artigo sobre o pacote ScottKnott enviado ao Rjournal
José Claudio Faria e eu ( Enio Jelihovschi) enviamos um artigo ao Rjournal sobre o Pacote ScottKnott que nós escrevemos. A primeira resposta que recebemos, os referees e o próprio editor, Heather Turner, fizeram sugestões que nós compreendemos e fizemos as mudanças sugeridas. Após o reenvio do artigo recebemos a resposta do editor, que não nem sequer enviou aos referees, recusando o artigo. No nosso entender esta resposta final do editor não faz sentido, e, no nosso entender nem é compreensível do ponto de vista científico. Nós gostaríamos de discutir com a comunidade brasileira do R, escutar as opiniões, para depois enviar ao R-help e ao corpo editorial completo do Rjournal. Estamos enviando em anexo aos interessados cópias dos e-mails do editor assim como nossa resposta final e as cópias da primeira e da segunda versão do artigo. Obrigado Enio Jelihovschi José Claudio Faria
Em 21 de julho de 2011 14:56, Enio Jelihovschi <eniojelihovs@gmail.com>escreveu:
José Claudio Faria e eu ( Enio Jelihovschi) enviamos um artigo ao Rjournal sobre o Pacote ScottKnott que nós escrevemos. A primeira resposta que recebemos, os referees e o próprio editor, Heather Turner, fizeram sugestões que nós compreendemos e fizemos as mudanças sugeridas. Após o reenvio do artigo recebemos a resposta do editor, que não nem sequer enviou aos referees, recusando o artigo. No nosso entender esta resposta final do editor não faz sentido, e, no nosso entender nem é compreensível do ponto de vista científico. Nós gostaríamos de discutir com a comunidade brasileira do R, escutar as opiniões, para depois enviar ao R-help e ao corpo editorial completo do Rjournal. Estamos enviando em anexo aos interessados cópias dos e-mails do editor assim como nossa resposta final e as cópias da primeira e da segunda versão do artigo. Obrigado
http://dl.dropbox.com/u/33619290/Artigos%20Enio/ReplySK.pdf http://dl.dropbox.com/u/33619290/Artigos%20Enio/SKprimeiraVers%C3%A3o.pdf http://dl.dropbox.com/u/33619290/Artigos%20Enio/SKsegundaVersao.pdf
Enio Jelihovschi José Claudio Faria
Boa tarde pessoal, Estou querendo instalar o pacote lpsloveAPI e o Benchmarking no Ubuntu usando o comando R CMD INSTALL packname no Terminal e não consigo pois fala que meu R é 2.12 e precisa ser > 2.13. Eu uso o R Commander. 1) Como faço pra atualizar o meu R? 2) Se eu atualizar o meu R para > 2.13 outros pacotes que rodam com < 2.13 irão funcionar normalmente? Obrigado, Daniel
Duas "alternativas": atualizar p/ o R 2.13 (pelo aptitude) e depois instalar "na mão" as bibliotecas ainda não disponíveis p/ a versão. Ou continuar com o R 2.12 e instalar "na mão" (se for possível) o IpsolveAPI. Ocorre também que: a causa de não estar instalando pelo R CMD INSTALL pode ser alguma dependência... informe mais sobre o pq dessa não instalação. Se for dependência você deve também proceder da mesma forma, instalando os pacotes dependentes! att, FH 2011/7/24 Daniel Dantas <daniel.dantas@hotmail.com>
Boa tarde pessoal,
Estou querendo instalar o pacote lpsloveAPI e o Benchmarking no Ubuntu usando o comando R CMD INSTALL packname no Terminal e não consigo pois fala que meu R é 2.12 e precisa ser > 2.13.
Eu uso o R Commander.
1) Como faço pra atualizar o meu R? 2) Se eu atualizar o meu R para > 2.13 outros pacotes que rodam com < 2.13 irão funcionar normalmente?
