Como produzir gráficos com diferente símbolos e cores in PCA?
Olá pessoal meu nome é Jackson Rodrigues e estou utilizando o pacote vegan para fazer análise multivariada, PCA 'Principal Component Analysis"para ser mais preciso. Direto ao ponto. Tenho um conjunto de dados polínicos com 54 linhas (representando os sites) e 145 colunas (representando os táxons). Eu quero plotar os 2 primeiros PC´s sendo de maneira que seja um grupo com 27 sites com um único símbolo e cores diferentes e os outro grupo com 27 sites utilizando outro símbolo repetindo as mesmas cores anteriores. Alguém pode me indicar como fazê-lo. Estou usando o script abaixo, no entanto não sei como utilizar símbolos para cada grupo. Pre_euro_veg.Pollen<-read.csv("E:/Modern data/Vegetation changes/Veg chang 1/sem Pinus/pca test.csv", header=TRUE)#Apenas trees/shrubs e herbs rownames(Pre_euro_veg.Pollen) <- c("Conf", "Pires", "Silv", "Capa", "SDO", "SDB", "Ita", "Botu", "SCG", "Arac", "VoVe_1", "PoGd", "Misi", "SBV", "Ciama", "Tabu", "MDI", "CaPu", "Mate", "SJdA", "CDS", "Pint", "SMar", "RdCa", "SFA", "Sant", "StMon", "Conf1", " Pires1", "Silv1", " Capa1", " SDO1", " SDB1", "Ita1", "Botu1", "SCG1", "Arac1", "VoVe_11", "PoGd1", "Misi1", "SBV1", "Ciama1", "Tabu1", "MDI1", "CaPu1", "Mate1", "SJdA1", "CDS1", "Pint1", "SMar1", "RdCa1", "SFA1", "Sant1", "StMon1") colvec <- c("antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", "navyblue", "antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", "navyblue") Pre_euro.colour.pca<-plot(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", type = "t") with(Veg_chng_clim, points(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", col = colvec[Sites], scaling = 2, pch = 21, bg = colvec[Sites])) head(with(Veg_chng_clim, colvec[Sites])) with(Veg_chng_clim, legend("bottomleft", legend = levels(Sites), bty = "o", col = colvec, pch = 21, pt.bg = colvec)) title("PCA of All sites") Se não fui claro o suficiente, por favor pergunte. Obrigado. Jackson -- Jackson M. Rodrigues Department of Palynology and Climate Dynamics Albrecht-von-Haller-Institute for Plant Sciences Georg-August-University Göttingen Untere Karspuele 2 37073 Göttingen/Germany Tel.: 0049 (0) 176 6133 1991 Web: http://www.uni-goettingen.de/en/306700.html
Jakson, Seria bom você disponibilizar esse dados em algum site de compartilhamento (Copy ou Dropbox) ou dar um dput(Pre_euro_veg.Pollen) no R e postar aqui para que possa tentar te ajudar. Sem os dados teria que simular algo... Dê uma olhada no pacote bpca, ele pode te ajudar. Ab, 2013/12/28 Jackson Rodrigues <jacksonmrodrigues@gmail.com>:
Olá pessoal meu nome é Jackson Rodrigues e estou utilizando o pacote vegan para fazer análise multivariada, PCA 'Principal Component Analysis"para ser mais preciso.
Direto ao ponto.
Tenho um conjunto de dados polínicos com 54 linhas (representando os sites) e 145 colunas (representando os táxons). Eu quero plotar os 2 primeiros PC´s sendo de maneira que seja um grupo com 27 sites com um único símbolo e cores diferentes e os outro grupo com 27 sites utilizando outro símbolo repetindo as mesmas cores anteriores.
Alguém pode me indicar como fazê-lo.
Estou usando o script abaixo, no entanto não sei como utilizar símbolos para cada grupo.
Pre_euro_veg.Pollen<-read.csv("E:/Modern data/Vegetation changes/Veg chang 1/sem Pinus/pca test.csv", header=TRUE)#Apenas trees/shrubs e herbs rownames(Pre_euro_veg.Pollen) <- c("Conf", "Pires", "Silv", "Capa", "SDO", "SDB", "Ita", "Botu", "SCG", "Arac", "VoVe_1", "PoGd", "Misi", "SBV", "Ciama", "Tabu", "MDI", "CaPu", "Mate", "SJdA", "CDS", "Pint", "SMar", "RdCa", "SFA", "Sant", "StMon", "Conf1", " Pires1", "Silv1", " Capa1", " SDO1", " SDB1", "Ita1", "Botu1", "SCG1", "Arac1", "VoVe_11", "PoGd1", "Misi1", "SBV1", "Ciama1", "Tabu1", "MDI1", "CaPu1", "Mate1", "SJdA1", "CDS1", "Pint1", "SMar1", "RdCa1", "SFA1", "Sant1", "StMon1")
colvec <- c("antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", "navyblue", "antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", "navyblue")
Pre_euro.colour.pca<-plot(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", type = "t") with(Veg_chng_clim, points(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", col = colvec[Sites], scaling = 2, pch = 21, bg = colvec[Sites])) head(with(Veg_chng_clim, colvec[Sites])) with(Veg_chng_clim, legend("bottomleft", legend = levels(Sites), bty = "o", col = colvec, pch = 21, pt.bg = colvec)) title("PCA of All sites")
Se não fui claro o suficiente, por favor pergunte.
