O objeto do tipo matrix em R somente aceita variáveis do mesmo tipo. Como você está lendo o CSV que contém caracteres (nomes dos genes) e valores numéricos (expressão), o R converte tudo para caracter. Você precisa colocar a coluna do nome dos genes no rownames, excluir a coluna de nome de genes e converter tudo em uma matriz numérica. Assim você poderá trabalhar com ela daniel Em qui., 4 de ago. de 2022 às 10:52, Michele Claire Breton por (R-br) < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Caríssimos(as) utilizadores(as) do R,
Estou em outro nível de problema. Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte:
dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv") head(dados) class(dados)
*[1] "data.frame"*
geneLength <- rowMeans(dados) *Error in rowMeans(dados) : 'x' must be numeric*
dadoslog2cpm <- convertCounts(dados, unit = "cpm", log = TRUE, normalize = "tmm") *Error: countsMatrix must be a numeric matrix or dataframe of N genes x M Samples. All columns must be numeric.*
Não entendo o que possa estar errado. A tabela de dados está em anexo. Vocês podem me ajudar, por favor?
Obrigada,
Michele -- ------------------------------------------------------------------------ *Dra. Michele Claire Breton* Researcher in Bioinformatics PhD in Cellular and Molecular Biology CICS - Health Sciences Research Center Faculty of Health Sciences University of Beira Interior Covilhã - Castelo Branco - Portugal _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- Daniel Tiezzi, MD, PhD Associate Professor Breast Disease and Gynecologic Oncology Division Department of Gynecology and Obstetrics University of São Paulo Brazil