Obrigado, Daniel
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
O pacote Benchmarking depende do lpsolveapi e do ucminf. O ucminf eu instalei blza. o lpsolve não instala por ser uma versão de R antiga. Quando instalei no windows eu tive que baixar o R 2.13. Só que é muito chato ficar trocando de R toda hora quando quero usar pacotes novos e pacotes antigos. Não entendo porque quando usa-se um R atualizado ele não consegue rodar pacotes antigos. Olha a msg que dá qnd tento instalar o lpsolveapi: danieldantas@ubuntu:~/tar$ R CMD INSTALL lpSolveAPI_5.5.2.0-4.tar.gz * installing to library ‘/home/danieldantas/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12’ ERROR: this R is version 2.12.1, package 'lpSolveAPI' requires R >= 2.13.0 E quando tento instalar o Benchmarking: danieldantas@ubuntu:~/tar$ R CMD INSTALL Benchmarking * installing to library ‘/home/danieldantas/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12’ ERROR: dependency ‘lpSolveAPI’ is not available for package ‘Benchmarking’ * removing ‘/home/danieldantas/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12/Benchmarking’ O ucminf instala perfeitamente veja: danieldantas@ubuntu:~/tar$ R CMD INSTALL ucminf_1.1-2.tar.gz * installing to library ‘/home/danieldantas/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12’ * installing *source* package ‘ucminf’ ... ** libs gfortran -fpic -O3 -pipe -g -c fortran.f -o fortran.o gcc -I/usr/share/R/include -fpic -std=gnu99 -O3 -pipe -g -c interface.c -o interface.o gcc -shared -o ucminf.so fortran.o interface.o -llapack -lblas -lgfortran -lm -lgfortran -lm -L/usr/lib/R/lib -lR installing to /home/danieldantas/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12/ucminf/libs ** R ** inst ** preparing package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ... ** testing if installed package can be loaded * DONE (ucminf) Date: Sun, 24 Jul 2011 12:53:46 -0300 From: fernandohtoledo@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Como instalar R > 2.13 no LINUX Ubuntu? Duas "alternativas": atualizar p/ o R 2.13 (pelo aptitude) e depois instalar "na mão" as bibliotecas ainda não disponíveis p/ a versão. Ou continuar com o R 2.12 e instalar "na mão" (se for possível) o IpsolveAPI. Ocorre também que: a causa de não estar instalando pelo R CMD INSTALL pode ser alguma dependência... informe mais sobre o pq dessa não instalação. Se for dependência você deve também proceder da mesma forma, instalando os pacotes dependentes! att, FH 2011/7/24 Daniel Dantas <daniel.dantas@hotmail.com> Boa tarde pessoal, Estou querendo instalar o pacote lpsloveAPI e o Benchmarking no Ubuntu usando o comando R CMD INSTALL packname no Terminal e não consigo pois fala que meu R é 2.12 e precisa ser > 2.13. Eu uso o R Commander. 1) Como faço pra atualizar o meu R? 2) Se eu atualizar o meu R para > 2.13 outros pacotes que rodam com < 2.13 irão funcionar normalmente? Obrigado, Daniel _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README 2011/7/24 Daniel Dantas <daniel.dantas@hotmail.com>:
O pacote Benchmarking depende do lpsolveapi e do ucminf. O ucminf eu instalei blza. o lpsolve não instala por ser uma versão de R antiga.
Quando instalei no windows eu tive que baixar o R 2.13. Só que é muito chato ficar trocando de R toda hora quando quero usar pacotes novos e pacotes antigos. Não entendo porque quando usa-se um R atualizado ele não consegue rodar pacotes antigos.
Olha a msg que dá qnd tento instalar o lpsolveapi:
danieldantas@ubuntu:~/tar$ R CMD INSTALL lpSolveAPI_5.5.2.0-4.tar.gz * installing to library ‘/home/danieldantas/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12’ ERROR: this R is version 2.12.1, package 'lpSolveAPI' requires R >= 2.13.0
E quando tento instalar o Benchmarking:
danieldantas@ubuntu:~/tar$ R CMD INSTALL Benchmarking * installing to library ‘/home/danieldantas/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12’ ERROR: dependency ‘lpSolveAPI’ is not available for package ‘Benchmarking’ * removing ‘/home/danieldantas/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12/Benchmarking’
O ucminf instala perfeitamente veja:
danieldantas@ubuntu:~/tar$ R CMD INSTALL ucminf_1.1-2.tar.gz * installing to library ‘/home/danieldantas/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12’ * installing *source* package ‘ucminf’ ... ** libs gfortran -fpic -O3 -pipe -g -c fortran.f -o fortran.o gcc -I/usr/share/R/include -fpic -std=gnu99 -O3 -pipe -g -c interface.c -o interface.o gcc -shared -o ucminf.so fortran.o interface.o -llapack -lblas -lgfortran -lm -lgfortran -lm -L/usr/lib/R/lib -lR installing to /home/danieldantas/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12/ucminf/libs ** R ** inst ** preparing package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ... ** testing if installed package can be loaded
* DONE (ucminf)
________________________________ Date: Sun, 24 Jul 2011 12:53:46 -0300 From: fernandohtoledo@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Como instalar R > 2.13 no LINUX Ubuntu?
