O objeto do tipo matrix em R somente aceita variáveis do mesmo tipo. Como você está lendo o CSV que contém caracteres (nomes dos genes) e valores numéricos (expressão), o R converte tudo para caracter. 
Você precisa colocar a coluna do nome dos genes no rownames, excluir a coluna de nome de genes e converter tudo em uma matriz numérica.

Assim você poderá trabalhar com ela

daniel



Em qui., 4 de ago. de 2022 às 10:52, Michele Claire Breton por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Caríssimos(as) utilizadores(as) do R,

Estou em outro nível de problema.
Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte: 

dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv")
head(dados)
class(dados)

[1] "data.frame"

geneLength <- rowMeans(dados)
Error in rowMeans(dados) : 'x' must be numeric

dadoslog2cpm <- convertCounts(dados,
                        unit = "cpm",
                        log = TRUE,
                        normalize = "tmm")
Error: countsMatrix must be a numeric matrix or dataframe of N genes x M Samples. All columns must be numeric.

Não entendo o que possa estar errado. A tabela de dados está em anexo. Vocês podem me ajudar, por favor?

Obrigada,

Michele
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Dra. Michele Claire Breton
Researcher in Bioinformatics
PhD in Cellular and Molecular Biology
CICS - Health Sciences Research Center
Faculty of Health Sciences
University of Beira Interior
Covilhã - Castelo Branco - Portugal
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R-br mailing list
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.


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Daniel Tiezzi, MD, PhD
Associate Professor
Breast Disease and Gynecologic Oncology Division
Department of Gynecology and Obstetrics
University of São Paulo
Brazil