L, 3L, 1L, 3L, 0L), sp2 = c(1L, 4L, 1L, 4L, 0L, 3L, 4L, 5L), sp3 = c(1L, 0L, 5L, 0L, 4L, 4L, 3L, 1L), sp4 = c(1L, 3L, 2L, 3L, 0L, 0L, 3L, 5L), sp5 = c(5L, 2L, 3L, 4L, 2L, 5L, 4L, 4L)), .Names = c("UA", "Ambiente", "sp1", "sp2", "sp3", "sp4", "sp5"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))
dados #Apenas para visualizar
matriz<-vegdist(dados[,3:7], method="bray") classes<-dados$Ambiente
anosim(matriz, classes)
####Fim do Script####
Recomendo que você dê uma olhada no material do pacote vegan que está no CRAN, pois ele apresenta um manual bem detalhado.
Espero ter ajudado
Atenciosamente
Marcos
Em 30 de junho de 2014 11:17, <r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
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1. Anosim_dúvidas (Silma Leite Rocha) 2. Re: Questão de concurso verossimilhança... (Leal) 3. Re: Questão de concurso verossimilhança... (Leal) 4. Re: Questão de concurso verossimilhança... (Paulo Justiniano) 5. Função 'getManyCsv" (Leonardo Monteiro) 6. Resíduos agrupados dataset: Iris (Helder Gramacho) 7. Re: Resíduos agrupados dataset: Iris (Leonardo Ferreira Fontenelle) 8. combinar Cluster e Ordination (PCA) (Jackson Rodrigues) 9. Re: Resíduos agrupados dataset: Iris (Vinicius Brito Rocha) 10. Re: Resíduos agrupados dataset: Iris (Helder Gramacho)
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Message: 1 Date: Sun, 29 Jun 2014 15:39:05 -0300 From: Silma Leite Rocha <silmalrocha22@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Anosim_dúvidas Message-ID: <CAKsbjo59LB33j= TsL2cdtU5enRReUETTMonf2Sz+ZpHK+e41-g@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Boa tarde,
preciso aprender a fazer uma análise - Anosim. Dei uma olhadinha no grupo e vi que já fizeram uma postagem sobre isso mas não entendi muito. Por exemplo: uma pessoa cita que são necessárias duas tabelas, o que seria essa outra tabela? Alguém teria o script para me ajudar? Nunca trabalhei com este tipo de análise. Fiz os meus testes utilizando o G-test em um artigo, e o referee solicitou que eu substituísse a análise pela Anosim.
Desde já agradeço o auxílio. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: < http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140629/001bc91c/attac...
-- Marcos Vinícius Carneiro Vital Universidade Federal de Alagoas Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde Setor de Biodiversidade e Ecologia
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