Duas "alternativas": atualizar p/ o R 2.13 (pelo aptitude) e depois instalar "na mão" as bibliotecas ainda não disponíveis p/ a versão. Ou continuar com o R 2.12 e instalar "na mão" (se for possível) o IpsolveAPI.
Ocorre também que: a causa de não estar instalando pelo R CMD INSTALL pode ser alguma dependência... informe mais sobre o pq dessa não instalação. Se for dependência você deve também proceder da mesma forma, instalando os pacotes dependentes!
att, FH
2011/7/24 Daniel Dantas <daniel.dantas@hotmail.com>
Boa tarde pessoal,
Estou querendo instalar o pacote lpsloveAPI e o Benchmarking no Ubuntu usando o comando R CMD INSTALL packname no Terminal e não consigo pois fala que meu R é 2.12 e precisa ser > 2.13.
Eu uso o R Commander.
1) Como faço pra atualizar o meu R? 2) Se eu atualizar o meu R para > 2.13 outros pacotes que rodam com < 2.13 irão funcionar normalmente?
Obrigado, Daniel
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Daniel, a estrutura interna do R e' passivel de mudancas entre uma versao e outra. Portanto, uma vez que voce instala uma versao atualizada do R, recomenda-se que vc reinstale os pacotes que voce usa na versao anterior. Dito isso, faca uma lista de todos os pacotes (q nao sejam os instalados por padrao no R) que vc usa atualmente: pkg = installed.packages() idx = which(pkg[, 'Priority'] %in% c('base', 'recommended')) pkg = pkg[-idx, 'Package'] writeLines(pkg, '~/pkgs.txt') Leia o arquivo README apontado na pagina do CRAN que tem, detalhamente, as instrucoes para atualizacao. Instale a versao nova do R e instale os pacotes que vc usava anteriormente: pkg = readLines('~/pkgs.txt') install.packages(pkg, dep=TRUE) E atualize-os frequentemente: update.packages(ask=FALSE) E, por favor, evite problemas: se um pacote diz que precisa da versao 2.13.x, use a versao 2.13.x... Forcar a instalacao em uma versao anterior pode ate' funcionar, mas tambem (mais frequentemente) pode ser uma fonte de problemas inexplicaveis. Uma dica: se um pacote que vc usou em alguma versao antiga do R nao for encontrado para instalacao na versao mais atualizada, e' sinal de que os autores deixaram de trabalhar no pacote por bastante tempo e, minha sugestao, e' um sinal de que vc precisa procurar um pacote atualizado que execute aquelas tarefas. b
Isto sim que é uma ajuda útil. Parabéns. Enviado via iPhone Em 24/07/2011, às 14:43, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
Daniel,
a estrutura interna do R e' passivel de mudancas entre uma versao e outra. Portanto, uma vez que voce instala uma versao atualizada do R, recomenda-se que vc reinstale os pacotes que voce usa na versao anterior.
Dito isso, faca uma lista de todos os pacotes (q nao sejam os instalados por padrao no R) que vc usa atualmente:
pkg = installed.packages() idx = which(pkg[, 'Priority'] %in% c('base', 'recommended')) pkg = pkg[-idx, 'Package'] writeLines(pkg, '~/pkgs.txt')
Leia o arquivo README apontado na pagina do CRAN que tem, detalhamente, as instrucoes para atualizacao. Instale a versao nova do R e instale os pacotes que vc usava anteriormente:
pkg = readLines('~/pkgs.txt') install.packages(pkg, dep=TRUE)
E atualize-os frequentemente:
update.packages(ask=FALSE)
E, por favor, evite problemas: se um pacote diz que precisa da versao 2.13.x, use a versao 2.13.x... Forcar a instalacao em uma versao anterior pode ate' funcionar, mas tambem (mais frequentemente) pode ser uma fonte de problemas inexplicaveis.
Uma dica: se um pacote que vc usou em alguma versao antiga do R nao for encontrado para instalacao na versao mais atualizada, e' sinal de que os autores deixaram de trabalhar no pacote por bastante tempo e, minha sugestao, e' um sinal de que vc precisa procurar um pacote atualizado que execute aquelas tarefas.
b _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
participantes (6)
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Benilton Carvalho -
Daniel Dantas -
Enio Jelihovschi -
Fernando Henrique Toledo -
Gustavo Carvalho -
Unioeste