Eu quero plotar os 2 primeiros PC´s sendo de maneira que seja um grupo com 27 sites com um único símbolo e cores diferentes e os outro grupo com 27 sites utilizando outro símbolo repetindo as mesmas cores anteriores.
Alguém pode me indicar como fazê-lo.
Estou usando o script abaixo, no entanto não sei como utilizar símbolos para cada grupo.
Pre_euro_veg.Pollen<-read.csv("E:/Modern data/Vegetation changes/Veg chang 1/sem Pinus/pca test.csv", header=TRUE)#Apenas trees/shrubs e herbs
rownames(Pre_euro_veg.Pollen) <- c("Conf", "Pires", "Silv", "Capa", "SDO", "SDB", "Ita", "Botu", "SCG", "Arac", "VoVe_1", "PoGd", "Misi", "SBV", "Ciama", "Tabu", "MDI", "CaPu", "Mate", "SJdA", "CDS", "Pint", "SMar", "RdCa", "SFA", "Sant", "StMon", "Conf1", " Pires1", "Silv1", " Capa1", " SDO1", " SDB1", "Ita1", "Botu1", "SCG1", "Arac1", "VoVe_11", "PoGd1", "Misi1", "SBV1", "Ciama1", "Tabu1", "MDI1", "CaPu1", "Mate1", "SJdA1", "CDS1", "Pint1", "SMar1", "RdCa1", "SFA1", "Sant1", "StMon1")
colvec <- c("antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", "navyblue",
"antiquewhite", "antiquewhite4", "aquamarine", "aquamarine4", "bisque1", "bisque4", "black", "blue4", "blueviolet", "brown", "burlywood", "chartreuse", "chocolate", "cornflowerblue", "cornsilk", "darkgoldenrod1", "darksalmon", "darkorchid4", "darkslategrey", "gold", "gold4", "lavenderblush2", "lemonchiffon", "lemonchiffon3", "lightblue", "lightpink", "navyblue")
Pre_euro.colour.pca<-plot(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", type = "t")
with(Veg_chng_clim, points(Pre_euro_veg.1.all.pca, display = "sites", col = colvec[Sites], scaling = 2, pch = 21, bg = colvec[Sites]))
head(with(Veg_chng_clim, colvec[Sites]))
with(Veg_chng_clim, legend("bottomleft", legend = levels(Sites), bty = "o",
col = colvec, pch = 21,
pt.bg = colvec))
title("PCA of All sites")
Obrigado.