Olá, Silma
A anosim é um teste de aleatorização de matrizes (mais ou menos parecido com o teste de Mantel, que é bem mais conhecido) que "pergunta" se em uma matriz de distância (ou de similaridade, tanto faz), as distâncias dentro de uma classe é diferente das distâncias entre diferentes classes.
Em que contexto você precisa usar a análise? Ela é muito usada em ecologia de comunidades, quando temos uma matriz de distância entre unidades amostrais com dados de presença ou abundância de espécies. A matriz é normalmente construída com uma métrica apropriada para este tipo de dados (Jaccard, Bray-Curtios, etc), e as unidades amostrais pertencem a diferentes classes (estações, tipos de ambiente, etc).
A análise pode ser feita pelo comando anosim() do pacote vegan.
Você irá precisar de dois objetos: a matriz, que poderá ser criada com um comando como dist() ou vegdist() (este último contem boa parte das métricas típicas da ecologia de comunidades); e um vetor que contenha todas as classes, para cada unidade amostral.
Veja o exemplo a seguir, com dados inventados, para ter uma ideia de como funciona:
####Início do Script####
library(vegan)
dados<-structure(list(UA = 1:8, Ambiente = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L,
2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("A", "B"), class = "factor"), sp1 = c(2L,
0L, 3L, 1L, 3L, 1L, 3L, 0L), sp2 = c(1L, 4L, 1L, 4L, 0L, 3L,
4L, 5L), sp3 = c(1L, 0L, 5L, 0L, 4L, 4L, 3L, 1L), sp4 = c(1L,
3L, 2L, 3L, 0L, 0L, 3L, 5L), sp5 = c(5L, 2L, 3L, 4L, 2L, 5L,
4L, 4L)), .Names = c("UA", "Ambiente", "sp1", "sp2", "sp3", "sp4",
"sp5"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))
dados #Apenas para visualizar
matriz<-vegdist(dados[,3:7], method="bray")
classes<-dados$Ambiente
anosim(matriz, classes)
####Fim do Script####
Recomendo que você dê uma olhada no material do pacote vegan que está no CRAN, pois ele apresenta um manual bem detalhado.
Espero ter ajudado
Atenciosamente
Marcos