identificação de grupos em um cluster
Olá Gostaria de saber se há como indicar no dendrograma, na altura do corte, o número referente ao grupo, como indicado em cutree. Observei que em alguns dendrogramas que os grupos selecionados de acordo com um dado o nível de corte não seguem necessariamente uma ordem ascendente (grupo 3 pode não ser o terceiro da esquerda para direita). Seria algo semelhante ao da figura https://www.crops.org/images/publications/cs/42/5/1584f4.jpeg Por exemplo exemplo: library(vegan) data(dune) dis <- vegdist(dune) cluc <- hclust(dis, "complete") plot(cluc) rect.hclust(cluc, 3) grp <- cutree(cluc, 3) grp Notem que o grupo com os objetos 17, 19, 11 e 18, posicionado a esquerda no dedrograma é o grupo de número 3, e o grupo com os objetos 1,2, ..., 7, representado no meio do dendrograma é o de número 1. Eu gostaria que, no nível de corte, aparecesse no dendrograma, ao lado das barras verticais de cada cluster, a indicação 3, 1, 2. Agradeço qualquer dica. Abraços Antônio -- Antônio Olinto Ávila da Silva Biólogo / Oceanógrafo Instituto de Pesca São Paulo, Brasil
Olá Antonio, A melhor solução que encontrei para resolver esse problema foi (deve haver outra forma melhor, mais funcionou): library(vegan) data(dune) dis <- vegdist(dune) cluc <- hclust(dis, "complete") plot(cluc) rect.hclust(cluc, 3) grp <- cutree(cluc, 3) grp namesI<-c("I") namesII<-c("II") namesIII<-c("III") legend(0.4,0.98,namesIII,cex=1.5,bty="n",bg ="white",col="white") legend(5.2,0.98,namesI,cex=1.5,bty="n",bg ='white') legend(14.2,0.98,namesII,cex=1.5,bty="n",bg ='white') Um abraço Humberto Hazin Em 3/2/2012 8:02 AM, Antonio Silva escreveu:
Olá
Gostaria de saber se há como indicar no dendrograma, na altura do corte, o número referente ao grupo, como indicado em cutree.
Observei que em alguns dendrogramas que os grupos selecionados de acordo com um dado o nível de corte não seguem necessariamente uma ordem ascendente (grupo 3 pode não ser o terceiro da esquerda para direita).
Seria algo semelhante ao da figura https://www.crops.org/images/publications/cs/42/5/1584f4.jpeg
Por exemplo exemplo:
library(vegan) data(dune) dis <- vegdist(dune) cluc <- hclust(dis, "complete") plot(cluc) rect.hclust(cluc, 3) grp <- cutree(cluc, 3) grp
Notem que o grupo com os objetos 17, 19, 11 e 18, posicionado a esquerda no dedrograma é o grupo de número 3, e o grupo com os objetos 1,2, ..., 7, representado no meio do dendrograma é o de número 1.
Eu gostaria que, no nível de corte, aparecesse no dendrograma, ao lado das barras verticais de cada cluster, a indicação 3, 1, 2.
Agradeço qualquer dica. Abraços
Antônio
-- Antônio Olinto Ávila da Silva Biólogo / Oceanógrafo Instituto de Pesca São Paulo, Brasil
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Olá Humberto, Obrigado pela atenção. Para fazer da forma como você propõe temos que verificar no cutree quais são os grupos e coloca-los "na mão". Meu problema é que estou trabalhando com uma matriz com muitos objetos e não consigo ver no dendrograma os números dos objetos, pois eles se sobrepõem. Assim, pelo cutree, sei que o objeto 790 está no grupo 5, mais não consigo identificar no dendrograma qual a "perninha" do 790. Se escrevermos o comando plclust(cluc, labels = as.character(grp)) Substituiremos o nome dos objetos pelo número do grupo, mas para mim também não funcionou pois não consigo ler os números. Veja o tutorial do vegan ( http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf), página 38, as duas primeiras figuras, um dendrograma e um boxplot. Se o leitor não prestar atenção pode interpretar que a maior mediana foi obtida pelo grupo dos objetos 1, 2, ..., 6 e 7. Só que este grupo é o de número 1, que tem a menor mediana. A ordem no dendrograma não é a mesma do boxplot e não há nenhuma indicação no dendrograma que explicite isto. Vamos pensar mais um pouco ... se tiver mais alguma ideia escreva. De qualquer forma muito obrigado pela atenção. Abraços, Antônio Em 2 de março de 2012 20:37, Humberto Hazin <hghazin@hotmail.com> escreveu:
Olá Antonio,
A melhor solução que encontrei para resolver esse problema foi (deve haver outra forma melhor, mais funcionou):
library(vegan) data(dune) dis <- vegdist(dune) cluc <- hclust(dis, "complete") plot(cluc) rect.hclust(cluc, 3) grp <- cutree(cluc, 3) grp
namesI<-c("I") namesII<-c("II") namesIII<-c("III") legend(0.4,0.98,namesIII,cex=1.5,bty="n",bg ="white",col="white") legend(5.2,0.98,namesI,cex=1.5,bty="n",bg ='white') legend(14.2,0.98,namesII,cex=1.5,bty="n",bg ='white')
Um abraço
Humberto Hazin
Em 3/2/2012 8:02 AM, Antonio Silva escreveu:
Olá
Gostaria de saber se há como indicar no dendrograma, na altura do corte, o número referente ao grupo, como indicado em cutree.
