Grande Elias! Isto mesmo, muito obrigado!
Tenha um ótimo final de semana.
Abç
Antônio
seria isso?:r <- rect.hclust(cluc, 3)text(cumsum(sapply(r,length)),rep(mean(tail(unique(cluc$hei),2)), length(r)),paste(unique(grp[cluc$ord])))Elias T. Krainski
De: Antonio Silva <aolinto.lst@gmail.com>
Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Enviadas: Sábado, 3 de Março de 2012 2:42
Assunto: Re: [R-br] identificação de grupos em um cluster
Olá Humberto,
Obrigado pela atenção.
Para fazer da forma como você propõe temos que verificar no cutree quais são os grupos e coloca-los "na mão".
Meu problema é que estou trabalhando com uma matriz com muitos objetos e não consigo ver no dendrograma os números dos objetos, pois eles se sobrepõem.
Assim, pelo cutree, sei que o objeto 790 está no grupo 5, mais não consigo identificar no dendrograma qual a "perninha" do 790.
Se escrevermos o comando
plclust(cluc, labels = as.character(grp))
Substituiremos o nome dos objetos pelo número do grupo, mas para mim também não funcionou pois não consigo ler os números.
Veja o tutorial do vegan (http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf), página 38, as duas primeiras figuras, um dendrograma e um boxplot. Se o leitor não prestar atenção pode interpretar que a maior mediana foi obtida pelo grupo dos objetos 1, 2, ..., 6 e 7. Só que este grupo é o de número 1, que tem a menor mediana. A ordem no dendrograma não é a mesma do boxplot e não há nenhuma indicação no dendrograma que explicite isto.
Vamos pensar mais um pouco ... se tiver mais alguma ideia escreva. De qualquer forma muito obrigado pela atenção.
Abraços,
AntônioEm 2 de março de 2012 20:37, Humberto Hazin <hghazin@hotmail.com> escreveu:
Olá Antonio,
A melhor solução que encontrei para resolver esse problema foi (deve haver outra forma melhor, mais funcionou):namesI<-c("I")
library(vegan)
data(dune)
dis <- vegdist(dune)
cluc <- hclust(dis, "complete")
plot(cluc)
rect.hclust(cluc, 3)
grp <- cutree(cluc, 3)
grp
namesII<-c("II")
namesIII<-c("III")
legend(0.4,0.98,namesIII,cex=1.5,bty="n",bg ="white",col="white")
legend(5.2,0.98,namesI,cex=1.5,bty="n",bg ='white')
legend(14.2,0.98,namesII,cex=1.5,bty="n",bg ='white')
Um abraço
Humberto Hazin
Em 3/2/2012 8:02 AM, Antonio Silva escreveu:Olá
Gostaria de saber se há como indicar no dendrograma, na altura do corte, o número referente ao grupo, como indicado em cutree.
Observei que em alguns dendrogramas que os grupos selecionados de acordo com um dado o nível de corte não seguem necessariamente uma ordem ascendente (grupo 3 pode não ser o terceiro da esquerda para direita).
Seria algo semelhante ao da figura https://www.crops.org/images/publications/cs/42/5/1584f4.jpeg
Por exemplo exemplo:
library(vegan)
data(dune)
dis <- vegdist(dune)
cluc <- hclust(dis, "complete")
plot(cluc)
rect.hclust(cluc, 3)
grp <- cutree(cluc, 3)
grp
Notem que o grupo com os objetos 17, 19, 11 e 18, posicionado a esquerda no dedrograma é o grupo de número 3, e o grupo com os objetos 1,2, ..., 7, representado no meio do dendrograma é o de número 1.
Eu gostaria que, no nível de corte, aparecesse no dendrograma, ao lado das barras verticais de cada cluster, a indicação 3, 1, 2.
Agradeço qualquer dica. Abraços
Antônio
--
Antônio Olinto Ávila da SilvaBiólogo / OceanógrafoInstituto de PescaSão Paulo, Brasil
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Antônio Olinto Ávila da SilvaBiólogo / OceanógrafoInstituto de Pesca (Fisheries Institute)São Paulo, Brasil
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