
use apenas: GBS = read.csv('tpg12-06-0006-dataset-s2', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE) a razao deixo como exercicio p vc... b Em 20 de novembro de 2013 11:37, Giselle Davi <giselle_davi@yahoo.com.br>escreveu:
Prezados,
estou tendo problemas em rodar a análise conforme manual do R: Genomic prediction with rrBLUP 4 Jeffrey Endelman,June 15, 2013 . Ao rodar a análise igual ao solicitado no manual a dim (X) resulta em NULL . Vcs poderiam me ajudar a encontrar a dimensão correta desta matriz ??
Aqui está o local indicado, conforme manual, de onde está a planilha de dados: https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s...
OBS.: O nome do arquivo está diferente, pois na hora de baixar do mesmo site, o arquivo passa a ter o nome conforme indicado na rotina abaixo, porém é o mesmo arquivo com os mesmos dados.
Abaixo segue a rotina: GBS <- read.csv("C:/GS_tutorial/DatasetS2_29SAWSN_gbs.csv", sep=";", dec=",",header=TRUE) parse.GBS <- function(x) { unique.x <- unique(x) alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N")) y <- rep(0,length(x)) y[which(x==alleles[1])] <- -1 y[which(x==alleles[2])] <- 1 y[which(x=="N")] <- NA return(y) } X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS) dim(X) frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)}) length(which(frac.missing<0.5)) hist(frac.missing)
Desde já agradeço. Att,
Giselle
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