Observei que em alguns dendrogramas que os grupos selecionados de acordo com um dado o nível de corte não seguem necessariamente uma ordem ascendente (grupo 3 pode não ser o terceiro da esquerda para direita).
Seria algo semelhante ao da figura https://www.crops.org/images/publications/cs/42/5/1584f4.jpeg
Por exemplo exemplo:
library(vegan) data(dune) dis <- vegdist(dune) cluc <- hclust(dis, "complete") plot(cluc) rect.hclust(cluc, 3) grp <- cutree(cluc, 3) grp
Notem que o grupo com os objetos 17, 19, 11 e 18, posicionado a esquerda no dedrograma é o grupo de número 3, e o grupo com os objetos 1,2, ..., 7, representado no meio do dendrograma é o de número 1.
Eu gostaria que, no nível de corte, aparecesse no dendrograma, ao lado das barras verticais de cada cluster, a indicação 3, 1, 2.
Agradeço qualquer dica. Abraços
Antônio
-- Antônio Olinto Ávila da Silva Biólogo / Oceanógrafo Instituto de Pesca São Paulo, Brasil
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-- Antônio Olinto Ávila da Silva Biólogo / Oceanógrafo Instituto de Pesca (Fisheries Institute) São Paulo, Brasil
seria isso?: r <- rect.hclust(cluc, 3) text(cumsum(sapply(r,length)), rep(mean(tail(unique(cluc$hei),2)), length(r)), paste(unique(grp[cluc$ord]))) Elias T. Krainski
________________________________ De: Antonio Silva <aolinto.lst@gmail.com> Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Sábado, 3 de Março de 2012 2:42 Assunto: Re: [R-br] identificação de grupos em um cluster
Olá Humberto,
Obrigado pela atenção.
Para fazer da forma como você propõe temos que verificar no cutree quais são os grupos e coloca-los "na mão".
Meu problema é que estou trabalhando com uma matriz com muitos objetos e não consigo ver no dendrograma os números dos objetos, pois eles se sobrepõem.
Assim, pelo cutree, sei que o objeto 790 está no grupo 5, mais não consigo identificar no dendrograma qual a "perninha" do 790.
Se escrevermos o comando
plclust(cluc, labels = as.character(grp))
Substituiremos o nome dos objetos pelo número do grupo, mas para mim também não funcionou pois não consigo ler os números.
Veja o tutorial do vegan (http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf), página 38, as duas primeiras figuras, um dendrograma e um boxplot. Se o leitor não prestar atenção pode interpretar que a maior mediana foi obtida pelo grupo dos objetos 1, 2, ..., 6 e 7. Só que este grupo é o de número 1, que tem a menor mediana. A ordem no dendrograma não é a mesma do boxplot e não há nenhuma indicação no dendrograma que explicite isto.
Vamos pensar mais um pouco ... se tiver mais alguma ideia escreva. De qualquer forma muito obrigado pela atenção.
Abraços,
Antônio
Em 2 de março de 2012 20:37, Humberto Hazin <hghazin@hotmail.com> escreveu:
Olá Antonio,
A melhor solução que encontrei para resolver esse problema foi (deve
haver outra forma melhor, mais funcionou):
library(vegan) data(dune) dis <- vegdist(dune) cluc <- hclust(dis, "complete") plot(cluc) rect.hclust(cluc, 3) grp <- cutree(cluc, 3) grp
namesI<-c("I")
namesII<-c("II") namesIII<-c("III") legend(0.4,0.98,namesIII,cex=1.5,bty="n",bg ="white",col="white") legend(5.2,0.98,namesI,cex=1.5,bty="n",bg ='white') legend(14.2,0.98,namesII,cex=1.5,bty="n",bg ='white')
Um abraço
Humberto Hazin
Em 3/2/2012 8:02 AM, Antonio Silva escreveu: Olá
Gostaria de saber se há como indicar no dendrograma, na altura do
corte, o número referente ao grupo, como indicado em cutree.
Observei que em alguns dendrogramas que os grupos selecionados de
acordo com um dado o nível de corte não seguem necessariamente uma ordem ascendente (grupo 3 pode não ser o terceiro da esquerda para direita).