Obrigado.
Jackson
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Jackson M. Rodrigues Department of Palynology and Climate Dynamics Albrecht-von-Haller-Institute for Plant Sciences Georg-August-University Göttingen Untere Karspuele 2 37073 Göttingen/Germany Tel.: 0049 (0) 176 6133 1991 Web: http://www.uni-goettingen.de/en/306700.html
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Jackson, bom dia! A julgar pela organização dos rownames, tente alterar o argumento "pch=21" por algo como "pch=c(rep(20,27),rep(21,27))". Para uma sugestão mais precisa (ou exata :-) ) será necessário o dataset. Para alterar os símbolos mude os valores 20 e 21. Em sábado, 28 de dezembro de 2013, Jose Claudio Faria< joseclaudio.faria@gmail.com> escreveu:
Jakson,
Seria bom você disponibilizar esse dados em algum site de compartilhamento (Copy ou Dropbox) ou dar um dput(Pre_euro_veg.Pollen) no R e postar aqui para que possa tentar te ajudar. Sem os dados teria que simular algo...
Dê uma olhada no pacote bpca, ele pode te ajudar.
Ab,
2013/12/28 Jackson Rodrigues <jacksonmrodrigues@gmail.com>:
Olá pessoal meu nome é Jackson Rodrigues e estou utilizando o pacote vegan para fazer análise multivariada, PCA 'Principal Component Analysis"para ser mais preciso.
Direto ao ponto.
Tenho um conjunto de dados polínicos com 54 linhas (representando os sites) e 145 colunas (representando os táxons). Eu quero plotar os 2 primeiros PC´s sendo de maneira que seja um grupo com 27 sites com um único símbolo e cores diferentes e os outro grupo com 27 sites utilizando outro símbolo repetindo as mesmas cores anteriores.
Alguém pode me indicar como fazê-lo.
Estou usando o script abaixo, no entanto não sei como utilizar símbolos para cada grupo.
Pre_euro_veg.Pollen<-read.csv("E:/Modern data/Vegetation changes/Veg chang 1/sem Pinus/pca test.csv", header=TRUE)#Apenas trees/shrubs e herbs rownames(Pre_euro_veg.Pollen) <- c("Conf", "Pires", "Silv", "Capa", "SDO", "SDB", "Ita", "Botu", "SCG", "Arac", "VoVe_1", "PoGd", "Misi", "SBV", "Ciama", "Tabu", "MDI", "CaPu", "Mate", "SJdA", "CDS", "Pint", "SMar", "RdCa", "SFA", "Sant", "StMon", "Conf1", " Pires1", "Silv1", " Capa1", " SDO1", " SDB1", "Ita1", "Botu1", "SCG1", "Arac1", "VoVe_11", "PoGd1", "Misi1", "SBV1", "Ciama1", "Tabu1", "MDI1", "CaPu1", "Mate1", "SJdA1", "CDS1", "Pint1", "SMar1", "RdCa1", "SFA1", "Sant1", "StMon1")
colvec <- c("antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", "navyblue", "antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", "navyblue")
Pre_euro.colour.pca<-plot(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", type = "t") with(Veg_chng_clim, points(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", col = colvec[Sites], scaling = 2, pch = 21, bg = colvec[Sites])) head(with(Veg_chng_clim, colvec[Sites])) with(Veg_chng_clim, legend("bottomleft", legend = levels(Sites), bty = "o", col = colvec, pch = 21, pt.bg = colvec)) title("PCA of All sites")
Se não fui claro o suficiente, por favor pergunte.
Obrigado.
Jackson
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Jackson M. Rodrigues Department of Palynology and Climate Dynamics Albrecht-von-Haller-Institute for Plant Sciences Georg-August-University Göttingen Untere Karspuele 2 37073 Göttingen/Germany Tel.: 0049 (0) 176 6133 1991 Web: http://www.uni-goettingen.de/en/306700.html
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-- Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
participantes (3)
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Jackson Rodrigues -
Jose Claudio Faria -
Éder Comunello