Eu não recomendei sem os cabeçalhos. Eu recomendei sem a coluna 2 (label) e, possivelmente, sem a coluna acet. On Jun 9, 2013 4:49 AM, "Vinícius Lionel Mateus" <vinynegrelli@gmail.com> wrote:
Vou cuidar melhor dos CMR, Benilton. Tem como não incluir os nomes das colunas no PCA? Como fica a organização?
Benilton, reproduzi a análise sem os cabeçalhos, conforme você sugeriu, mas também não houve sucesso.
#carreguei meus dados conforme, mas agora indiquei que não existe cabeçalho
read.table(file = "clipboard", header = F, sep = "\t", dec = ",")-> TSF TSF #chequei os nomes das colunas para confirmar names(TSF) [1] "V1" "V2" "V3" "V4" "V5" "V6" "V7" "V8" "V9" "V10" "V11" "V12" "V13" #rodando o PCA model <- prcomp(TSF, scale = TRUE) Erro em svd(x, nu = 0) : infinite or missing values in 'x'
Em 9 de junho de 2013 01:50, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com
escreveu:
Vc tem certeza que quer incluir "Label" na PCA? E ja' que estamos no assunto, Acet tambem? A variavel Label e' texto e calcular media de texto e' indefinido, portanto a falha... Sobre 'Acet', veja o seu banco de dados e infira o motivo da minha sugestao.
Deixo tbm uma recomendacao para leitura: https://gist.github.com/benilton/1088208
b
Em 9 de junho de 2013 01:41, Vinícius Lionel Mateus <vinynegrelli@gmail.com> escreveu:
Simone, Obrigado testei a classe do objeto e realmente é um data.frame.
Para tornar o exemplo mais reprodutível, compartilho o link dos dados: https://www.dropbox.com/s/qopz8pg29pe3z3p/2013%2005%2009%20PCA_R.xls
Em 7 de junho de 2013 22:37, Sérgio Henrique almeida da silva ju <sergio.edfisica@gmail.com> escreveu:
Bom, eu não chutei nada, só estou interpretando a saída do R. Mas, algo mais reproduzível ajudaria mais.
Abraços
Em 7 de junho de 2013 22:36, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
Se o exemplo fosse de fato reproduzível, ninguém ficaria chutando qual é o problema....
On Jun 7, 2013 10:28 PM, "Sérgio Henrique almeida da silva ju" <sergio.edfisica@gmail.com> wrote:
Simone
Tanto faz você trabalhar com data.frame ou matriz, basta a variável estar como numérica.
Abraços
Em 7 de junho de 2013 22:25, Simone D. Sartorio <sisartorio@yahoo.com.br> escreveu: > > Na verdade Sérgio, como vc está fazendo uma ACP, seu "x" deve ser
uma
> matriz e provavelmente seu "x" está como um data.frame > > Verifique a classe do seu "x" assim: > > class(x) > > Se a resposta for diferente de uma matriz, pronto, é só transformar seu > x em 1 matriz! > ok? > > abraços > Si > > > ***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---*** > * Simone Daniela Sartorio > * Professora Adjunta I da UFSCar, Centro de Ciências Agrárias, Campus > Araras/SP. > * Doutora e Mestre em Estatística e Experimentação Agronômica - > ESALQ/USP; > * Licenciada em Matemática - UNESP/Rio Claro. > > ***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---*** > > Tenha um bom dia! ;) > > ________________________________ > De: Sérgio Henrique almeida da silva ju <sergio.edfisica@gmail.com> > Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br > Enviadas: Sexta-feira, 7 de Junho de 2013 21:21 > Assunto: Re: [R-br] Remover NA: PCA > > O R esta entendendo que sua variavel não é numérica. > Tente > Tsfa$x = as.numeric(Tsfa$x) > Em 07/06/2013 20:52, "Vinícius Lionel Mateus" < vinynegrelli@gmail.com> > escreveu: > > Prezados, > > Estou executando o seguinte CRM: > > read.table(file = "clipboard", header = TRUE, sep = "\t", dec = ",")-> > TSF > > TSF > > names(TSF) > [1] "Date" "Label" "PMF" "BC" "Acet" "Form" "Cl." "NO3." > "PO43." "SO42." "Na." "K." > [13] "Mg2." "Ca2." "NH4." > > TSFa <- TSF[,2:15] > > model <- prcomp(TSFa, scale = TRUE) > Erro em colMeans(x, na.rm = TRUE) : 'x' deve ser numérico > > model <- prcomp(TSFa, na.rm = TRUE, scale = TRUE) > Erro em colMeans(x, na.rm = TRUE) : 'x' deve ser numérico > > Tentei diferentes métodos para remover o "NAs", mas não obtive sucesso. > Alguém tem alguma dica? > > -- > Vinícius > -- > -- > Atenciosamente, > > VINÍCIUS LIONEL MATEUS, M.Sc ( http://lattes.cnpq.br/6501001637020665) > Bacharel em Química - Doutorando em Química Analítica > Laboratório de Química Atmosférica - Departamento de Química > Pontifícia Universidade Católica - Rio de Janeiro (PUC - Rio) > Rua Marquês de São Vicente, 225, Gávea - Rio de Janeiro, RJ - Brasil > CEP.: 22451-900 > Telefone: (+55) (21) 3527-1327 > (+55) (21) 9358-8051 > www.puc-rio.br > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br@listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br@listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br@listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível.
-- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 68463637 http://www.linkedin.com/profile/view?id=250437145&trk=tab_pro
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