Seria algo semelhante ao da figura https://www.crops.org/images/publications/cs/42/5/1584f4.jpeg
Por exemplo exemplo:
library(vegan) data(dune) dis <- vegdist(dune) cluc <- hclust(dis, "complete") plot(cluc) rect.hclust(cluc, 3) grp <- cutree(cluc, 3) grp
Notem que o grupo com os objetos 17, 19, 11 e 18, posicionado a
esquerda no dedrograma é o grupo de número 3, e o grupo com os objetos 1,2, ..., 7, representado no meio do dendrograma é o de número 1.
Eu gostaria que, no nível de corte, aparecesse no dendrograma, ao
lado das barras verticais de cada cluster, a indicação 3, 1, 2.
Agradeço qualquer dica. Abraços
Antônio
-- Antônio Olinto Ávila da Silva Biólogo / Oceanógrafo Instituto de Pesca São Paulo, Brasil
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Grande Elias! Isto mesmo, muito obrigado! Tenha um ótimo final de semana. Abç Antônio Em 3 de março de 2012 09:45, Elias T. Krainski <eliaskrainski@yahoo.com.br>escreveu:
seria isso?:
r <- rect.hclust(cluc, 3) text(cumsum(sapply(r,length)), rep(mean(tail(unique(cluc$hei),2)), length(r)), paste(unique(grp[cluc$ord])))
Elias T. Krainski
------------------------------ *De:* Antonio Silva <aolinto.lst@gmail.com> *Para:* r-br@listas.c3sl.ufpr.br *Enviadas:* Sábado, 3 de Março de 2012 2:42 *Assunto:* Re: [R-br] identificação de grupos em um cluster
Olá Humberto,
Obrigado pela atenção.
Para fazer da forma como você propõe temos que verificar no cutree quais são os grupos e coloca-los "na mão".
Meu problema é que estou trabalhando com uma matriz com muitos objetos e não consigo ver no dendrograma os números dos objetos, pois eles se sobrepõem.
Assim, pelo cutree, sei que o objeto 790 está no grupo 5, mais não consigo identificar no dendrograma qual a "perninha" do 790.
Se escrevermos o comando
plclust(cluc, labels = as.character(grp))
Substituiremos o nome dos objetos pelo número do grupo, mas para mim também não funcionou pois não consigo ler os números.
Veja o tutorial do vegan ( http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf), página 38, as duas primeiras figuras, um dendrograma e um boxplot. Se o leitor não prestar atenção pode interpretar que a maior mediana foi obtida pelo grupo dos objetos 1, 2, ..., 6 e 7. Só que este grupo é o de número 1, que tem a menor mediana. A ordem no dendrograma não é a mesma do boxplot e não há nenhuma indicação no dendrograma que explicite isto.
Vamos pensar mais um pouco ... se tiver mais alguma ideia escreva. De qualquer forma muito obrigado pela atenção.
Abraços,
Antônio
Em 2 de março de 2012 20:37, Humberto Hazin <hghazin@hotmail.com>escreveu:
Olá Antonio,
A melhor solução que encontrei para resolver esse problema foi (deve haver outra forma melhor, mais funcionou):
library(vegan) data(dune) dis <- vegdist(dune) cluc <- hclust(dis, "complete") plot(cluc) rect.hclust(cluc, 3) grp <- cutree(cluc, 3) grp
namesI<-c("I") namesII<-c("II") namesIII<-c("III") legend(0.4,0.98,namesIII,cex=1.5,bty="n",bg ="white",col="white") legend(5.2,0.98,namesI,cex=1.5,bty="n",bg ='white') legend(14.2,0.98,namesII,cex=1.5,bty="n",bg ='white')
Um abraço
Humberto Hazin
Em 3/2/2012 8:02 AM, Antonio Silva escreveu:
Olá
Gostaria de saber se há como indicar no dendrograma, na altura do corte, o número referente ao grupo, como indicado em cutree.
Observei que em alguns dendrogramas que os grupos selecionados de acordo com um dado o nível de corte não seguem necessariamente uma ordem ascendente (grupo 3 pode não ser o terceiro da esquerda para direita).
Seria algo semelhante ao da figura https://www.crops.org/images/publications/cs/42/5/1584f4.jpeg
Por exemplo exemplo:
library(vegan) data(dune) dis <- vegdist(dune) cluc <- hclust(dis, "complete") plot(cluc) rect.hclust(cluc, 3) grp <- cutree(cluc, 3) grp
Notem que o grupo com os objetos 17, 19, 11 e 18, posicionado a esquerda no dedrograma é o grupo de número 3, e o grupo com os objetos 1,2, ..., 7, representado no meio do dendrograma é o de número 1.
Eu gostaria que, no nível de corte, aparecesse no dendrograma, ao lado das barras verticais de cada cluster, a indicação 3, 1, 2.
Agradeço qualquer dica. Abraços
Antônio
-- Antônio Olinto Ávila da Silva Biólogo / Oceanógrafo Instituto de Pesca São Paulo, Brasil
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